在學者們的反對聲浪中，PLOS ONE撤稿了一篇論文，其主要內容是健康腸道菌群飲食對於健康的好處。這項研究在2017年的6月份出版，研究中介紹了一種能夠恢復健康腸道菌群的食譜，作者稱，該食譜可以改善腸道菌群的健康和多樣性。
這本書的作者也是本文作者之一
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這篇論文剛出版就引起了一些批評，甚至導致了PLOS ONE的一位學術編輯辭職。《華爾街日報》說，“這項研究的結論並沒有得到數據的支持”，並且文章現在已經撤稿了。但是從這個案例可以看出PLOS ONE在同行評議方面的侷限性。
這篇文章最大的問題就是，實驗沒有對照組！並且，連盲法都沒做。參與者知道自己吃的是特殊食譜，具有極強的安慰劑效應。此外，結果數據包括自我報告，包括體重和症狀。自我報告的體重數據沒有得到研究人員的驗證，也沒有膳食措施被納入評估飲食依從性。用於評估參與者症狀的工具的有效性和可靠性尚未得到證實，並且由於沒有經過驗證的措施或量表被用於評估認知功能或情緒幸福感。
文章Discussion裡自己寫了，好誠實…
其他問題還有：
• 作者沒有報告潛在的混雜變量，如參與者在研究之前或期間是否使用藥物或膳食補充劑；
• 未詳細報道飲食中的益生元和益生菌成分以實現再現性；
• 作者沒有報告功效計算來支持樣本量，並證明它足以評估預期效果；
• 作者沒有在他們的方法部分中清楚地報告統計分析計劃和方法，並且考慮到Cronbach's alpha在該研究中的應用；
• 由於作者沒有評估微生物組成，因此不支持作為“腸道菌群修復”飲食的干預措施。
這簡直是研究設計的最佳反面教材，正常來說，研究出現了這麼大的紕漏根本就無法發表。但詭異的是，它就這麼神奇的通過了同行評議……
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這樣的文章出版後當然引起了學術界的軒然大波，但作者並不願意就此撤稿。他們認為，這項研究已經完成，並通過了同行評議過程出版。而研究的侷限性在文章中有清楚的說明，任何讀者都能看到。PLOS ONE期刊自然也知道這回事，既然當時沒有拒稿，現在當然也就沒理由撤稿。
但PLOS ONE就沒這麼淡定了，同行評議流程出了這麼大的漏洞。當讀者在社交媒體上發表批評意見並聯系編輯部時，PLOS ONE編輯就開始意識到這篇文章問題的嚴重性。調查了投稿記錄後發現，一些問題在同行評議中被提出，但沒得到充分解決。
為此，英國考文垂大學營養講師Duane Mellor在閱讀報告後辭去了他在PLOS ONE的學術編輯的職位，並表示只有這篇文章撤稿，他才會考慮再回來。PLOS ONE的編委經過調查和討論後決定撤回論文，但即便是這樣，文章作者還是不同意撤稿。
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近年來同行評議弊病暴露的越來越多，除了上述這篇漏網之魚外，同行評議造假成了最常見的撤稿原因，還有諸如難以找到合適的審稿人以至於拖稿嚴重以及審稿人是否心懷偏見等等，均是研究者抱怨的對象。
另外審稿人有時會出於惡意競爭，做出無底線剽竊作者文稿的事情。比如2016年末就發生這麼一起惡性論文剽竊事件，這種行為已經嚴重違背了同行評議當初設立的初衷：為了更好體現論文的科學性和公正性。
為了對同行評議系統的這些問題進行改進各家出版商紛紛推陳出新以適應新時代的要求。至此一些“標新立異”的同行評議模式就此問世。
1.互動同行評審
eLife自誕生後，就明確的在其網頁上寫著“我們不會推銷影響因子”，以彰顯期刊的個性。
因而其同行評議過程也是別出心裁。它會讓審稿人在網上進行討論，然後給出統一的修改意見，以節省作者的時間，也使審稿流程得到簡化。審稿編輯還能直接評估修改版的質量，大多數情況不需要再送第二輪外審。
2.公開同行評審
比如被Springer收購的最早開放獲取出版商BioMed Center，其旗下期刊就有很多是採用透明評審方式，即作者和審稿人都互相知道對方的身份，審稿人會對審稿報告簽名，在文章發表後審稿報告和作者的回應都會隨著文章同時發表。
但也有人擔憂這種方式會導致審稿人不願提出針鋒相對的批評意見，畢竟沒有匿名的保護會有得罪人的風險。
3.發表後評審
想來眾研究者都應知曉Faculty of 1000這個論文推薦平臺，其旗下的F1000Research採用就是出版後評審模式。審稿人信息以及評審意見等都會在文章頁面實時更新，只有當文章收到至少兩份“認可”的審稿報告後，才能夠被PubMed Central等數據庫收錄。
這種模式雖然保證了非常快速的論文出版和非常透明的評審流程，但也存在一些問題，比如有些文章會一直收不到審稿報告，或者有些文章會收到審稿報告但作者並不去修改等。
4.預印本（Preprint）
有時文章的審稿週期確實會比較長，因為認真評審一篇科學論文並提出中肯的意見是一件非常耗時的事情，又很難指望繁忙的評審人在同意接受邀請以後就立刻放下手頭的一切優先進行評審。
此時，預印本對急於發表的研究者而言是一個解決途徑，在論文正式發表於同行評審的雜誌之前，就先以預印件的形式在網上公佈，如生物領域內的BioRxiv（http://biorxiv.org/）和國內的中國科技論文在線（http://www.paper.edu.cn/），這樣既可以保證自己發現的優先權，也可以儘早得知同行的反饋意見，便於修改和正式投稿。
5.獨立評審公司
比如美國的Rubriq公司（www.rubriq.com）和芬蘭的Peerage of Science（https://www.peerageofscience.org/），這兩家公司均旨在解決傳統同行評議質量問題和時間慢的問題。其實，類似的公司還有非營利學會Axios Review，但該公司已於今年的3月1日關門了。
Rubriq公司會先對文章進行初篩，隨後分配三位評審人進行雙盲評審，並對文章的選題新穎性、表達質量、科研質量進行打分並給出一個虛擬R值，再依據R值向作者推薦期刊。向作者收費，一篇文章大概700美元，其中100美元交給審稿人。
Peerage of Science審稿流程：1）研究者上傳稿件時先自行設置審稿截止日期；2）審稿人收到稿件推送，自行選擇感興趣的投稿；3）審稿人之間互評其它審稿人提交的審稿報告；4）訂閱的期刊編輯可以實時查看審稿過程並且給感興趣的稿件作者發送出版邀請。最重要的是它只向期刊出版商收費，而對科研者是免費的。
雖然通過這些公司能免去找尋審稿人的麻煩，但是這總歸是新生事物，很多研究者對此還是處於觀望態度。而且基於國內科研的大環境，研究者更多時候還是會老老實實給期刊雜誌推薦審稿人。
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