古巴導彈危機是人類歷史自有戰爭以來最嚴重的一場生死危機。對峙雙方是兩個“核超級大國”，他們都有能力把對方毀滅數十次，把地球毀滅數十次。這不只是美蘇在勝利與失敗之間選擇，而是全人類在生存與毀滅之間作選擇，其勝利或失敗超越了歷史上任何失敗或勝利的涵義。肯尼迪面對核危機，顯示了超常的冷靜、理智。在局勢幾乎無望、多數下屬都主張空襲古巴、以直接軍事打擊解決危機時，他堅定地選擇了封鎖古巴一途，給自己、也給赫魯曉夫留下了迴旋餘地，留下了解決危機的通路，實現了美國利益的最大化。如果他不選擇封鎖，而是選擇空襲古巴及在古巴登陸的直接軍事行動，把赫魯曉夫逼到戰略死角，即使不爆發美蘇核大戰，局勢也會危險得多。赫魯曉夫莽莽撞撞地在古巴建立中程導彈基地，不但是不必要的戰略冒險，也是一種戰略愚蠢。他的愚蠢使他和蘇聯丟了臉，也是他下臺的重要原因。在核時代，孫子的話有比以往更強大的生命力：“兵者，國之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也。”
1962年，10月22日，星期一。這天下午，美國總統肯尼迪在白宮他的書房裡，突然通過廣播向美國和全世界發表了一則公開聲明。聲明在陳述了蘇聯在古巴建立核基地、安裝核導彈的事實及美國決心對古巴採取“隔離措施”後，強硬地聲明美國決心“消除這種核威脅”，並立即採取如下措施：（1）對一切正運往古巴的進攻性軍事裝備實行海上“隔離”；（2）加強對古巴本土的監督；（3）從古巴發射任何導彈將被認為是蘇聯對美國的攻擊；（4）加強美軍在古巴關塔那摩基地駐軍的力量；（5）立即召開美洲國家組織會議，討論對西半球安全的威脅；（6）召開聯合國安全理事會緊急會議，審議對世界和平的威脅；（7）呼籲蘇聯放棄“統治世界的方針”。
肯尼迪的強硬聲明，不僅震驚美國和蘇聯，也震驚了全世界。命運的時針在滴答作響，人們憂心多年的美蘇核大戰陰霾更濃了。美蘇核大戰幾乎到了一觸即發的最後關頭。世界主要報紙的頭版通欄標題是：美蘇真的要打核大戰嗎？世界和平走到盡頭了嗎？
至此，古巴導彈危機開始向高潮階段發展。
古巴導彈危機緣起的政治與戰略背景與古巴革命和古美關係密切關聯，也與美蘇冷戰對抗密切關聯。1959年1月古巴革命成功後，反美親蘇的卡斯特羅政府上臺，古美關係日趨緊張，蘇聯乘機謀求在美古之間打進楔子，通過支持古巴在加勒比海獲得戰略立足點，加強對美戰略地位。為此，從1960年開始，蘇聯不但逐漸增加了對古巴的經濟、政治與軍事援助，還決定向古巴運送中程導彈，在古巴建立針對美國的戰略基地。
1962年7月2日，古巴武裝部隊部長卡斯特羅訪問蘇聯。在他訪問期間，蘇、古達成了一項秘密協議：蘇聯將在當年秋季，在古巴秘密部署核導彈。具體計劃分兩步走，第一步是向古巴運送薩姆防空導彈和米格—21戰鬥機等防禦性武器。第二步是待地對空導彈部署到位，再向古巴運送中程導彈和能夠運載核彈的伊柳辛—28中程噴氣式飛機等進攻性武器。蘇聯的意圖是，通過在古巴建立中程導彈基地，加強對美國的戰略威懾，抵消美國在歐洲、土耳其等地對蘇聯的威懾。蘇聯部長會議主席赫魯曉夫還武斷地認為，一旦蘇聯在古巴建立的中程導彈基地成軍，美國將無可奈何，只能承認既成事實。
當年7月下旬，第一批經過偽裝的蘇聯裝備用商船運抵古巴。但是，隔牆有耳，自認為天衣無縫的蘇聯計劃很快被美國情報機關偵知。美國中央情報局的情報人員通過在古巴難民中的線人，獲悉了古巴港口比往常繁忙的情報，並對情報進行了嚴密研判、證實。三個星期後，中央情報局給肯尼迪總統送去了一份緊急報告，稱蘇聯大概已在古巴建立了薩姆型地空導彈發射基地。於是，肯尼迪下令立即加強對古巴的航空偵察活動。
8月29日，美國U—2飛機在古巴上空拍下了蘇聯在古巴建立的一個地對空導彈發射場以及蘇式中程轟炸機的清晰照片。蘇聯在古巴建立戰略基地的情報得到明白無誤的證實。9月4日，肯尼迪就此向蘇方發出正式警告，明確宣稱美國不會容忍蘇聯在古巴部署進攻性武器，並稱如蘇聯違背這一“遊戲規則”，“將發生最嚴重的事情”。同一天，赫魯曉夫給肯尼迪寫了一封信，矢口否認有關蘇聯在古巴部署進攻性武器的說法，並稱他在11月美國國會選舉前，不會挑起任何事端。
肯尼迪當然不會被赫魯曉夫的承諾所迷惑。他命令美國有關部門進一步增加U—2飛機對古巴的空中偵察。1962年9月5日、17日、26日和29日以及10月5日和7日，U—2飛機在古巴上空進行了罕有的連續偵察飛行。10月14日，一架美國U—2飛機在對古巴西部聖克里斯托爾進行飛行偵察時，拍下了蘇聯在那裡建立中程導彈基地及中程導彈的清晰照片。美國國家安全事務助理喬治·邦迪在得知這一情報後，於10月16日向肯尼迪作了彙報。
幾番消息彙總，使得肯尼迪已經確定蘇聯的意圖。蘇聯在古巴部署進攻性導彈，是對美國的戰略挑釁，如果任其部署而不作反應，不但有損他在政府中的威信，削弱他在國會的信譽，激起美國公眾對他的不信任感，而且還將削弱美國的全球戰略地位與國家安全，使美國遭遇蘇聯中程導彈的直接威脅。於是，他指示喬治·邦迪召集國家安全委員會會議，商討對策。
10月16日，專門應對古巴導彈危機的美國國家安全委員會第一次會議如期舉行。與會人員有國防部長麥克納馬拉、國務卿臘斯克、副總統林登·約翰遜、中央情報局局長麥科恩、參謀長聯席會議主席泰勒、負責拉丁美洲事務的助理國務卿愛德華·馬丁和前國務卿迪安·艾奇遜等人。肯尼迪並決定由這些人臨時組成國家安全委員會執行委員會，負責處理古巴導彈危機事務。會議一開始，就出現了兩種不同的主張。參謀長聯席會議主席泰勒將軍、國防部助理部長保羅·尼采、財政部長道格拉斯·狄龍等人主張對在古巴的蘇聯導彈基地實行“外科式手術”打擊，即通過轟炸摧毀古巴導彈基地。麥克納馬拉則主張進行某種形式的外交試探。爭論沒有結果。
10月17日，“執委會”繼續討論對策。會上共提出了6種可供選擇的方案：（1）目前什麼行動也不採取；（2）派使者去見赫魯曉夫，悄悄解決此事；（3）把蘇聯人拉到聯合國安理會去解決；（4）封鎖；（5）空襲；（6）入侵古巴。六條對策中，前三條是溫和解決方案，後三條是強硬解決方案。會議否定了溫和解決方案。決定選擇強硬對策。在強硬對策中，最後一條對策被暫時擱置。爭論的焦點集中到封鎖還是空襲兩種具體方案上。麥克納馬拉等少數人主張對古巴實行海上封鎖。他認為轟炸和封鎖都是戰爭行為，但封鎖的好處在於，至少在最初階段，可以避免流血，給對方留下選擇時間、空間，有較大的靈活性。但是，“執委會”多數成員贊成空襲方案。
10月19日，“執委會”成員從早到晚，又開會討論了一天一夜。經過辯論，空襲派成了少數派，封鎖派開始佔據上風。會議並決定由肯尼迪於22日晚上發表一個措詞強硬的演說，向美國和全世界宣佈蘇聯在古巴部署進攻性導彈的事實和美國的對策。肯尼迪原則上同意封鎖古巴，但在最後拍板前，他兩次召見空軍指揮官，仔細詢問空襲古巴是否可行。他得到的回答是：即使對古巴發動大規模空襲，也未必能消滅蘇聯在古巴的全部導彈發射場和核武器。即是說，空襲不能解決問題，還可能把局勢弄僵。於是，肯尼迪接受了封鎖古巴的建議。
此後，美國為封鎖古巴開始做準備。當天下午6點，美國國家安全委員會召開會議，就封鎖古巴的細節進行部署。外交上，美國務院官員開始對美洲國家組織進行拉攏工作；艾奇遜被派到歐洲，向戴高樂和北約組織通報美國即將採取的行動。宣傳上，美國新聞署與各傢俬營電臺做出專題節目轉播安排，準備把肯尼迪的講話用西班牙語對古巴和拉丁美洲播放。軍事上，美三軍加強戒備，海軍在加勒比海部署了180艘艦艇；B—52轟炸機部隊奉命滿載原子武器在空中進行值班飛行；第一裝甲師深夜從得克薩斯出發，開往佐治亞州的港口準備上船，美軍還有另外5個師也處於戒備狀態。
10月22日下午6時，美國國務卿臘斯克會晤了蘇聯駐美大使多勃雷寧，以嚴厲口氣要求蘇聯從古巴撤走中程導彈等進攻性武器。35分鐘後，肯尼迪就向美國和全世界發表了那篇嚴厲的聲明，披露蘇聯在古巴部署中程導彈、宣佈美國的封鎖對策。次日，肯尼迪簽署了美國對古巴實行海上封鎖的公告。
肯尼迪的聲明引起克里姆林宮一片混亂。赫魯曉夫沒有料美國能在古巴導彈基地還未建成就很快發現，並迅速反應，作出了封鎖古巴的強硬對策。直到13個小時後，即莫斯科時間10月23日下午3點，蘇聯才以塔斯社名義發表了蘇聯政府的第一個聲明，譴責美國的海上封鎖是“海盜行為”。
10月24日上午10點，美國的封鎖聲明生效。一支以“特遣-136”為番號的美國艦隊，按既定部署，在西距古巴300多公里的一條巨大弧線上擺開，迅速封鎖了由大西洋通往古巴的5條航道。10點32分，向古巴方向行駛的20條蘇聯貨船停了下來，其中的18條稍後陸續掉頭開回蘇聯。蘇聯妥協了，但美國不肯就此止步。根據U—2飛機偵察的結果，古巴導彈發射場的工程還未停止。美國認為，如果工程不停止，事情就不算完，危機就不算結束。
10月25日，局勢仍在僵持狀態。有一艘蘇聯貨船“布加勒斯特”號通過了封鎖線，美國軍艦隻是尾隨它航行，進行監視，但沒有登船檢查。這樣做的目的，用肯尼迪的話來說，是“不想把他（指赫魯曉夫）逼得走頭無路”。
次日下午一點，局勢開始有了轉機。蘇聯駐美大使館參贊、克格勃華盛頓站站長亞歷山大·弗明主動與美國廣播公司駐國務院記者約翰·斯卡利進行了接觸，並轉達了赫魯曉夫的建議：如果肯尼迪總統願意公開宣佈不入侵古巴，那麼，他準備在聯合國的監督下把導彈撤出古巴。斯卡利將這個信息轉告了國務卿臘斯克。美國政府認識到蘇聯已有意從古巴撤回導彈。華盛頓時間晚上9時，赫魯曉夫又給肯尼迪寫了一封信，信中又重提了弗明轉達給美國政府的建議。
但在10月27日，莫斯科廣播電臺播放了赫魯曉夫致肯尼迪的另一封信。在這封信中，赫魯曉夫要求美國以撤除在土耳其的導彈來換取蘇聯撤除在古巴的導彈。正在這時，一架美國U—2飛機在古巴上空被擊落，機毀人亡。美國判斷，U-2飛機被擊落說明古巴導彈發射場的薩姆導彈基地已經投入使用。聯邦調查局也報告說，駐紐約的蘇聯外交官正在準備銷燬文件。這三件事，使得“執委會”成員一致認為除了接受三軍參謀長的建議，對古巴發動空襲併入侵古巴外，危機將無法解決。但肯尼迪拒絕了空襲建議。他接受司法部長羅伯特·肯尼迪的建議，決定不理睬赫魯曉夫的第二封信，只就其第一封信作回答，要求蘇聯先從古巴撤出進攻性導彈，然後美國才同意撤除對古巴的封鎖，並保證不進攻古巴。
對肯尼迪的覆信，赫魯曉夫作了積極反應。他在覆信中表示，古巴導彈發射場的工程將予停止；被認為是“進攻性”的導彈將在聯合國的監督下裝箱運回蘇聯；立即在聯合國談判，以便最終解決危機。當天中午，肯尼迪發表了一個聲明，表示歡迎赫魯曉夫具有“政治家風度的決定”，認為這是“對和平的一個值得歡迎和建設性的貢獻”。但又表示，封鎖不是在導彈撤走之前，而是在撤走之後結束。
11月8日至11日，在美國軍艦監督下，蘇聯船隻從古巴運走了導彈。11月20日，美國國防部長麥克納馬拉根據肯尼迪總統的指示，下令解除對古巴的封鎖。次日，蘇聯也對軍隊下達了“解除動員令”。至此，一場瀕臨核大戰邊緣的危機終於平息。
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