秦始皇到底有多少個子女，至今沒人能說得清，但可以肯定的是，他們沒有一個得以善終，並且沒有留下後代。秦始皇滅門慘案中，罪魁禍首首先就是秦二世，其次就是霸王項羽。
由於史料缺乏，我們能夠依據的史籍記載幾乎只有《史記》，《史記》中記載，秦始皇共有約二十三個兒子以及十個女兒，其中留下姓名的兒子有四人，分別是長子公子扶蘇、公子高、公子將閭、胡亥（秦始皇第十八子，即秦始皇），女兒均未留下名字，嬴陰曼、嬴詩曼什麼的均可認定為後世杜撰。
公子扶蘇的事蹟大家都比較瞭解，秦始皇在世之時，他就因為勸諫秦始皇而被派往邊疆，協助蒙恬修建長城、抵禦匈奴。秦始皇駕崩之前曾經發遺詔讓公子扶蘇“與喪會咸陽而葬”，但是秦二世、李斯、趙高等人“恐諸公子及天下有變”，暗中定計，擁立胡亥，並賜公子扶蘇、大將蒙恬死。
秦二世即位之後，曾經向趙高表達了自己的困惑：“大臣不服，官吏尚強，及諸公子必與我爭，為之奈何？”在趙高的建議下，“乃行誅大臣及諸公子……而六公子戮死於杜。”其中，公子將閭等兄弟三人確實沒有什麼能被秦二世抓住的把柄，便被關押在內宮，沒過多久，秦二世也以“莫須有”的罪名，令他們三人自殺，於是“宗室振恐”。
隨後，秦二世“殺大臣蒙毅等，公子十二人僇死咸陽市，十公主矺死於杜，財物入於縣官，相連坐者不可勝數。”（《史記·李斯列傳》）也就是說，秦二世即位之後，不僅殺了前朝大臣、自己的親生兄弟，連姐妹也沒有放過！他的哥哥公子高本來準備逃亡，但又顧及家人的性命安全，於是悲愴地主動上書，請求給秦始皇殉葬，“胡亥大悅”，同意了他的請求，並“賜錢十萬以葬”。
秦始皇留下姓名的兒子全都被秦二世所殺。至於秦王子嬰的身世，至今也沒有定論。如前言所述，研究秦朝歷史最重要的史書只有《史記》，而《史記》中對子嬰的記載有自相矛盾之處，比如《秦始皇本紀》中記載“立二世之兄子公子嬰為秦王”，即子嬰是胡亥哥哥的兒子（有人以此認定子嬰乃公子扶蘇之子，此事也未有定論），在《史記》其他記載中，又有子嬰是秦始皇的弟弟、兒子以及侄子等說法。
在項羽滅秦、入主咸陽之後，“殺子嬰及秦諸公子宗族”，至此，秦始皇的後人全部罹難。
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