一、氯製劑
氯製劑種類多，通過在水中形成的次氯酸的氧化作用而達到殺菌的效果。該類消毒劑易受環境因子影響，藥效一般隨著水溫、pH 值的升高而加強。
當水體有機物過多時，藥效顯著下降；另一方面，氯製劑對水產動物刺激性也較大。
(二氧化氯)
二氧化氯
二氧化氯是一種高效安全的氧化型消毒劑，其氧化能力強，不會產生有毒有害副產物，對水產動物的多種病原菌、病毒均具有強烈的殺滅作用，在pH值為6～9 範圍內，隨著pH 值升高，殺菌效果也增強。
使用濃度為0.1～0.3克/立方米，水產中較常用。
二氯海因
其活性氯含量高，氣味較輕，作用溫和，殺菌所需濃度較高，作用時間長，有效氯釋放緩慢，一般施用濃度為0.2～0.3克/立方米，實際使用較少。
三氯異氰脲酸
三氯異氰脲酸為白色晶體，具有強烈的氯氣刺激味，是一種極強的氧化劑，具有高效、廣譜、較為安全的消毒作用，不但能殺滅細菌、病毒、真菌、芽孢，對球蟲卵囊也有一定殺滅作用，一般施用濃度為0.1～0.3克/立方米，較為常用。
漂白粉
漂白粉主要成分為次氯酸，白色粉末，施用時先用水溶解，濾去殘渣，然後全池潑灑，以防止魚類誤吞漂白粉。
使用濃度為1～1.2克/立方米，易與金屬反應。
二、溴製劑
溴製劑該產品在水體中形成次溴酸，破壞病原菌膜結構，使鹵素結合蛋白質分子，從而殺菌。
廣譜殺菌製劑，效果持久，不易揮發，對金屬腐蝕性小，易分解，對環境汙染小。
二溴海因
二溴海因白色或淡黃色，為純溴製劑，具有廣譜抗菌能力，殺菌力強，穩定性好，無毒低味，安全環保，不受pH 等環境因子影響，使用濃度一般為0.2～0.3毫升/立方米。
(溴氯海因)
溴氯海因
溴氯海因為白色或黃色粉末，輕微氯及溴味。在水體中生成溴酸和次氯酸並緩慢釋放。
使用時，如果加入表面活性物質，效果會更好，一般使用濃度為0.2～0.4毫升/立方米。
新潔爾滅(苯扎溴銨)
苯扎溴銨性質穩定，刺激性小，殺菌能力較強，對水體汙染較小，一般施用濃度為0.5～1毫升/立方米。
三、碘製劑
碘製劑主要為季銨鹽絡合碘的形式。碘能氧化病原體胞漿蛋白的活性基團，並與蛋白質結合，使巰基化合物、肽、蛋白質、酶、脂質等氧化或碘化，從而達到殺菌效果。碘消毒劑為廣譜消毒劑，能殺滅大部分細菌、真菌和病毒。
(聚維酮碘粉末)
聚維酮碘
聚維酮碘其有效碘在溶液中逐漸解聚、溶解，能保持較長時間的殺菌效果，屬廣譜消毒劑，對大部分細菌、真菌和病毒有不同程度殺滅作用，但對真菌孢子與細菌芽孢作用較弱，全池潑灑濃度為0.1～0.3毫升/立方米。
(雙季銨鹽)
雙季銨鹽
雙季銨鹽是一類陽離子表面活性劑，能吸附於菌體表面，其疏水基能滲入細胞的類脂層，改變細胞壁和細胞膜的通透性，使胞內酶和蛋白質變性，達到殺菌的效果，一般施用濃度為0.1～0.3毫升/立方米。
四、醛類
醛類主要為甲醛和戊二醛。其通過烷基化反應使病原體蛋白變性、酶和核酸功能失效。
除了能高效殺滅細菌、真菌、病毒，還能防治細菌性出血病、水黴病，施用濃度一般為30～50毫升/立方米。
但醛類消毒劑刺激性大，容易破壞水質，較少使用。
五、其他
生石灰
生石灰為白色粉末狀，使用濃度為20～30克/立方米，化漿全池潑灑。施用前應注意觀測水質，如果水體中氨氮和亞硝酸鹽偏高，則慎用。
在生石灰本身的強氧化性和鹼性的共同作用下，水體中的離子態銨極易轉化成分子態氨，而分子態氨會損傷魚類的鰓，甚至直接致魚死亡。
食鹽
在治療魚病時，“食鹽”是不可或缺的常用品。“食鹽”的化學名是氯化鈉，化學式是Nac1，將“食鹽”溶於水則成為鈉離子及氯離子。
通常以治療魚病為目的使用食鹽時，食鹽水濃度應調整為3~4%（與海水鹽份濃度略同或稍高一點），最低為0.5%，藥浴時間為5~15分鐘程度，時間過久則魚類會死去。要施行藥浴時，必須考慮魚類的健康狀況來調整藥浴時間。
另外，消毒滅菌的藥物會隨著科技的進步，會逐步研發出很多新種類出來的。
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