天命十一（1626年）年，努爾哈赤去世，遺命阿巴亥殉葬。當時阿巴亥37歲，正值盛年，三個兒子阿濟格22歲，多爾袞15歲，多鐸13歲。阿巴亥百般支吾，不願殉葬，但在諸王貝勒的逼迫下，最終自盡。
殉葬作為一種野蠻而殘忍的落後制度由來已久，儘管早就有人提出應將其予以廢除，卻始終未曾徹底消失。明朝代替元朝之後，在復興中原先進文明的同時，也恢復了這種落後的殉葬制度。
當時對殉死條件是有一定限制的：必須是愛妻，並且不能膝下有幼子。阿巴亥雖然是愛妻，但是卻膝下有兩幼子多爾袞和多鐸，並不滿足殉葬的要求。
關於阿巴亥的殉葬的原因，歷史上眾說紛紜，有觀點認為，是皇太極為爭汗位而製造的一場陰謀；也有觀點認為，是努爾哈赤為懲罰阿巴亥與代善的私情。綜合當時歷史形勢，阿巴亥不得不死的理由有三個。
第一，性格決定命運。阿巴亥性情善妒，從不懂得掩飾自己的情感，估計也得罪了不少人，早就成了人們的"眼中釘"。努爾哈赤在世之時，人們有所顧忌，努爾哈赤死後，他的遺孀大福晉也就成了待宰的羔羊，並且無力還手。
第二，新君政治集團的需要。烏拉那拉氏身為後金的國母，地位至尊，如不讓她殉葬，等到她的三個兒子長大成人之後，倘若出現母-子聯合的局面，那麼對即位的新君將是一個巨大的政治威脅。
第三，努爾哈赤在世之時，應該是明確有過待其死後要以大妃殉葬的意思，於是諸貝勒也就樂得以此為藉口，名正言順地向大妃開刀了。
由此來看，說阿巴亥是皇太極陰謀害死的，的確是有些冤枉。在這件事上，皇太極不過是"順水推舟"而已。
至於懲罰“阿巴亥與代善的私情”之說，則另有其深刻社會背景。後金有收繼婚習俗，故努爾哈赤考慮在身後由大貝勒即二子代善繼娶阿巴亥的打算。代善也知道父親的這一想法，而阿巴亥也希望在努爾哈赤故去後在後金政權中尋找靠山，給三個小兒子鋪開以後的生路。
但這種“默契”因小福晉德因澤的告發而大白於天下，成為納爾哈赤的“家醜”。與此同時，德因澤又說大福晉送食物給代善和皇太極吃，但前者接受而食之、後者卻接受而未食。後世因此有觀點認為，德因澤告發是受到皇太極的指使，以達到排擠代善、打擊阿巴亥的目的。
努爾哈赤派人調查屬實，但由於家醜不可外揚，即以私藏金銀的罪名而將阿巴亥"離棄"。阿巴亥因此帶著兒子，過了一年多被休棄的日子，住在小木屋裡自己煮飯吃。
關於私藏金銀，阿巴亥是為了給親生兒女奠定經濟基礎，暗下把家中的銀兩、綢緞、首飾及古玩等物，分別藏匿在大兒子阿濟格和烏拉城孃家家中。
努爾哈赤先是派大臣額爾德尼等四人抄了阿濟格的家，後又到烏拉城抄了孃家，索回了全部私藏財物。為了懲罰，努爾哈赤給阿巴亥制定了約法三章:一是不准她再與任何人來往，二是不准她聽信讒言，三是與她隔房。
阿巴亥失寵，告發有功的庶妃德因澤和阿濟根的地位迅速上升。然而，阿巴亥畢竟是阿巴亥，史書記載她"嫉妒、有機變"並非空穴來風，努爾哈赤佔領遼陽之後，立即做出了一個重要決定，就是召回離異了一年的阿巴亥，將其重新立為大妃。由此可見，努爾哈赤仍舊對她有留念，他需要她為自己的事業助陣。
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