雖然日本官方政府從來沒有否認過南京大屠殺，也曾數次道歉（真心假意暫且不論），但是日本卻在各種版本教科書將南京大屠殺稱之為南京事件，也就是說在承認的基礎上，對其不少的事實進行了修改，比如說死亡人數（遠東國際法庭稱20萬，中方稱30萬，日方強調10萬）。

在戰後國民政府所進行的各種社會調查過程中，對南京大屠殺遇難人數有29.5萬、39萬、50萬等多種過程性的數字。1947年南京國防部戰犯軍事法庭在《軍事法庭對戰犯谷壽夫的判決書及附件》中判定：“我被俘軍民被日軍用機槍集體射殺並焚屍滅跡者，有單耀亭等十九萬餘人。此外零星屠殺，其屍體經慈善機關收埋者十五萬餘具。被害總數達三十萬人以上。”1948年11月遠東國際軍事法庭在《南京的暴行》的判決書中稱日軍在南京屠殺20萬人以上。

我國方面一直稱南京大屠殺死難同胞至少30萬人以上。

但是日本方面卻很狡猾，據2001年日本《諸君》雜誌2月號對大屠殺派、中間派和虛構派的問卷調查，在接受調查的23人中，認為死亡人數無限接近於零或因史料不足無法回答者有11人，這些人都是一直否認南京大屠殺的虛構派重要成員，如渡部升一、鈴木明、阿羅健一、田中正明、松村俊夫、藤岡信勝等。中村粲、岡崎久彥、櫻井等4人認為死亡人數在1萬人左右，原剛認為死亡人數在2-3萬人。此5人同上述11人有一定的區別，他們承認日軍在攻佔南京期間，曾發生過小規模屠殺中國平民和放下武器的俘虜。中間派代表人物秦鬱彥沒有參加這次問卷調查，但他一般認為死亡人數在4萬人左右。）

為什麼日本不敢承認南京大屠殺？其實無外乎有三點原因。

第一歷史包袱太大，日本害怕承認

這種事情不能承認！按照日本人的性格，如果承認南京大屠殺相當於是給他們背上了很重的歷史包袱。先不說日本政府需要對遇難家屬的後代承擔更多的經濟賠償，最重要的是日本人民也會因自己的祖宗乾的這種缺德事受到更大的民族自卑心的打擊。本來就是島國，思想就比較偏激，這樣一來，壓力會更大。

第二證據越來越少，日本選擇不承認

犯罪總得有人證物證吧，現在沒有物證，人證（南京大屠殺倖存者逐年減少，這正是日本所期望發生的事情）也不多了。日本寄希望於用時間來讓我們遺忘這場傷痛，但是歷史終將證明，我們不會忘記傷痛，只有記住昨天得苦難，做好今天的每一件事，才會看到明天的希望。

第三日本不敢承認

這是最重要的一點，不敢承認，假如日本戰敗後像德國一樣進行全面針對法西斯的犯罪行為的清算，那就要抓戰犯伏法，戰犯是要抓罪大的，不能是個兵都抓，他們是執行命令的，所以不能叫戰犯，而我們稍有常識的人都知道，日本發動的戰爭，都是為天皇服務的，這樣一來，天皇才是最大的戰犯！那如果真要追究具體責任，天皇肯定負有最大的責任，但是我們都知道二戰結束後美國沒有追究天皇的戰爭責任，這間接導致現在一部分日本國民認為自己的前輩發動的不是侵略戰爭，而是所謂的“聖戰”，於是，恥辱感也就消失了。