細菌有基本結構和特殊結構兩種結構。基本結構包含細胞壁、細胞膜、細胞質及少量的細胞器，沒有細胞核，核內的遺傳物質均分散在細胞漿中。
有些細菌有特殊結構，如黃膜、鞭毛、芽孢和菌毛。黃膜是細菌胞壁外的一層滑液樣物質，在白細胞捕捉細菌的時候，細菌依靠它逃逸。芽孢是在條件惡劣的情況下，有的菌體發生濃縮、外殼變厚所形成的一種小體，它可以幫助細菌躲過難關，並在條件適宜時重新長成菌體。鞭毛是細菌長出的長長的尾巴或長毛，它可以擺動，細菌靠它可以運動。菌毛是細菌周身長的一層細絨毛，通過菌毛可以黏附在寄生物表面。
作為一個獨立的生命體細菌時刻進行著新陳代謝，與周圍環境進行物質交換，合成菌體組成成分，分解一些物質，獲得能量。在新陳代謝的同時，細菌也進行著生長和繁殖。這都是一些生物化學反應的過程。
在這一過程中，需要各種酶（生物化學反應的催化劑，是一種蛋白質）參與，不同的細菌有不同的酶系統，因此就可以通過鑑別所含的酶來鑑別細菌。
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