聽過酸菜講課的同學都知道,文章有五恆量和三變量。做一個疾病恆量都是基本固定的,區別就在於變量中的分子、藥物和通路。做腫瘤研究的小夥伴就非常Happy了,因為已經有了很多現成的數據庫把分子機制都總結好了,直接可以拿來用。
像第一期單元課講的Oncomine(回覆“單元課01”獲得課件)就是一個常用數據庫,可想完全發揮它的實力需要一個edu的郵箱,但現在,連萬能的淘寶上郵箱都斷貨了(我們真沒收廣告費...)。所以這次單元課我們就來學個不用整郵箱的,TCGA數據庫。
TCGA數據庫中收錄了超過11000位患者、33種腫瘤及配對正常組織的高通量芯片或測序數據,包括10種罕見腫瘤,對腫瘤研究者來說可謂巨大寶庫。
我們拿到這些數據後能幹嘛呢?比較常見的操作有:
分析腫瘤中基因突變的情況,找到有研究價值的致癌突變;
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比對腫瘤和正常組織,尋找異常的基因重組現象;
分析腫瘤中差異基因的表達,找到有研究價值的基因;
分析基因變異情況與預後的關係,探索研究或臨床價值;
通過比較基因的表達關係,分析腫瘤中基因的調控網絡……
雖然TCGA的官網只有檢索和簡單的分析(17年11月新增了Analysis功能),但只要有數據,用其他眾多工具可以實現各種花樣的研究需求。
更美好的是,現在TCGA的檢索技巧、初步的Analysis、數據下載和拓展應用,都融和在一份89頁的解螺旋單元課PPT裡~
1
主頁面及功能簡介
2
檢索模式
3
Analysis模式
4
數據下載
5
拓展:利用R語言分析
如此細緻精美的講解,已經驚豔得讓小編說都不會話了。聽內測學員說,這些內容在別的地方收費還不菲,嚇得我又吃了一鯨!
小夥伴們還等什麼?這回要一下子解決TCGA能、好、怎的問題~
公眾號下回復關鍵字“單元課05”即可獲得課件。
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