葡萄牙人在16世紀就控制了橫跨半個地球的商業航線，這個人口不到200萬的小國，竟然壟斷了世界上香料、食糖、黑奴貿易，確實令人咋舌。然而，盛世之下有隱憂，歐洲其他國家眼紅葡萄牙取得的成功，他們或跟隨或繞開葡萄牙紛紛染指香料貿易，在激烈的競爭中，葡萄牙自身的問題充分暴露，很快地處於劣勢。
第一，人口過少。在16世紀葡萄牙的人口只有150萬，對於一個橫跨歐洲、美洲、非洲、亞洲的帝國來說是遠遠不夠的。葡萄牙將它在東方的領地分為12個軍區，駐在各區的士兵人數差異很大，但通常人數都相當少，如在喬耳區只有50名一線葡萄牙軍隊，當然有大量的僱傭軍作為補充。本已為人數不多的人口，還在與當地人的衝突中大量損耗，兵力總是捉襟見肘。1515年，在於摩爾人的一次海戰中，一次就有4000名葡萄牙士兵喪生，隨船準備在北非殖民的葡萄牙人被俘，許多人被當做奴隸賣掉。國王曼努埃爾視為奇恥大辱，發誓一定要報仇，但人力和金錢十分匱乏，遠征隊最終沒能組織起來。這一也意味著葡萄牙對北非100多年的殖民活動以失敗告終。由於兵力的不足，使葡萄牙的殖民網絡出幾個關鍵地點外，都是以據點形式存在，根本無力控制內陸，建立直接殖民統治，同時也無力控制主要港口以外的其他港口，這給其他競爭者以可乘之機。除軍隊外，很多年輕人去當海員，他們佔總人口的百分比可能不算太高，但他們是來自全國最優秀而年輕的人力。很多人從此不再回來。由於人力的缺乏，1610年，葡萄牙在全國範圍內只有6000名海員——人員太少以至於根本無法駕馭其全部船隻。擴張也是農民擺脫貧困的一條出路，由於農民大量進入城市和參加遠洋，以及大地主為了保持與海外發了財的人相當水平的奢侈生活，加緊了對農民的剝削，促使農業人口流入城市，以至於農村逐漸凋敝。為了彌補勞動力不足，大地主越來越多地使用奴隸耕田，這進一步降低了農業勞動力的社會地位和生活水平，結果葡萄牙農業衰落。1526年的一部諷刺劇講到，葡萄牙的生肉從不列顛進口，白菜從比斯開進口。
第二，財富大量流失。葡萄牙大帝國在極盛時期什麼都創造了。唯獨沒有增加財富。葡萄牙對香料貿易的控制遠遠達不到獨佔的程度。每年出發到印度的12艘船很多沒有回來。葡萄牙曾在16世紀初實現了對香料貿易的壟斷，但很快地威尼斯人就表現了商人的頑強和靈活。他們經常作為私營商人跟葡萄牙艦隊出航。他們與穆斯林合作，在葡萄牙人控制範圍之外又開闢了香料貿易的航線，除此之外，由於紅海始終沒有被封鎖，威尼斯人先後與埃及人和奧斯曼土耳其人合作繼續使用這條航路。葡萄牙人自己也在霍爾木茲出售香料。即使在葡萄牙控制的航路，往往用賄賂的方法也可以使用，這一切使得傳統的地中海航路仍然繁榮。香料貿易的豐厚回報也吸引了法國、英國、德國的商人參與競爭，激烈的競爭導致香料的數量大增，價格也隨之下跌。在好望角航線上，由於船隻失事、海盜、護航及船隻損耗等原因，成本在不斷地增加，優勢漸漸轉到地中海航線上。作為一項有豐厚回報的生意，外國銀行家借款給國王支付遠航費用，為了保證利益，他們要求把運回的貨物直接作為抵押。幾方原因相加的結果就是葡萄牙人的收益減少，財富大量流失到外國人手中。比利時的安特衛普成為香料集散地，里斯本仍然重要，但已不再是終點。
第三，國內享樂之風盛行。當大量的財富突然到來時，葡萄牙人沒有投資於生產，而是把大量的財富投入到消費之中。葡萄牙的自然經濟條件並不好，支撐他們不畏艱難探險的精神動力就是香料，現在香料已到手，接下來似乎就該享受了。不論是國王還是貴族都大興奢侈之風，浪費大量財富。一名布拉甘沙公爵每次舉杯飲水時，他的宮殿裡都要奏樂致敬。到16世紀中葉，國民缺乏追求、思想頹廢的情況已相當嚴重。葡萄牙的繁榮太多地依賴香料貿易，很少有其他財富來源，一旦香料貿易出現問題，又無追求的話，衰落就是時間問題了。
第四，平庸的國王。歐洲最富有的國王曼努埃爾去世後，1521年“愚蠢又頑固”的若奧三世繼位，他唯恐身後留下來的帝國比他繼位時縮小，又不能正視存在的問題，只是簡單的不願做任何撤退。然而，事實上葡萄牙有不得不放棄北非薩菲、阿澤穆爾、阿爾卡塞爾-賽格爾和阿爾濟拉四個據點，在摩洛哥的據點僅剩下休達和丹吉爾了，這也表明大北非帝國迷夢的破滅。作為一個衰落中的帝國，若奧三世採取了完全孤立或者接近孤立的政策，他寧願忍受侮辱也不願投入戰爭，也不和其他歐洲強國結成聯盟。1557年6月，若奧三世因心臟病去世。他的11個孩子在他去世之前都死了，因此他的孫子塞巴斯蒂昂繼位。這時葡萄牙的局勢已非常混亂，各階級之間的經濟不平等加劇，國內生產力衰退。年輕的新國王富於幻想，他立志要領導國家復興，首先的目標是征服摩洛哥，只是一個大膽而不可能完成的任務，葡萄牙軍隊被誘進內陸，1578年8月5日，軍隊陷入包圍，全軍覆沒，國王也喪了命。
各方勢力為爭奪繼承權鬧得不可開交，加劇了葡萄牙政治局勢的混亂。然而從血緣上講，西班牙國王菲利普二世最有有優先權，因為她是曼努埃爾的一個女兒。菲利普二世通過武力打敗了葡萄牙國內的競爭者，於1580年被選為葡萄牙國王。葡萄牙不復存在。由於西班牙政府忙於當時歐洲的戰事，一直未採取措施來維護葡屬領地，葡萄牙多年經營的殖民體系趨於瓦解。從16世紀90年代後期起，葡萄牙在東方的殖民地日益受到荷蘭的排擠。到17世紀初，英國殖民勢力又接踵而至。1605年荷蘭把葡萄牙人趕出安汶，1619年趕出雅加達，1641年趕出馬六甲。英國人在1622年奪取霍爾木茲，1630年迫使停止商業競爭，1654年強令他開放東方一切據點。在美洲，1624年荷蘭人便已侵佔巴西。葡萄牙在東非的勢力，也從17世紀30年代開始衰落。經過幾十年的沉淪，葡萄牙雖然在1640年最終擺脫了西班牙的統治，但此時的世界局勢已經大變，荷蘭的殖民勢力已經鞏固。儘管1654年葡萄牙將荷蘭人擠出巴西，但它的東方殖民帝國早已被全面瓦解。到18世紀初，他在東方的殖民據點，只剩下果阿、第烏、帝汶和澳門等有限的幾處。它再也不是一個強國了。
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