(3)東晉、十六國佛教
中國北部在西晉滅亡後陷入十六國混戰的局面，在後趙、前秦、後秦和北涼等大國統治者的扶持與災難頻繁所造成的民眾身心失衡中，佛教發展極為迅速。
①北方諸國的佛教與政治
後趙的石勒既興儒又崇佛，當時倍受尊崇的有神僧佛圖澄、狂乞者麻襦和禪者單道開等，民間百姓則為逃避租役而多" 營造寺廟，相競出家"。石虎即位後崇佛之風更是有增無減，" 中州胡晉略皆事佛" ；在某些地區甚至成為某些人物為實現某種政治目的而借用的力量，如安定人侯子光就曾自稱" 佛太子" 而聚眾數千人。
苻堅建立前秦後以武力脅迫名僧道安至長安，並集" 僧眾數千，大弘法化"。後秦的姚興在位期間儒釋並舉，於401 年將鳩摩羅什迎至長安，" 集沙門五千餘人，一時名僧大德輩出，領南北中國佛學之先；其州郡事佛者，十室而九，聲振西域天竺，吸引了更多的外來僧人進入內地傳教"。但姚興崇佛與石勒不同，他雖主張神識不滅、三世因果，卻不崇尚靈異神通與巫術妖言，理性色彩較強，並形成由國家委派僧官管理全國僧尼寺院的制度。
北涼的統治者沮渠蒙遜興造佛像、請曇無讖譯經並教其女媳多子之術，開創密法的實際傳播。北方除了長安之外，泰山也是佛教的一個傳播據點，較著名的有僧朗等人，據史載苻堅、姚興、燕主慕容德等競相拉攏聯絡，可見北方佛教的政治影響令當朝統治者不敢輕視。
②佛圖澄、道安、鳩摩羅什與僧肇
佛圖澄(232-348年）以神異著稱，雖曾為石勒、石虎出謀劃策，主張" 當殺可殺，刑可刑" ，但主要是以因果報應、" 德化" 等觀念勸說石勒" 不為暴虐，不害無辜"。佛圖澄曾大力向民間傳播佛教，在其影響下石氏政權正式允許漢人出家為僧。佛圖澄本人持戒甚嚴，前後門徒近萬人，所歷州郡共建寺893 所。《佛教史》對他的評價是" 在北中國活動30多年，他把巫術神異和參與軍國機要同佛教教義三者冶為一體，使佛教在中國歷史上第一次被封建最高統治者作為真正信仰所崇奉，並納入國家扶植之下"。道安(312-385年）為般若學派" 六家七宗" 之一" 本無宗" 的主要代表，著有《光贊折中解》、《光贊抄解》、《放光般若析疑準》、《實相義》和《性空論》等。他首次編纂漢譯佛教經錄《綜理眾經目錄》，提出僧侶廢除俗姓統以" 釋" 為姓並形成傳統，為僧團講經說法、食住及平日宗教儀式等制定" 僧尼軌範" ，曾二次分散徒眾，傳法四方。道安生活於戰亂之際，深切體會到" 不依國主則法事難立" ，並由注重個人解脫轉變為主動承擔對社會實施" 教化" 的使命。道安將佛教的內容溶解於玄學的潮流之中，藉助玄學使外來的佛教義學進入中國上層思想領域。
鳩摩羅什(344-413 年）為中國佛教四大譯經家之一，所譯佛經一類是應長安僧俗要求新譯或重譯的佛典，其中有些佛經(如《坐禪三昧經》等）
是適應中土對禪法的需要而自行編譯的，既非原本、亦非羅什本人的主張；另一類是鳩摩羅什側重弘揚龍樹、提婆的中觀學派的代表論著，如《中》、《百》、《十二門》與《大智度論》等。鳩摩羅什的譯文" 簡練精粹，流暢可讀" ，在思想上突出懷疑論的成分，從根本上否認語言概念在把握真理上的可靠性，否認人的認識能力；但在這種" 真諦" 之外還有" 俗諦" ，即對世俗人來說，世間一切關係和一切觀念都是合理的和真實的。鳩摩羅什有弟子三五千人，見於經傳者有30餘人，有所謂四傑、八俊、十哲等美稱，其中某些人成為國家管理僧尼的正式官吏。
僧肇(384-414 年）原崇信老莊，及讀《維摩詰經》，因欣賞而出家，被譽為" 解空第一"。他在《般若無知》、《不真空》、《物不遷》和《涅槃無名》中將郭象等人的莊學與《維摩詰經》的般若觀點融為一體，並協調三世因果與涅槃的矛盾，對當時玄學與佛學所討論的主要問題做了總結性回答，這四篇論文被後人合編為《肇論》。《佛教史》稱《肇論》是" 中國道家古典哲學同外來佛教哲學在特定的政治文化條件下相沖撞交匯的產物，是中國佛教哲學發展史上的一部劃時代創作" (第172 頁）。
佛教中觀派的般若理論經鳩摩羅什發展達到頂峰，其後漢地佛教轉以《法華》與《涅槃》等為中心呈現多元走勢，《法華》" 開方便門，令一實究竟，廣其津途" ，在調合佛教內部各派、吸收各部異說的過程中增強中國佛教的適應能力。法顯所譯的《涅槃》主張" 泥洹不滅，佛有真我，一切眾生、皆有佛性" ，不僅風靡一時，而且成為後來佛教派別無不信奉的教義。道恆在《釋駮論》中所提出的僧徒應從事衣工商醫卜以自供，也為中國佛教寺院經濟的形成製造了輿論。
③東晉佛教
東晉王朝偏安一隅，清心養性、服藥長生的道教和崇尚般若學的佛教都滲透到社會上層，東晉帝王崇佛日甚一日，到孝武帝時已是立精舍於殿內，引沙門居之並允許僧尼出入宮廷、干預政事。在把持朝政的王、謝、庚、桓等世家大族中，名士與名僧關係密切，" 八達" 中的桓彝、謝琨等人崇尚大乘空宗，繼承玄學中放浪形骸、不拘禮法的傳統，" 散發裸裎，閉室酣飲" ；而孫綽、郗超等人則注重佛教的因果報應和佛性法身等說，特別是郗超的《奉法要》突出佛教治心從善的道德作用，調合佛教與儒家的正統觀念。
東晉皇室貴族競相修建佛寺，據唐法琳《辨正論》記載，共有佛寺1768所，僧尼24000 人。東晉時期的佛寺已具有多重功能：一是作為僧尼居住的處所，權貴富豪的佈施不僅使佛寺的修建費用與僧尼的生活費用有了相對穩定的保證，而且減少了遊方乞食僧侶的數量；二是作為佛教供養偶像和進行法事活動的地點，作為佛教藝術(建築、雕塑、繪畫、音樂等）直接為信教群眾服務；三是作為佛教義學活動的中心，進行佛教經典、宗教哲學、道德文化的研究與創造，直接對社會意識形態(尤其是知識界）產生影響；四是作為一種獨特的經濟實體，寺院經濟除了佈施捐獻之外，還有" 自供" 、" 營生" 等主動操作的經濟活動，包括墾植田圃、商旅博易、聚畜委積、機巧異端、佔相賣卜、行醫治病等。
佛教形成以寺廟為中心的組織制度和經濟制度，為女尼寺院的出現奠定了基礎，二晉之際洛陽建造的竹林寺居住有淨檢等20餘人，為中國第一尼寺。東晉時期江南一帶婦女出家為尼甚於北方，尼曇備有徒300 人，尼僧基亦有徒弟數百人，皇后所建寺院主要為安置女尼，而女尼的領袖人物則多出身於達官貴戚之門，具有較深厚的文化修養和宗教知識，曇羅、道儀、道容、妙音等較有名望。
東晉佛教的發展，導致中國封建社會的階級結構中又出現了一個新的階層，僧侶階層。這一階層在政治上、組織上、經濟上和文化上的特殊性，使之與原來的世俗官僚階層及世俗文化形成一定的矛盾乃至衝突。晉鹹康年間(326-344 年），中書監庚冰輔政，代晉成帝詔，斥責沙門不向王者致敬是" 矯形骸，違常務，易禮典，棄名教" ，為了統一國家的禮制法度，統一王權，沙門必須盡敬王者，實際上要將佛教這種外來宗教中國化、並將其納入中國傳統的禮法框架之中。以何充為代表的另一派則認為佛教五戒之禁實助王化，反對讓沙門盡敬王者。東晉末年桓玄專政時又重申庚冰之議，受到中書令王謐與高僧慧遠等人的反對。雙方爭執最終雖未真正實行庚冰之令，但實際上是佛教以為王權服務為代價達成了妥協。
與名士玄談之風相應，東晉佛教以般若學為顯學，而名僧之所以有" 名" ，不僅要有較高文化修養，而且要在講說般若時能出" 新義" ，號稱有" 六家七宗" ，即本無宗(道安）、即色宗(支道林）、識含宗(於法開）、幻化宗(道一）、心無宗(支愍度）、緣會宗(於道邃）、以及本無宗的分派本無異宗(竺法深、竺法汰），一般以為本無宗、即色宗和心無宗為當時較流行的觀點。
東晉最著名的僧人是慧遠(334-416 年），在廬山東林寺30餘載，" 影不出山，跡不入俗"。他繼承道安學風，在廣為介紹外來佛典、以準確把握佛教本意的同時，堅持適應時俗需要、不惜" 失本" 地將佛教納入中國傳統文化的軌道。402年，慧遠集" 息心貞信之士百有二十三人" 於廬山般若臺精舍阿彌陀像片前建齋，誓相提攜，共登西方神界，史稱此次集結為" 白蓮社" 或" 蓮社" ，也是很早流行於民間的西方淨土信仰為知識僧侶與士大夫上層所奉行的重要標誌。慧遠的主要貢獻在於將佛教同儒家的政治理論和道家的出世哲學協調起來，認為佛教要把" 處俗弘教" 與" 出家修道" 作為自己的二大任務，前者教人忠孝之義，奉上尊親，後者在於隱居求志，變俗達道。慧遠將中國傳統與外來思想結合起來，比較細緻地論述了神與情識的關係，指出了去情識、存神明的解脫之路。
" 神" ，是存在於此岸世界和彼岸世界的一種" 精極而靈者" ，" 感物而非物，故物化而不滅；假數而非數，故數盡而不窮"。" 物" 指身形，" 數" 指壽命，形死壽盡而神不滅，這是慧遠為中國佛教奠定的最牢固的神學基石。
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