隨著經濟得到發展，環境問題越發突出，為了防止農村環境進一步汙染，國家對焚燒秸稈的行為是零容忍，一旦發現，就嚴懲。因此，在這種情況下，村民對秸稈進行還田，從而避免因秸稈焚燒而引起的大氣汙染。
幾年下來，雖然秸稈還田逐步被人們接受，但記者通過調查發現，一些秸稈還田的弊端也在陸續凸顯出來：
1、還田蟲害多，影響收成。
農業最怕的除了自然天氣這些不可控因素的影響意外，就是病蟲害了，秸稈中含有大量幼蟲，在粉碎過程中很難消除，農民第二年會接著種糧食，開始翻土，再次把蟲子翻到土裡，慢慢成長成成蟲，成為莊稼的一種隱患，威脅莊稼收成。
2、降解週期長，影響播種。
秸稈還田後，會被翻到土壤下面，很難徹底清除乾淨，然後再接著種農作物，但是這樣農作物並不會完全接觸到土壤，所以要立即灌溉，使土壤和種子進行完全的接觸，不然一旦出現乾旱缺水，農作物就會“死掉”，從而影響播種，降解週期。
3、種地成本增加，糧食減產（秸稈還田需要人工處理，要花錢）。
如果還沒有等秸稈完全的被土地吸收消化就開始種新的莊稼，勢必會影響到農作物的出苗率，也會導致土地的肥力下降。農民為了保證農作物的正常生長，會繼續加肥，再加上沒有處理乾淨的病蟲害，農民費錢又費力。
4、造成土壤蓬鬆，農作物倒伏。
由於秸稈連年還田土壤過於蓬鬆，種子紮根在秸稈層，農作物變得非常不抗倒，生長後期稍有點風加雨便可能出現倒伏。
5、水分過大，造成作物爛根。
小麥播種後就怕土壤水分大，如還田後被埋在表層土下，含水量較大，而且不容易幹，會造成小麥爛根。如果雨水一多，土層下沒有漚爛的秸稈正好吸附了水分，將嚴重影響小麥生長。
秸稈不經過堆漚處理，科學實行秸稈還田，能夠有效地促進土壤肥力的不斷提高，節約運輸力和勞動力，進一步緩解青壯勞動力短缺的壓力。下面介紹秸稈直接還田的作用：
1、改善土壤結構性。
秸稈還田直接施入土壤，要比先把堆積分解，而後施入土壤更有利於改善土壤的結構性。
2、固定和保存氮素養料。
作物收穫後立即將秸稈切碎加以翻耕，能增加土壤的固氮作用，同時又能使土壤中原有的含氮化合物免於損失。新鮮秸稈施入土壤後，一方面為好氣性和嫌氣性的自生固氮菌提供能源而促進固氮作用。新鮮秸稈分解過程中所保存的氮素，大部分易轉化為有效態，供當季作物利用。
3、促進土壤中植物養料的轉化。
秸稈直接還田較之堆漚腐熟後施用，更能加強土壤微生物的活動。這樣不僅可以加速有機質本身所含植物養料的分解，而且有助於土壤中原有的磷、鉀等礦質養料的釋放，從而加速了土壤中“生物小循環”的進程，有利於土壤有效肥力的進一步提高。
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