從明朝建立之初，商業稅就被壓低到驚人的程度，這方面的記載很多。明初對日用品的生產和流通採取輕稅政策，“關市之徵，宋、元頗煩瑣，明初務簡約”，洪武初規定“凡商稅，三十而取一，過者以違令論” 。
當時山西平遙一個地方官員比較能幹，在恢復增加商業稅收上成績突出，按照考核應該受到表彰。結果到了朱元璋那裡，反而被批評是“剝削下民”，受到懲處。還有一個商人的貨物銷售情況不好，到官府告發，說是某地官吏為了向他收稅，把他留了下來，耽擱了時間。結果朱元璋杖責了收稅官吏，還讓他按照貨物價值賠錢給商人。
永樂時明政府進一步放鬆了對民間稅收的管制：“婚娶喪祭時節禮物、自織布帛、農器、食品及買既稅之物、車船運己貨物、魚蔬雜果非市販者，俱免稅。”
不僅低稅，朱元璋和朱棣還有意識扶持商人：
明初朱元璋下令工部在南京建有16座大酒樓……待四方之商賈……時人李公泰用集句歌詠十六樓……比如詠南市樓：納納乾坤大，南樓縱自初。規模三代遠，風物六朝餘。
還有，一開始各地商人來南京，沒有地方放貨物，朱元璋還專門讓人修建塌房，給商人提供方便。到了永樂時期，還在北京修建塌房，“準南京例，置京城官店塌房”。
明初雖然商稅低，但凡是徵收的部分還是實打實的，到了明代中晚期，商稅偷逃漏稅在官方有意識縱容下，就少得更不像話。
我們先通過萬曆早期的一些數據來對當時商稅數額有一個大概認識：
商業稅收入包括鹽稅250萬兩、茶稅10餘萬兩、市舶稅4萬兩、通過稅60萬兩、營業稅20萬兩，總額不過340萬兩。（後來一度有所增加，但基本上沒太大區別。）
黃仁宇評論說：
當稅目增多時，稅收水平必定提高，但這種一般的看法卻不適用於明朝的雜色收入的徵收。儘管稅目非常多，但稅收總額卻比較小。在最理想的情況下，所能徵收到的最大數額也不過378萬兩白銀（這個數字已經是把所有的如鹽稅茶稅都統統包括進去了），這相對於帝國的需要而言，則十分可憐。……相對於如此廣泛的徵收範圍，可以認為其徵收水平實際上低得可憐。雖然許多學者批評明朝稅收過重，但是他們主要是從道德層面進行批評。他們主要關心的是揭露徵收者的貪婪和民眾的艱辛，而不是去探討稅收制度本身所固有的問題。他們的描述給人們造成這樣的印象，那就是主要的問題都是稅收過重造成的，而實際上這些困難的產生更可能是稅收過低造成的。應該指出，雜色歲入的378萬兩白銀如果按照16世紀晚期1億5千萬人口平攤，則平均每人只有17文銅錢。
而從具體來看，明代除了運河沿岸及北京、南京附近，其他地區商業關稅幾乎等於沒有：
七大鈔關，除了九江外，其餘六個河西務、臨清、滸墅、北新、揚州、淮安都在運河沿線；門稅、崇文門稅的徵稅對象是出入北京的貨物；通過稅中有五十萬兩左右都集中在運河沿岸及北京南京附近。其時國內商路的開闢已經有相當規模，而徵稅設卡相對滯後，連江湖要津的設榷都難以充分。
還有，各地區商稅徵收不平衡，發達繁榮的地區商業稅反而更少：
分省區營業稅額與各省區商業水平之間存在著嚴重脫節，具體表現有二：對多數省區而言，商業水平和營業稅額與其在全國的地位不相符合；各省區商業水平與營業稅額之間不相稱，廣東等經濟發達地區尤為明顯。
而黃仁宇舉的一個例子更說明情形的荒謬：
山西汾陽縣，1609年商稅是6606兩白銀，稅額很高（其實所謂的高也是相對於其他地方低到幾乎等於沒有的商稅——引者注）。但是在浙江金華縣，這是一個很繁榮的地方，1578年所列出的定額不足7兩，地方誌中坦率地承認商稅徵收已經停止了很長時間了。
再從一些比較重要的稅收項目來看明代工商業稅低下的程度。
比如明代市舶稅（相當於現在海關的進出口稅收），只需要和一些私人海上貿易集團的收入比較，就可以看出明代政府收的稅低到了什麼程度。據記載，崇禎時期鄭芝龍集團崛起，“海舶不得鄭氏令旗，不能往來，每舶例入二千金，歲入以千萬計，以此富敵國”。當時荷蘭的東印度公司根本無法和鄭芝龍集團競爭，無論在軍事上還是在貿易上都是如此。就連鄭氏家族手下其他成員都富可敵國，如戶官鄭泰“守金門，資以百萬計，富至千萬，少者百萬”。
這雖然是崇禎時期的事情，但是也可以拿來作一個對比。鄭芝龍集團完全是依靠海上貿易崛起的，但僅僅憑藉海上貿易的利潤以及每舶例入二千金的徵收費用，就達到了“歲入以千萬計”。再對比一下明朝政府，全部商業稅收加起來，一年也就是可憐的三百多萬兩（其中的市舶稅只有區區四萬兩）。
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