听过酸菜讲课的同学都知道,文章有五恒量和三变量。做一个疾病恒量都是基本固定的,区别就在于变量中的分子、药物和通路。做肿瘤研究的小伙伴就非常Happy了,因为已经有了很多现成的数据库把分子机制都总结好了,直接可以拿来用。
像第一期单元课讲的Oncomine(回复“单元课01”获得课件)就是一个常用数据库,可想完全发挥它的实力需要一个edu的邮箱,但现在,连万能的淘宝上邮箱都断货了(我们真没收广告费...)。所以这次单元课我们就来学个不用整邮箱的,TCGA数据库。
TCGA数据库中收录了超过11000位患者、33种肿瘤及配对正常组织的高通量芯片或测序数据,包括10种罕见肿瘤,对肿瘤研究者来说可谓巨大宝库。
我们拿到这些数据后能干嘛呢?比较常见的操作有:
分析肿瘤中基因突变的情况,找到有研究价值的致癌突变;
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比对肿瘤和正常组织,寻找异常的基因重组现象;
分析肿瘤中差异基因的表达,找到有研究价值的基因;
分析基因变异情况与预后的关系,探索研究或临床价值;
通过比较基因的表达关系,分析肿瘤中基因的调控网络……
虽然TCGA的官网只有检索和简单的分析(17年11月新增了Analysis功能),但只要有数据,用其他众多工具可以实现各种花样的研究需求。
更美好的是,现在TCGA的检索技巧、初步的Analysis、数据下载和拓展应用,都融和在一份89页的解螺旋单元课PPT里~
1
主页面及功能简介
2
检索模式
3
Analysis模式
4
数据下载
5
拓展:利用R语言分析
如此细致精美的讲解,已经惊艳得让小编说都不会话了。听内测学员说,这些内容在别的地方收费还不菲,吓得我又吃了一鲸!
小伙伴们还等什么?这回要一下子解决TCGA能、好、怎的问题~
公众号下回复关键字“单元课05”即可获得课件。
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