漢代出現經今古文之爭的源頭在於秦始皇。當年秦始皇焚書坑儒，下“挾書令”，致使秦代無傳授和學習儒家經典者，這令中國先秦文化蒙受了空前的損失。
漢初，儒家經典只能靠那些僅存下來的大儒學者們背誦記錄，再由當時通行的文字隸書進行抄撰，故被稱為今文經。後來在孔子舊宅與河間獻王等處，又陸續得到了許多戰國時期遺留下來的儒家經典，字體是用先秦的篆書抄寫的，因此被稱為古文經。
先秦文化能以兩種方式被保留下來，本來是一件上天佑之的大好事，可是壞就壞在今文經與古文經不僅字體不同，篇章多少有出入，而且對經學內容的解釋也有很大的差異。
董仲舒像
這個事情就非常尷尬了，當時漢代的儒者立馬分成了態度鮮明的兩派，支持今文經的一派，注重“通經致用”，章句推衍，結合陰陽五行災異和刑名之學來發揮“微言大義”，提倡大一統，尊君抑臣，正名分等思想。而支持古文經的一派則看重章句訓詁，把儒學經典視作古代歷史資料，包括許多應該效法的古代社會政治制度。久而久之，兩派各執一見，形成了嚴格的界限。
鬥爭史
經今古文之爭幾乎貫穿了整個漢王朝。今文經出現較早，武帝治世之時，董仲舒“罷黜百家，獨尊儒術”，一下將儒學提高到封建王朝正統文化的地位上來，那時的儒經都是今文經。尤其是董仲舒主治的今文經《春秋公羊傳》獨得武帝賞識，故在董的建議之下陸續被立為學官。
到了成帝時，劉向劉歆父子等廣搜天下遺書，有歆移書博士雲：“魯恭王壞孔子宅，欲以為宮，而得'古文'於壞壁之中。”先後發現了《春秋左氏傳》、《毛詩》、《逸禮》等古文經。然而由於古文經晚出，今文經已經在當時學術界佔據了正統地位，故而古文經遭到了今文經派的強烈排斥，被稱為劉氏父子偽造之學，長期不得立為學官。
劉歆像
可是歷史總是風水輪流轉，到了王莽篡政之日，古文經時來運轉，由於王莽新朝需要託古改制，正好需要先秦典籍作幌子，劉歆藉機把《左氏春秋》《古文尚書》《逸禮》《毛詩》立為學官，後又立《樂經》《周官經》六篇為博士。古文經地位一下子有了躍升。
待到東漢光武帝時期，取消了古文經博士，復立今文經博士，共十四博士，今文經派再度抬頭。然而此時的古文經派雖不得立為學官，但在民間卻廣為流傳。
融合史
到了東漢中期，“新生代”儒家都開始兼修古文經與今文經了。兩派開始有了融合的跡象。這時，出現了一位名喚鄭玄的頂厲害的大儒，破除了了各家的傳統，廣採眾說，遍注群經，得到了經今古文兩派的讚許，開創出了容百家之長的“鄭學”。至此，基本結束了經今古文之爭。
鄭玄像
兩漢時期的經今古文之爭，說白了是儒家內部爭奪“祿利之路”的鬥爭，是統治階級爭權奪利的一種表現形式。雖然他們兩家各立門戶，爭論不休，但在歌頌先王聖賢，美化古代政治制度，為封建統治階級服務等問題上還是保持著一致性的。當然，縱使縱使掙到了最後也沒爭出個高低勝負，但由於雙方互相辯難，對學術的發展進步還是起到了非常大的促進作用的，為後世封建王朝的統治哲學的成熟化系統化體制化奠定了學術基礎。
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