千年攻爵
神奇寶貝跟人類一樣，也會生老病死，家養神奇寶貝去世之後，會被主人安葬在神奇寶貝公墓中，這裡環境陰冷，所以一般都會成為幽靈系神奇寶貝的樂園。沒錯幽靈系神奇寶貝就是今天的主角了。要澄清一點的就是，很多人都認為神奇寶貝死後會變成幽靈系神奇寶貝，但其實不是，它們並非神奇寶貝死後轉化成的形態，只是碰巧生活在墓地中罷了。因為它們對於食物的需求跟其他神奇寶貝不同，所以不需要消耗大量的時間去覓食。
這就導致一個很嚴重的問題，它們很閒。空餘的時間賊長，這時它們就會在陰暗的角落裡構思它們的偉業，就是嚇唬每一個路過的陌生人或者神奇寶貝。它們其實心地並不壞，小智曾經在空骨塔上遇到過一隻鬼斯通，這隻鬼斯通對於對戰沒有絲毫興趣，但是在搞笑這方面非常有耐心，它會使用任何方法，直到把某個人逗笑為止，並且永不放棄。
小勝有一次和姐姐吵架，跑到一棟廢棄的別墅中慪氣，大家知道，大多數幽靈系聚集地無非就是廢宅、墓地塔、迷霧籠罩的送神山等地方。在這棟別墅中，有一個寂寞的怨影娃娃，看小勝不高興，就把小勝的負面情緒當做食物吃掉了，還跟小勝一起玩，一起捉弄小智三人，搖晃傢俱和櫃子嚇唬他們。等小勝氣消了，發現火箭隊在欺負火稚雞，他倆就一起出現，上前阻止。真是一隻心地善良又十分可愛的幽靈系神奇寶貝啊。
不過也有比較過分的傢伙存在，就是合眾地區廢宅的那四隻燭光靈和燈火幽靈，別看它們外表可愛，但內心很腹黑，不僅把火箭隊三人組的生命力當口糧，最後甚至想把小智他們都扔進靈界。只能說，無論是人還是神奇寶貝都都分好的和壞的吧。
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動漫三分鐘
會死。
廢話，如果神奇寶貝不會死的話，那各個地區建立什麼紫菀鎮啊日落山啊迷失塔啊古代墳墓啊天堂之塔啊好奧樂墓園啊是幹什麼用的？勞民傷財大興土木的，難道活埋神奇寶貝嗎？留給訓練師撿道具抓鬼寵練級用的擺設嗎？顯然不可能。
PS：火箭隊曾經也有殺死神奇寶貝的黑歷史。
神奇寶貝壽命有多長
既然會死，那麼，神奇寶貝壽命究竟有多長呢.......
這個問題同樣一無二隨。我們可以自己腦補：像神獸幻獸這樣的神奇寶貝應該都是不老不死的；像岩石系鋼系這樣的不生鏽不被破壞應該不會死；像龍系鬼系妖精系超能力系等壽命應該較長；至於那些像現實中動物一類的神奇寶貝（比如問題中的皮卡丘），壽命也許較短。
以下是從圖鑑資料中收集到的有關神奇寶貝壽命長短的數據資料（猜猜看是什麼神奇寶貝）：
死去的神奇寶貝
礙於某些原因，老任不可能直白地描繪出神奇寶貝死去的場景，遊戲和動畫都把精靈的死亡淡化了，所以我們能收集到的參考資料非常的少。但在初代沒有考慮到那麼多的倫理問題（以及在後期開始不避諱直接面對這些問題），我們還是能看到某些死去的神奇寶貝。比如：
紫菀鎮骨靈塔的幽靈——卡拉卡拉的母親嘎啦嘎啦。
在主角到達紫苑鎮之前，火箭隊侵入寶可夢的靈骨塔並企圖偷獵卡拉卡拉以販賣它們珍貴的頭骨。一隻卡拉卡拉在母親的庇護下逃脫，但它的母親卻慘遭殺害。之後，嘎啦嘎啦的靈魂一直留在塔內，阻止任何人進入塔的最高層。她偽裝成人類的鬼魂，能躲過所有扔向她的精靈球，並且能令寶可夢們害怕到失去戰鬥意志。
神奇寶貝起源篇還原了這一劇情。這真是一位好母親。
波導的勇者——路卡利歐
這隻路卡利歐是一千年前亞朗的學徒，在他的身邊學習使用波導的要領。有一天,戰爭發生了。亞朗為了不要讓它捲入危險而將它封印，只留下一句“我離開了城堡就不會再回來了”，不過路卡利歐卻誤以為是亞朗是為了求生存而棄城堡而去。在羅塔街紀念亞朗的祭典時，它從將它封印的權杖中跑出來，並誤以為小智是亞朗。後來大家告訴它現在已經距離那個時候一千年了，而亞朗在當時拯救了城堡而成為“波導的勇者”。不過路卡利歐告訴大家當時亞朗所說的話，大家也對這段歷史的真實性感到疑惑。當大家發現夢幻將皮卡丘帶走時，艾琳女王請路卡利歐幫忙小智一行人到初始之樹尋找皮卡丘。在前往初始之樹的路途中，它使用波導為小智一行人帶路。途中他們找到了一座溫泉，路卡利歐想到了之前和亞朗一起泡溫泉的經過。正好這時小智邀請它一起泡溫泉，但是它卻拒絕了，並表達出它認為“人類不可依靠”，“假如小智有難，說不定會拋棄皮卡丘”的想法。這引起了小智的憤怒，並引發了衝突。不過他們在旅途中漸漸地瞭解對方，路卡利歐也瞭解了小智和皮卡丘是真正的朋友。當他們抵達初始之樹時，那裡面許多的防禦系統就開始阻撓他們，但路卡利歐努力地幫助大家擊退敵人。在小智和皮卡丘重逢後，那個系統工作更加劇烈，吞噬了小智一行人。夢幻看到這個情景感到非常難過，便使出全力來使小智一行人復原。但這個舉動使得夢幻的體力大幅消耗，變得非常虛弱，初始之樹也受到影響。於是他們來到了初始之樹的中心位置，那裡的時間之花解釋了當時亞朗來到那裡所做的：將波導轉移到夢幻身上，並犧牲自己的性命。路卡利歐終於瞭解了亞朗的用意是保護它。夢幻的狀態越來越差，所以路卡利歐決定也犧牲自己，使用波導來拯救夢幻。但它的力量不夠，不夠使夢幻恢復健康。這時小智想起來他也能使用波導，便自告奮勇的來幫忙。他們兩個的力量加起來終於有辦法成功，但在最後，路卡利歐將小智推開，獨自承受使用波導的後果。在他們的努力下，夢幻恢復了，不過路卡利歐卻感受到巨大的痛苦。在此時，時間之花引起了反應，路卡利歐聽到了亞朗在臨死前所說的話。亞朗對路卡利歐感到抱歉，在沒有告訴它事情真相之前就將它封印。這讓路卡利歐解除了誤會，最後說了“我不是死亡，只是回到亞朗身邊了”就去世了。
這部劇場版非常好看，強烈安利！
神奇寶貝日月第21集——長毛狗之死
長毛狗是之前和小智的火斑喵一起生活的寶可夢。它教會火斑喵使用招式，而火斑喵則為它尋找食物。初次登場時，它顯得年邁體弱。小智發現它和火斑喵生活並和它們一起趕走前來尋釁的阿羅拉的樣子的貓老大。之後，它和火斑喵已經搬至橋洞下。火斑喵將和訓練家走失的木木梟以及球球海獅帶到它面前。它從木木梟身上聞到小智的味道，並讓火斑喵把它們送回去。在21集裡，它的身體狀況變得很糟糕。小智把它送到了寶可夢中心，被喬伊小姐告知它的情況不容樂觀。趁著小智和喬伊小姐不注意的時候，它和火斑喵離開了寶可夢中心回到橋洞下。第二天，火斑喵醒來後發現長毛狗已經不見了。
這裡真的看哭了，博士的話已經說明了一切。
重生的傳說
實際上各地區都或多或少有神奇寶貝重生的神話。
神奧神話
從大海和河川捕獲的
寶可夢被食用以後
把它們的骨頭洗淨然
後輕輕放回水中
這樣的話，寶可夢
就能再次找回自己的身體
回到這個世界中
轉生（比如嘎啦嘎啦）
在主角打敗她後，她終於得以超生，離開寶可夢的靈骨塔前去輪迴轉世了。
也有人曾經說過：“精靈並不像人類一樣會隨著時間的流逝而變老，而當他們心中的能量枯竭時，它們就老化了。讓它們心中充滿能量的。是真實、理想、還是夢想呢...... 那都會隨著它們生存的目的而改變。”
所以，我們大可不必悲觀。
破碎的黑麥
題主所提出的這個問題，早在1997年《寵物小精靈》熱播時就已經給出案，不僅如此，《寵物小精靈日月》與劇場版作品中也曾出現過神奇寶貝死亡的情節。也許題主觀看這部動畫時錯過了這些劇情才會有此一問。
首先，因為神奇寶貝很明確屬於“生物”，所以同樣無法脫離生老病死的自然規律，雖然部分傳說級的神奇寶貝因為身體構造較為特殊可以永恆不死，但是絕大多數普通的神奇寶貝依然存在生命時限。
接下來，我舉幾個動畫中有關神奇寶貝死亡的例子。
小火龍的死亡信號
動畫裡，第一次提到神奇寶貝死亡是在《寵物小精靈：無印篇》第11話中，小智、小霞和小剛三人在前往枯葉市的過程中，因為迷路遇到一隻臥在岩石上的小火龍，當小智拿出圖鑑查看神奇寶貝資料的時候，圖鑑說明中提到“小火龍的尾巴上燃燒著火焰，當火焰消失的時候就是小火龍死亡的時候”。
這個說明就等同於官方對於神奇寶貝“死亡”問題的解答，針對不同的神奇寶貝，身體的某些變化就可能導致死亡。
哲爾尼亞死亡後化為植物
2014年播出的《破壞之繭與蒂安希》是《寵物小精靈》的劇場版動畫，動畫中沉睡近百年的「伊裴爾塔爾」被人類之間爆發的戰爭驚擾而甦醒，處於憤怒狀態下的伊裴爾塔爾發動了“黑暗氣氛”，且動用“死亡之翼”石化了大片樹林以及森林中的生物，當伊裴爾塔爾準備再次發功攻擊時，哲爾尼亞斯使用“妖精氣氛”將它的憤怒平息了下來，伊裴爾塔爾離開後，哲爾尼亞斯開始修復森林並將石化的生物治癒，當一切恢復原樣哲爾尼亞化為大樹長眠於森林之中，這是官方以另一種形式隱晦的描述了神奇寶貝的“死亡”。
長毛狗最終時刻的來臨
官方第一次正視神奇寶貝死亡的這個問題，是在《寵物小精靈：日月篇》第21集，通過多方面的渲染，讓觀眾深切感受到長毛狗正面臨死亡，借樹葉凋零來代表長毛狗生命的流逝，雖然動畫中並沒有讓觀眾看到長毛狗臨終之前的樣子，但是官方用了整集動畫的時間以各種角度講述了這個關於“死亡”的故事。
動畫中，最開始以長毛狗無法自己覓食為契機帶出了神奇寶貝的年邁，既然神奇寶貝也會變老，那麼就意味著生命總會終結，雖然這一集讓多數人“哭成狗”，但卻是官方對於神奇寶貝死亡之謎最確切的解答。
狐說蝦扯淡
會的，因為凡事生命都會有消失的那一刻，況且在劇場版（詳細見《神奇寶貝之波導的勇者》）裡，不是也有死的嗎，還有如果沒有死的，那神奇寶貝越來越多，還有人類居住，這個世界不就炸了……
月光下微微的笑顏
會的，玩過遊戲嗎？紫苑鎮懂不？沒玩過，看過超時代？沒看過日月？就是那集長毛狗死的那集，小夥子，作為一個pokemon粉，這麼基本的問題都不懂，你退圈吧。。。。。。。。。。。還有這些問題你差百度都有。。。。。。。。。又想到個例子，炎帝，雷公，水君不就是死過了，再復活的？超時代和m20說的清清楚楚的。。。。。。。。
墮落路西法8428
GIF截自精靈寶可夢SM21集
這一集的，線索是樹葉，應該是受最後一片樹葉的啟發，想到的這種敘述方法
