多態性病毒每次感染都變化其病毒密碼，對付這種病毒，特徵代碼法失效。因為多態性病毒代碼實施密碼化，而且每次所用密鑰不同，把染毒文件中的病毒代碼相互比較，也無法找出相同的可能做為特徵的穩定代碼。
雖然行為檢測法可以檢測多態性病毒，但是在檢測出病毒後，無法做消毒處理，因為不知病的種類，難於做消毒處理。
為了檢測多態性病毒，現已研製了新的檢測法——軟件模擬法。它是一種軟件分析器，用軟件方法來模擬和分析程序的運行。
新型檢測工具納入了軟件模擬法，該類工具開始運行時，使用特徵代碼法檢測病毒，如果發現隱蔽性病毒或多態性病毒嫌疑時，啟動軟件模擬模塊，監視病毒的運行，待病毒自身的密碼譯碼以後，再運用特徵代碼法來識別病毒的種類。
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