古巴危機起因：1959年1月1日，古巴取得了人民革命的勝利，推翻了巴蒂斯塔獨裁政權。1月13日成立了古巴共和國。宣告這一勝利的是領導人民革命的菲德爾·卡斯特羅。新政權成立初期，美國同古巴的關係還比較好。1959年6月，古巴新政府的領導成員發生很大變動，政府重要部門被絕大多數主張實行激進政策的人所掌握。美國政府擔心古巴高層的變動引起整個拉美地區的失控，動搖美國在拉美的影響力，於是就對古巴新政權產生了不滿，導致了美國與古巴關係的日益惡化。1961年1月5日，美國突然宣佈同古巴斷絕外交關係。同時，從經濟上開始對古巴進行制裁，企圖通過卡斷經濟命脈來逼迫古巴就範。1961年4月15日，在美國的策劃下，古巴流亡分子駕駛B-26型轟炸機對古巴進行了兩天的轟炸，1000多名僱傭軍登上古巴豬灣，妄圖入侵古巴以暴力推翻卡斯特羅政府。72小時之內，流亡政府軍即被擊退。之後美國政府繼續對古巴施加壓力，對古巴採取敵視的政策。在受到美國的強大壓力時，卡斯特羅不得不向蘇聯尋求援助。蘇聯當時對古巴的處境表現出異乎尋常的關切，正是出於同美國爭奪霸權的需要，想在拉丁美洲找一個立足點。古巴的求援，正是赫魯曉夫求之不得的事情。
而1959年美國在意大利和土耳其部署了中程彈道導彈雷神導彈和朱比特導彈， 蘇聯為了扳回戰略劣勢，而有意在古巴部署導彈。1962年7月，卡斯特羅訪問蘇聯時，雙方簽署了在古巴部署中程導彈的秘密協議，（從美國最南端的佛羅里達州Key West島到古巴的距離只有九十英里。）根據協議,蘇聯將向古巴運送42枚射程為2000-4000公里的中程導彈(SS-4和SS-5,載一枚核彈頭) 以及其它的防衛武器,包括地空導彈(SAM)、海岸警戒巡航導彈、IL-28轟炸機、米格-21戰鬥機等。另外再進駐4.5萬人的蘇軍部隊，其中包括4個摩托化步兵團（裝備250多輛裝甲車），一支裝備最新式蘇聯米格-21戰鬥機的空軍聯隊，5個導彈團等。按照赫魯曉夫自己的說法，就是“往美人的褲襠裡塞進一隻刺蝟”。
莫斯科紅場閱兵式展示的R-12彈道導彈（北約代號SS-4，射程2000公里）
蘇軍在古巴部署的導彈營地
1962年10月美國U-2飛機拍攝的一張標註部署在古巴不同位置的中程導彈諜照。
古巴同意蘇聯在其境內部署導彈，按照古巴離美國本土的距離，不出十分鐘，從古巴發射的導彈和核彈就可以覆蓋美國的紐約和華盛頓。1962年10月14日，兩架美國Ｕ—２飛機從南向北飛過了古巴西部上空。他們拍攝了大量照片。由專家們仔細地研究放大照片上的每一個畫面。10月15日，他們認出了一座發射臺、許多發射彈道導彈的建築物，一枚中程彈道導彈。在修建射程為2000英里的中遠程彈道導彈使用的堅固的永久基地。而且，美國鑑定專家確信，發射裝置上安裝的是導彈核武器。10月16日，肯尼迪總統才得到上述情況的彙報，並立刻意識到這件事關係重大。他沒有料到蘇聯人在古巴這樣一個地方會採取如此輕率和冒險的行動，沒有料到轉眼之間古巴戲劇性地擁有了在西半球僅次於美國的最大的、裝備最好的軍事力量。10月22日晚上７點，肯尼迪向美國和全世界發表廣播講話，通告了蘇聯在古巴部署核導彈的事實,宣佈武裝封鎖古巴，要求蘇聯在聯合國的監督下撤走已經部署在古巴的進攻性武器。因此當時的美國人得知這一消息後陷入一片恐慌，全國都在儲備糧食，挖掘窯洞，以便應對核戰爭。在肯尼迪發表廣播講話以後的５天中，即從10月23日至27日，局勢緊張到幾乎"難以忍受的程度"，核戰爭的陰影籠罩著整個加勒比海上空，整個世界危在旦夕。
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