暗視野顯微鏡
暗視野顯微鏡是光學顯微鏡的一種，它在顯微鏡中裝入特殊的暗視野聚光器。經暗視野聚光器後，照明光線不能直接進入物鏡，而是形成傾斜的光線通過標本，標本的像是由標本散射和反射的光線形成的。
暗視野顯微鏡形成的像，背景是黑暗的，像是亮的，由於反差的增大，提高了分辨率，所以適合於觀察單細胞有機體、硅藻、放線蟲類、細菌、細胞中的線狀結構如鞭毛等。使用時應注意聚光器的數值孔徑應大於物鏡的數值孔徑，以確保照明光線不進入物鏡內。
熒光顯微鏡
以強光激發標本，使標本中的熒光物質產生熒光，用來觀察這種熒光的顯微鏡稱為熒光顯微鏡。熒光顯微鏡能夠觀察和分辨標本中產生熒光的成分和位置。
根據激發光照明方式的不同，熒光顯微鏡可分為透射式和落射式兩類，生物學和醫學觀察中多用落射式熒光顯微鏡。每種熒光物質都有其特定的激發光譜和發射光譜，熒光物質的熒光發射波長長於它的激發波長，並且二者間又有一定的重疊，所以熒光顯微鏡中，除具有很強的激發光源如氙燈或汞燈外，還具有一套濾片系統，如激發濾片、雙色分光鏡和阻斷濾片等，用以分離開激發光和發射熒光，使能觀察到純熒光，所以使用熒光顯微鏡時，應根據熒光物質的光譜性質正確地選擇濾片。
在生物學和醫學的應用中，熒光顯微鏡能用來觀察自發熒光、熒光染料染色熒光、化學物質誘發熒光、免疫熒光和酶誘發熒光等。
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