林木種苗行政執法體系建設指導思想：以科學發展觀為指導，以維護國家權益、保護群眾利益為宗旨，以建設現代林業為核心，堅持依法行政，強化社會管理和公共服務職能，創建誠信市場，構建公平公正和諧的林木種苗發展環境。
一、建立健全規範的管理制度
# 質量管理制度 #
加強林木種苗生產、加工、包裝、貯藏、檢驗等全過程質量管理。林木種苗質量監督關口前移，由林木種苗形態指標向遺傳品質延伸，強化種源管理。進一步完善林木種苗質量年度監督檢查制度。同時，鼓勵企業參與質量認證，建立林木種苗質量檢驗制度。
# 行政許可制度 #
公示許可事項、公開許可程序、公佈許可結果，提高辦事效率，做到事前嚴格審核把關，事中跟蹤服務，事後監管檢查，發揮公共服務職能作用。
# 專項檢查制度 #
針對林木種苗法制建設情況、機構建設情況、質量監督情況、市場監管情況、發展林木種苗扶持政策落實情況等，有目的、有重點地開展專項執法檢查。
# 辦案制度 #
建立和完善舉報制度、案件受理制度、調查取證制度、聽證制度、移送和上報備案制度、案卷歸檔制度等。
# 獎懲制度 #
按照有法必依、執法必嚴、違法必究的原則，對在林木種苗行政執法工作中成效顯著有突出貢獻的執法單位和執法人員予以獎勵，對濫用職權、翫忽職守、徇私舞弊等瀆職行為予以懲罰；
依照有關規定，對嚴格遵守法律法規規定，經濟效益顯著，帶動林農群眾致富，促進地方經濟發展的單位和個人予以獎勵。
# 宣傳制度 #
圍繞服務大局、服務林業和林木種苗中心工作，建立林木種苗法制宣傳的長效機制。宣傳教育制度化、季度化、節日化。通過組織宣傳培訓活動，提高全社會的法律意識。做好林木種苗系統在職幹部、林木種苗執法人員等重點對象的法制宣傳教育，提高依法決策、依法行政水平；加強對林木種苗生產、經營者的法律知識培訓教育，提高其守法經營意識。
二、加強林木種苗執法機構和隊伍建設
依法推動各級林木種苗管理機構與生產、經營機構在人員、財務上剝離，實現角色轉換，把林木種苗管理機構的工作重心轉移到依法行政上來。
切實保證林木種苗行政執法管理的工作經費,爭取各項工作經費全額納入同級財政預算。
加強基礎設施建設，不斷改善林木種苗管理和執法條件。具備相應面積的辦公場所，配備交通、通訊工具、案件採集等設施設備。
按照穩定隊伍、轉變作風、搞好服務的原則，強化林木種苗行政執法人員培訓，配備法律專業人員，建立一支政治好、素質高、能力強、作風硬的林木種苗執法隊伍。
建立健全林木種苗行政執法評議考核機制，對行使林木種苗行政執法職權和履行法定義務的林木種苗執法機構和執法人員進行評議考核，做到日常評議考核與年度評議考核的銜接。依據考核結果，對有違法或不當行政執法行為的林木種苗執法機構，可以依據造成後果的嚴重程度等具體情況，給予限期整改、通報批評、取消評比先進的資格等處理。對有關林木種苗行政執法人員，可以根據年度考核情況，或者根據過錯形式、危害大小、情節輕重，給予批評教育、離崗培訓、調離執法崗位、取消執法資格等處理。
三、加大林木種苗行政執法力度
進一步規範林木種苗生產經營秩序，嚴格林木種苗市場準入，依法打擊生產經營假劣林木種苗、未審先推、破壞種質資源、搶採掠青、無證、無籤、亂引、亂繁、亂採林木種子等違法行為，強化林木種苗購銷環節管理，嚴查不正當競爭行為，堅決取締無證和依法查處超範圍生產經營行為，加強林木種苗質量監督，創造公平、公正的市場環境。
聯合公安、海關、工商、質檢等部門，形成執法合力，嚴厲打擊林木種苗違法行為。
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