寶可夢培育是通過生蛋孵化獲得新的寶可夢的方式培養寶可夢，同時兼指對寶可夢能力，尤其是基礎點數的培養。培養寶可夢的目的一般是為了獲得在對戰中最符合其能力的強大的寶可夢。
孵化寶可夢
生蛋
從第二世代開始，兩隻性別不同且具有相同蛋群的寶可夢被寄存在培育屋，或者被寄存的一方是百變怪的話，就有可能獲得一個寶可夢的蛋。在第二世代中，不允許被判定為近親的兩隻寶可夢生蛋。
玩家每走256步，會判定一次是否生了蛋。父母雙方是同類且ID不同的話，判定通過的幾率是69.3%；同類且ID相同或者不同類且ID不同的話，通過率是49.5%；不同類且ID相同的話，通過率是19.8%。從第五世代開始，如果已獲得了圓形護符，則幾率會分別提高至87.8%、79.5%和39.3%。如果被寄存的寶可夢沒有共有的蛋群，或者是同性，則不可能生出蛋來。未發現組的寶可夢無論在什麼情況下都不可能生出蛋來。
生出蛋以後，培育屋（寄放屋SMUSUM）外的工作人員的站位或身體朝向或姿勢SMUSUM會與平時不同，此時在隊伍上有空位的時候與他對話（若無空位，則會詢問主角要將蛋放置身上或傳送至電腦），就可以獲得蛋。 寶可夢的能否生蛋遵循以下原則：
親代子代
蛋群其一相同的寶可夢可以生蛋，子代為母方進化鏈的最低形態。
地鼠♂
（陸上群）
吼鯨王♀
（陸上群 和 水中2群）
吼吼鯨♂/♀
（陸上群 和 水中2群）
蛋群不相同的寶可夢不能生蛋。
超音蝠♂
（飛行群）
堅盾劍怪♀
（礦物群）無法生蛋
性別相同的寶可夢不能生蛋。
死神棺♀
（礦物群 和 不定形群）
堅果啞鈴♀
（植物群 和 礦物群）無法生蛋
百變怪與除未發現群外的其他蛋群的寶可夢可以生蛋，子代為非百變怪一方進化鏈的最低形態。
暴鯉龍♂/♀
（水中2群 和 龍群）
百變怪
（百變怪群）
鯉魚王♂/♀
（水中2群 和 龍群）
無性別的寶可夢只能與百變怪生蛋，子代為非百變怪一方進化鏈的最低形態。
脫殼忍者
（礦物群）
百變怪
（百變怪群）
土居忍士♂/♀
（蟲群）
百變怪與百變怪不能生蛋。
百變怪
（百變怪群）
百變怪
（百變怪群）無法生蛋
未發現群的寶可夢不能生蛋。
席多藍恩♂
（未發現群）
席多藍恩♀
（未發現群）無法生蛋
薰香
一些寶可夢作為母方攜帶特定的薰香時，會生出特定的寶可夢，這樣生出來的必定是幼年寶可夢。同時，電氣球也有類似效果。從第六世代開始，父方攜帶薰香與百變怪生蛋也可以生出特定的寶可夢：
母方或與百變怪生蛋的寶可夢薰香普通的子代攜帶對應薰香時的子代
孵蛋
在走過特定步數之後，獲得的蛋就會孵化。蛋孵化的時間取決於這隻寶可夢的孵化週期，鯉魚王是孵化週期最短的寶可夢，另外一些妖精寶可夢的孵化週期也很短，而像是迷你龍、寶貝龍、鐵啞鈴、幼基拉斯、圓陸鯊、化石翼龍、卡比獸、花巖怪、吉利蛋和伊布這樣稀有或強大的寶可夢，孵化週期就會特別長。
孵化週期就是在遊戲中行走或騎車所走過的步數。在第三世代，一個孵化週期是256步，第四世代起是255步。當行走完一個週期所需的步數之後，遊戲會清零計步器，同時決定培育屋是否出現一個蛋，並將同行的寶可夢的孵化週期計數減1。如果一個蛋的孵化週期減少到0以下，它就開始孵化了，與此同時，系統停止減少隊伍中其他蛋的孵化週期（按照蛋在隊伍中的先後順序依次減少，第五世代之前採用第一個蛋孵化之後，其後的蛋孵化週期不減少的計算方式，因此要再走一個孵化週期的步數才能孵化其後的寶可夢；在第五世代中，隊伍中的所有蛋的孵化週期均減少，但同時有兩隻以上寶可夢可以孵化時，一次只孵化出一隻寶可夢，再走一步之後才會孵化出下一隻寶可夢）。因此從第三世代起，不可能有兩個蛋同時孵化。另外一個重置計數器的方法就是從培育屋或神秘禮物獲得一個蛋。每收到一個蛋，計步器會自動清零，並且認為當前的孵化週期已經完成。
在《紅寶石／藍寶石》和《綠寶石》中，可以使用音速自行車加倍行走速度，進而加快孵化速度。在第四世代起，如果玩家隊伍裡有火焰之軀或者熔岩鎧甲特性的寶可夢，會以兩倍的速度減少孵化週期。
遺傳
孵化出來的寶可夢會遺傳到親方的不同特質。 性格、性別、是否為異色等是在出現蛋的一瞬間決定。 個體值則是在與老爺爺交談後獲得蛋的一瞬間決定。
形態
關於地區形態。
主頁面：不變之石（道具）
蛋中的寶可夢是未知圖騰時，其形態由其性格值（第二世代為個體值）決定。
蛋中的寶可夢是結草兒時，其蓑衣與親代的結草兒♀/結草貴婦相同；但若是結草兒♂/紳士蛾與百變怪所生的蛋時，子方必定是草木蓑衣。
蛋中的寶可夢是無殼海兔時，其形態與親代的無殼海兔♀/海兔獸♀相同；但若是無殼海兔♂/海兔獸♂與百變怪所生的蛋時，子方在第六世代和之前為西海的，在阿羅拉地區為東海的。
蛋中的寶可夢是洛託姆時，其形態必定是一般洛託姆。
蛋中的寶可夢是野蠻鱸魚時，其形態與親代的野蠻鱸魚♀相同；但若是野蠻鱸魚♂與百變怪所生的蛋時，子方必定是紅線。
蛋中的寶可夢是四季鹿時，其的樣子由季節決定，在沒有季節系統的版本中與親代的四季鹿♀/萌芽鹿♀相同；但若是四季鹿♂/萌芽鹿♂與百變怪所生的蛋時，子方必定是春天的樣子。
蛋中的寶可夢是粉蝶蟲時，其進化成彩粉蝶後的翅膀花紋由得到蛋時遊戲機設定的國家與地區決定。
蛋中的寶可夢是花蓓蓓時，其花朵的顏色與親代的花蓓蓓/花葉蒂/花潔夫人相同。
蛋中的寶可夢是多麗米亞時，其髮型必定是自然髮型。
蛋中的寶可夢是南瓜精時，其體型與親代的南瓜精♀/南瓜怪人♀相同；但若是南瓜精♂/南瓜怪人♂與百變怪所生的蛋時，子方與親代南瓜精♂/南瓜怪人♂的體型相同。
招式
主頁面：蛋招式
能力
寶可夢的個體值也會有所遺傳。根據世代不同，遺傳方法有所不同。
第二世代
第二世代中，子方會遺傳到異性親方的防禦、特防能力。如果親方之一是百變怪，則遺傳百變怪的能力。防禦個體會直接遺傳，特殊個體值會有50%幾率加減8遺傳（在原值為0～7時加、在8～15時減），另外也有50%的幾率保持不變。攻擊和速度的個體值完全隨機決定，HP個體值則由其餘四項能力決定，公式與野生寶可夢相同。一隻寶可夢完全遺傳到異性親方能力的概率是1⁄512。
在判斷兩隻寶可夢是否可以生蛋時，它們的蛋群是唯一標準。在同一蛋群的寶可夢，如果親方的防禦個體值是相同的，而特殊個體值相差不足8，它們將無法生蛋。因為它們很有可能是一家人。
第三世代、《鑽石／珍珠／白金》
子方的3項個體值遺傳自親方，另外3項則是隨機的。不過這會導致數值重複，因此在《綠寶石》中，過程變得更加複雜：首先親方隨機遺傳一項個體值，然後從除了HP的其他能力中隨機選擇一項，由任一親方遺傳，如果這個與一開始選擇的能力相同，則會覆蓋。最後，從除了HP和防禦的個體值中隨機選擇一項從親方遺傳，這項同樣會覆蓋前面的值。剩下的個體值則隨機決定。
心金魂銀、第五世代
子方的3項個體值遺傳自親方，另外3項則是隨機的。此外，移除了綠寶石中的遺傳機制，6項個體值的遺傳概率相同，並且不再出現重複的情況。遺傳自親方的個體值從父母中隨機選擇。
另外，新增了6種基礎點數增強道具。如果父母的其中一方攜帶該道具，則該道具所對應的那項個體值將與道具攜帶方相同，並另有2項個體值按照上文的規則遺傳自親方。如果親方雙方攜帶有不同的基礎點數道具，子方則只會確定地從中遺傳一項，剩下的同樣隨機。
第六世代
與第五世代中不同，紅線增加了雙親一方攜帶紅線生蛋，子代會隨機遺傳親代雙方的6項個體值中的5項的新效果。 當雙親一方攜帶基礎點數增強道具，另一方攜帶紅線生蛋，子代會遺傳到道具所對應的特定的能力，剩下的四種能力同樣隨機，並且隨機親方。
例1：若父母雙方的個體值全部是31，則子方必定有3項個體值是31，另外3項則完全隨機。若父母雙方的任意者攜帶紅線，則會有5項個體值是31，僅有1項完全隨機。
例2：若父親的個體值全部是31，母親的個體值全部是30，則子方有3項個體值從31或30中隨機選擇，另外3項則完全隨機。若父母雙方的任意者攜帶紅線，則會有5項個體值從31或30中隨機選擇，僅有1項完全隨機。
例3：若父母雙方的個體值全部是31，且父方攜帶力量護腕，則子方的攻擊個體值必定是31，另有2項個體值必定是31，另外3項則完全隨機。若母方攜帶紅線，則子方的攻擊個體值必定是31，另有4項個體值必定是31，僅有1項完全隨機。
例4：若父母雙方的個體值全部是31，且父方攜帶力量護腕、母方攜帶力量負重，則子方的攻擊、HP個體值中有隨機一項必定是31，另有2項個體值必定是31，另外3項則完全隨機。
性格
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攜帶不變之石的寶可夢生蛋時，子代的性格會遺傳自攜帶者。
特性
不考慮隱藏特性的情況下，普通特性只有1種的寶可夢不存在遺傳問題，會固定為該特性。普通特性有2種的特性會存在遺傳的問題。
普通特性
第三世代至《黑／白》
無法遺傳。出生的寶可夢的特性與親方無關係，會隨機地在可能的普通特性中選擇，幾率各50%。
《黑２／白２》
相同種族的寶可夢生蛋時，遺傳母方的特性的概率較大，大約有70%幾率會遺傳母方的特性。父方不影響該項遺傳。但是，如果是與同蛋群的其它寶可夢或者百變怪生蛋則不會遺傳母方的特性，會隨機地在可能的普通特性中選擇，幾率各50%。
第六世代起
與百變怪生蛋時會隨機地在可能的普通特性中選擇，幾率各50%，與百變怪以外的寶可夢生蛋時遺傳母方的特性的概率較大，大約有70%幾率會遺傳母方的特性。
隱藏特性
第五世代
第五世代的隱藏特性必須滿足以下條件才能遺傳：
♀一方持有隱藏特性，♂一方是同種族的寶可夢或者是同蛋群但不同種族的寶可夢。♂一方是否持有隱藏特性不影響遺傳。
另一方不能是百變怪。百變怪即使持有隱藏特性也不能遺傳。
滿足該特性的情況下生蛋有大約50%～60%的概率得到擁有隱藏特性的子代，算上2種普通特性共計3種的出現率約為20%：20%：60%。
第五世代的父方的隱藏特性以及性別不明的寶可夢的隱藏特性無法遺傳。
例如：
伊布♂（逃跑或適應力）伊布♂（危險預知）百變怪
伊布♀（逃跑或適應力）不可能不可能不可能
伊布♀（危險預知）60%60%不可能
百變怪（柔軟）不可能不可能—
百變怪（變身者）不可能不可能—
第六世代起
第六世代的隱藏特性必須滿足以下條件才能遺傳：
♀一方持有隱藏特性，♂一方是同種族的寶可夢或者是同蛋群但不同種族的寶可夢。♂一方是否持有隱藏特性不影響遺傳。
♀一方持有隱藏特性並與百變怪生蛋。
♂一方持有隱藏特性並與百變怪生蛋。
性別不明的寶可夢持有隱藏特性並與百變怪生蛋。
滿足該特性的情況下生蛋有大約50%～60%的概率得到擁有隱藏特性的子代，算上2種普通特性共計3種的出現率約為20%：20%：60%。與第五世代相同，百變怪是否為隱藏特性不影響遺傳。
例如：
伊布♂（逃跑或適應力）伊布♂（危險預知）百變怪
伊布♀（逃跑或適應力）不可能不可能不可能
伊布♀（危險預知）60%60%60%
百變怪（柔軟）不可能60%—
百變怪（變身者）不可能60%—
特殊特性
第七世代
特殊巖狗狗的蛋可以通過寶可夢培育得到。
(特殊巖狗狗 或者 黃昏鬃巖狼人) ＋ 百變怪 → 特殊巖狗狗的蛋
(特殊巖狗狗♀ 或者 黃昏鬃巖狼人♀) ＋ 任意陸上群寶可夢♂ → 特殊巖狗狗的蛋
其他寶可夢的特殊特性版本都無法通過寶可夢培育得到。
是否為異色
第二世代
根據第二世代中的計算方法，親方是異色寶可夢的時候，異性子方有1⁄64的幾率是異色寶可夢。
第三世代
培育出顏色不同的子代的幾率與在野外遇到野生異色寶可夢的幾率相同。
第四世代
增田順一添加了特殊的代碼，當父母雙方來自不同國家，子代會是異色寶可夢的幾率是1⁄2048。除此之外沒有變化。
《黑／白》
上述概率上升到1⁄1366。
《黑２／白２》
完成全國圖鑑後博士會送給主角新道具閃耀護符，當擁有有該道具時生到異色寶可夢的概率也會增加。
第六世代起
由於遇上野生異色寶可夢的幾率增加，故使用國際結婚或閃耀護符，甚至是兩者共用來生蛋也較前作增加。
世代兩者皆沒有國際結婚閃耀護符兩者皆有
第五世代
1⁄81921⁄13651⁄27311⁄1024第六世代1⁄40961⁄6831⁄13651⁄512
精靈球
第六世代之前
孵化出來的寶可夢所在的精靈球都是最普通的精靈球。
第六世代起
從第六世代開始，寶可夢的精靈球也可以遺傳，子代的精靈球與母方的相同。但母方的大師球或貴重球不能遺傳至子代，孵化出來寶可夢的精靈球依然是最普通的精靈球。
第七世代起
從第七世代開始，同圖鑑編號的寶可夢作為親代時，子代有一半幾率遺傳父方精靈球，否則會遺傳母方精靈球。不同圖鑑編號的寶可夢作為親代時，子代仍遺傳母方精靈球。而當父方/無性別寶可夢和百變怪作為親代時，子代遺傳父方/無性別寶可夢的精靈球。親代的大師球或貴重球仍不能遺傳至子代，孵化出來寶可夢的精靈球依然是最普通的精靈球。
培養寶可夢
孵化或收服寶可夢後，需要對寶可夢進行培養，讓它變得更強。
等級提升
主頁面：等級
可以通過寶可夢對戰的方式獲得經驗值，從而提升等級。也可以使用神奇糖果來提升等級。提升等級的同時還會提升寶可夢的能力，還能讓寶可夢進化。
基礎點數提升
主頁面：基礎點數
擊敗寶可夢後，除了經驗值外可以獲得另一項數值：基礎點數。累積基礎點數可以提升能力值。可以通過使用營養飲料、羽毛，和攜帶基礎點數增強道具來提升基礎點數。還有一些服務也可以提升基礎點數。
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