事業單位合併，通常情況下會在合併之初先發布新的組織架構以及單位合併後的人員安置辦法，並對新單位中的各崗位職責進行相應的調整。
而事業單位人員的原職務會一併撤銷，通常都不會保留，而是根據新單位的情況進行相應的調整。
事業單位改革後人員分流安置工作通常分為一下幾種情況：
第一，對無法安置在事業單位的人員，如果達到法定退休年齡或者喪失勞動能力符合國家退職條件的人員，會直接給辦理退休，或者經單位審批提前辦理提前內退或者退職手續。
第二，對於事業單位撤銷、整合或者核減編制中無法另行安排工作的人員，按相關規定發放補償金，由單位辦理辭退手續。
第三，事業單位合併後，屬於公務員管理的事業單位人員，可以雙向選擇，繼續留在機關公務員隊伍中安排其他工作。
第四，對於單位被整編後無空缺轉公務員行列而進入其他事業單位的，可保留事業單位身份，在新單位就職，執行新單位的工資職稱和福利待遇。
第五，如果由原事業單位整編後轉為企事業單位的人員，則由新企業按照勞動法相關規定簽訂勞動合同，執行企業的管理制度。
綜合以上情況，不管是在編還是非在編的人員，在事業單位合併後，原職務都是會被撤銷，並重新任命。
涉及單位合併，面臨領導職數削減，原來領導無法安排，那怎麼辦？一般都採用下面辦法：
第一，採取調動崗位。比如衛生局和計生局合併，原衛生局局長任衛計局局長，原計生局局長無法安排，可能會調到其他單位任職。
第二，提前離崗。有時單位合併，領導崗位變少，有的可能會提前離崗。提前離崗是基層特色，領導離崗不同於退休，可以繼續保留原待遇，單位各項福利繼續享有。
第三，提升一個級別，任非領導職務。比如原來是科長，單位合併後無處可去，但因為以前給單位做過貢獻，單位會爭取一個副調研員職位。
單位合併方式
1.掛牌機構。B單位成為A單位的掛牌機構，其職能、人員、編制全部併入A單位，和A單位一塊牌子，兩套人馬，單位名稱規範為：A（B），原機構、職能、編制都在，唯一不在的是原來的領導職數，一把手肯定不存在了，副職一般也只會給A單位增加一名專管B單位事務的副職，其它副職也取消了。
2. 合併。B單位消失，其職能、人員、編制全部合併到A單位，不再保留B單位名稱，B單位的領導職務也同機構一樣同時取銷。
3.下屬單位或內設機構。B單位合併到A單位內，成為A單位的下屬機構或者內設機構，一般級別、機構名稱、人員、編制、領導職務都不會發生變化，和原先一樣，只不過多了一層隸屬管理關係。
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