雞球蟲是一種全球性分佈的寄生蟲。幾乎可以說，凡養雞的地方，就有雞球蟲的存在。無論雞場設備及管理技術多麼先進，防疫措施多麼嚴格，雞球蟲病還是照樣發生。設施及管理落後的地方就更不用說了。造成雞球蟲病廣泛流行的主要原因：
1、雞球蟲的發育方式直接發育型，雞是其唯一的宿主，因此球蟲病的流行不受中間宿主分佈的限制。
2、球蟲卵囊具有極強抵抗力，常用的消毒劑沒有一種能殺滅球蟲卵囊，常規的衛生防疫制度不能阻止球蟲卵囊的散播。
3、雞的集約化飼養為球蟲病的暴發創造了有利條件。
球蟲雞群造成的危害可概括為三方面：
1、導致雞隻的大批量發病和死亡；
2、阻礙雞隻生長髮育；
3、降低飼料報酬。
人們對第一方面危害的認識相當充分，但對後兩方面危害的瞭解不多或者說重視不夠。其實，後兩者對養雞生產造成的危害也頗為嚴重，有時甚至不亞於前者。這些危害是由球蟲生物學特性所決定的，球蟲的種類不同其致病力也有所不同，球蟲病的暴發取決於雞隻感染了較大量致病力強的球蟲卵囊，否則雞隻不表現球蟲症狀。但無症狀的球蟲感染是不是對雞隻完全無害呢？答案是否定的。因為球蟲是一種細胞內寄生蟲，主要寄生在腸上皮細胞中，腸道是重要的消化吸收器官，腸上皮細胞遭受球蟲寄生後，消化吸收功能必然受到影響，致使飼料轉化率下降，肉雞飼養效益變差，甚至無利可圖。不少學者認為，寄生於十二指腸的致病力中等的堆型艾美爾球蟲，與寄生於盲腸的致病力最強的柔嫩艾美爾球蟲相比，顯得更加值得重視。原因是十二指腸為動物最主要的消化吸收場所。
球蟲在養殖業中讓養殖場很是頭疼，想盡了一切辦法去解決球蟲，最主要的兩個辦法就是用藥和球蟲疫苗，可是兩種方式卻也是利弊相互。
藥物防治球蟲病的處境
毋庸置疑，抗球蟲藥的使用在球蟲病的防治上發揮了巨大的作用，長期以來，雞球蟲病防制的主要手段是在飼料中添加抗球蟲藥物進行防治。目前，藥物防治雖然仍是大部分養雞場控制球蟲病的主要手段，但面臨著兩大問題的困擾。
其一是球蟲的抗藥性，抗藥性的頻繁發生往往使球蟲病的防治歸於失敗，重者在用藥的情況下暴發球蟲病，引起血便和死亡，但更多情況下是藥效降低後“亞臨床”球蟲病的持續存在而引起生產性能和飼料報酬降低帶來的損失。
國內抗球蟲藥市場相對混亂，抗球蟲藥名目繁多，質量參差不齊，市場上銷售的球蟲藥多達幾十種，複方氾濫，而這些球蟲藥的原料藥無外乎十幾種，其中的磺胺類（包括三字球蟲粉）、地克珠利和馬杜拉拉黴素等約佔有70%市場比例，另外許多中小型雞場還存在盲目用藥、劑量不足或過度用藥等情況，這些都會加速抗球蟲株的出現。
其二是藥物殘留問題，在日益關注食品安全背景下，伴隨著檢測技術的不斷更新，人們對肉、蛋、奶等食品藥物殘留的檢測甚至達到了苛刻的程度。無殘留食品的生產將是新世紀現代人追求的目標，於是藥物的使用受到了空前的挑戰。
球蟲疫苗免疫的主要問題
目前上市的球蟲疫苗無論毒力株還是致弱株都是活卵囊疫苗，使用這種疫苗，尤其是強毒型的疫苗，會對環境中球蟲卵囊數量及原有球蟲種群生態產生一定的影響，有“散毒”之嫌，儘管對這些問題尚有爭論。另外球蟲疫苗免疫本身對雞的健康有害，特別是多數球蟲疫苗接種後可能出現接種副反應並對雞群生產性能產生相當大的影響。球蟲疫苗實際上是通過相對均勻的人為接種而引起雞群較為一致的低度感染而誘導免疫的。免疫後代卵囊的數量難以控制，加上免疫力的誘導需要一定時間，在這一段時間內(免疫力形成前)不能使用抗球蟲藥，故仍有發生球蟲病的風險。於是擺在養殖業者面前的有兩個問題必須認真考慮：一是如何保持接種的均勻並適合大規模養雞生產；二是如何控制免疫後副反應的發生。
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