發展格局重構將塑造三大都市圈，當前發展格局存在痛點
根據《蓄勢待發的世界灣區第四極：粵港澳大灣區展望及世界灣區經濟研究》報告，在特殊的天然稟賦和產業基礎之上，粵港澳大灣區將形成東西聯動、港深莞穗核心軸帶動西岸次軸的發展格局；發展格局重構是粵港澳大灣區未來發展的重要特徵：
其一，灣區的發展關鍵在於不同體制下區域的融合發展，高規格的灣區協調機構需成立，以加快實現灣區內部各核心城市、不同行政區間的協同與合作；
其二，在大灣區空間重構方面，港深莞穗將成為優勢互補的灣區核心發展軸，灣區本身所具有的科創加金融兩個強勢產業將大大促進灣區經濟的騰飛；而在核心軸的輻射帶動下，未來重大基建的建成也將助東西聯動，促使珠江西岸次軸發展加速。
未來，粵港澳大灣區在核心發展軸和珠江西岸次軸的融合發展下，輻射範圍將擴大，影響力深入華南腹地，統籌協作推動空間由多中心轉向網絡化，灣區城市最終實現發展均衡，要素得以充分自由流動，最終有望形成世界灣區經濟發展的第四極。
粵港澳大灣區有以香港為核心的大珠三角的金融、航運、貿易中心圈；以深圳為核心的“硅谷”創業創新高端產業中心圈，以及以整個區域為基準的智能製造及教育文化旅遊產業圈，使灣區發展兼顧經貿、科技、教育、文化和生態環保等各類領域，推動了城市群的可持續發展。在核心城市的引領下，粵港澳大灣區將珠三角的製造業與港澳兩地的服務業有機結合，逐漸形成三大都市圈，分別是：
以深圳和香港為核心城市，以現代服務業、金融業、創新科技為主導的港深莞惠都市圈；
以珠海與澳門為核心城市，以旅遊業、綠色經濟、現代製造業為主導的澳珠中江都市圈；
以廣州為核心城市，以現代製造業與工商服務為主導的廣佛肇都市圈。
粵港澳大灣區“一個國家、兩種制度、三個關稅區、四個核心城市”的格局是其最大的特點，同時也是最大的難點和痛點所在。粵港澳三地的經濟制度、法律體系和行政體系存在差異，各類要素還難以完全自由流動，一些領域還存在同質化競爭和資源錯配現象，這些難題亟待破解；同時，在‘一國兩制’前提下，粵港澳大灣區合作陷入“制度困境”——香港與澳門屬於獨立關稅區，粵港澳大灣區整個區域不可能構建一個相同制度的特別區域，內陸珠三角部分也不可能是“獨立關稅區”，任何經濟合作都是在‘中國內地關稅區’名義的基礎上展開。因此，必須克服這一“制度困境”，降低規則和制度的摩擦成本，提高粵港澳大灣區資源及要素的配置效率。
粵港澳大灣區產業協同發展：機制創新與模式權衡
充分發揮區域內各地區經濟主體的比較優勢、形成合理的分工合作體系，使區域內各經濟主體的經濟利益得以實現、實現互利共贏是區域產業協同發展機制形成的重要機理；而區域產業協同發展的作用機制根本動力是區域經濟利益———追求地區經濟發展和效益的最大化。根據粵港澳三地產業發展的基礎條件和產業合作方向，粵港澳大灣區產業協同發展可以從以下幾個方面實現機制創新。
產業分工與產業鏈全面融合。廣東產業未來的轉型方向是朝價值鏈的兩端延伸，前端是技術研發環節，後端是市場拓展環節；香港當前主要產業只有兩頭，一頭是金融業，屬於高增值低就業型的行業，另一頭是低增值高就業的產業，如物流、旅遊、商貿等，缺乏科技、研發、製造等中間產業；澳門產業結構較為單一，博彩業一家獨大，也面臨著產業適度多元化的問題。
粵港澳大灣區產業協作要改變過去“前店後廠”的傳統合作模式，充分發揮香港、澳門、廣州、深圳核心城市在現代服務業和先進製造業領域對珠三角地區的引領和外溢作用；鞏固和提升香港國際金融、航運、貿易中心地位，強化全球離岸人民幣業務樞紐地位和國際資產管理中心功能，進一步發揮“超級聯繫人”的作用；支持澳門建設世界旅遊休閒中心以及中國與葡語系國家商貿合作服務平臺，促進經濟適度多元化發展。
研發與新業態協調共育。粵港澳大灣區是全球最具經濟活力的城市群之一，灣區內11個城市各有優勢，要實現產業協同發展，提升產業整體競爭力，協同創新發展成為必然舉措：支持香港建設世界級服務業創新中心，引領灣區與世界頂尖創新資源和網絡對接，引入更多世界一流機構和內地科研機構進駐；把廣州打造成國家創新中心城市，把深圳打造成國家創新型城市、國家自主創新示範區和具有世界影響力的國際創新中心；支持澳門和珠海共建國際化創新城市、粵港澳創新合作重要先行區；同時發揮佛山、惠州、東莞、中山、江門、肇慶六個城市的產業創新優勢，共同培育分工合作的區域創新體系。
國際國內市場雙向拓展。隨著珠三角要素成本的上升，在廣東的港澳企業以代工為主的經營模式難於持續，迫切需要轉型。轉型的重要方向就是在目前擴大內需的背景下努力開拓內地市場，逐漸擺脫外貿依賴；鼓勵粵港澳三地企業聯手“走出去”開展綠地投資、實施跨國兼併收購和共建產業園區等，擴大與“一帶一路”沿線國家的產業合作，開拓新興市場。
在產業分工與產業鏈全面融合方面，粵港澳大灣區不同產業發展的現狀和基礎不同，產業協同發展選擇的模式也不盡相同：在製造業合作方面，以產業鏈分工和協作配套為重點，建設世界級先進製造業基地；在現代服務業合作方面，以產業間和產業鏈合作為重點，助力大灣區產業轉型升級；在產業全面融合方面，以協同研發和市場的共同開拓為重點，全面提升產業競爭力。
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