1917年7月初，張勳復辟發生後，孫中山約集革命同志南下廣東護法，籌劃討伐叛逆。在其號召之下，擁護護法的海軍艦隊及部分國會議員相繼南下廣州。8月下旬，孫中山在廣州約集南下議員百餘人召開“非常國會”，通過組織軍政府的決議，決定設大元帥一人，元帥二人。9月初，非常國會選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，另選舉滇系首領唐繼堯、桂系首領陸榮廷為元帥。陸榮廷原為兩廣巡閱使，1917年6月“府院之爭”發生後，宣佈兩廣“自主”，反對段祺瑞，並拉攏廣東督軍陳炳焜、廣惠鎮守使莫榮新等結成集團。桂系軍閥雖然表面上響應護法，但背地裡是想“分中央專制全國之權”，實現控制兩三個行省的險惡用心。章太炎曾經一針見血地指出滇桂軍閥的企圖：“廣西不過欲得湖南，雲南不過欲得四川，借護法之虛名，以收蠶食鷹攫之實效。”他們一方面利用孫中山護法這個招牌，反對段祺瑞的武力吞併，對孫採取聯合策略;另一方面對北洋軍閥也不是全盤反對，而是採取“聯馮(國璋)制段(祺瑞)”，對孫中山組織軍政府和北伐持反對態度。桂系從地盤主義出發，擔心具有強大號召力的孫中山及其組織的軍政府會算計他們在廣東的地盤，於是千方百計加以阻撓，借護法之名，行割據之實。這與孫中山的護法主張大相徑庭，不可避免的使兩者之間產生矛盾與鬥爭。
桂系集團對以孫中山為首的軍政府，採取了先排擠和打擊親孫勢力，然後再行破壞護法運動的卑劣手段。孫中山後來炮轟督軍署，實質上正是對桂系軍閥種種掣肘勾當忍無可忍的憤怒與警告。
一
9月2日，也就是非常國會選舉孫中山為大元帥的第二天，陸榮廷致電“非常國會”，主張擁護北京政府總統黎元洪覆職，反對另組政府，並表示對廣州軍政府的一切活動概不負責。隨後陸未就任元帥一職，並以養病為名深居武鳴山，讓粵督陳炳焜監視孫中山及軍政府，並伺機進行破壞阻擾護法運動。武裝方面，孫中山手中沒有軍隊，無法組織北伐。但廣東省省長朱慶瀾卻表示願將省長親軍20個營交給軍政府。朱原來在辛亥革命時期曾以陸軍統制官在四川反正有功，被推舉為四川都督，後被調到黑龍江，但很快又被驅逐。護國戰爭結束後，朱到廣東履新是受北京政府段祺瑞所派，是段安插的內線人物。陸榮廷對此也心知肚明。省長親軍是在前任粵督龍濟光下臺前，朱慶瀾以省長名義接收的雜牌軍及全部民軍，改編為警衛軍40個營。其實力不可小覷，儼然是廣東督軍以外的督軍。因此這也引起陸的嫉恨，欲拔之而後快。陸曾以節省財政開支為藉口實行裁兵，想把朱的警衛軍搞掉。由於朱慶瀾的堅決反對及段祺瑞的袒護，裁兵不成，陸朱交惡。此後不斷髮生奪取省長權力的風潮，陸決心驅走朱的企圖非常明顯。朱慶瀾為自保，安插粵籍國民黨員數人擔任警衛軍統領，間接與國民黨拉上了關係。張勳復辟後，兩廣通電宣佈暫行“自主”(即半獨立狀態，脫離內閣而不脫離總統)，粵督陳炳焜以統一軍權為藉口欲接收警衛軍。朱在國民黨和滇軍的支持下，交出了20個營，留下另外20個營改編為省長親軍，並委任陳炯明為親軍司令。陳要求全部接收，朱不肯放手，使親軍問題一直未能解決。隨著朱慶瀾與桂系矛盾的加深，處境危岌，希望藉助孫中山的力量來穩固自己在廣東的地位。因此對孫中山南下護法表示支持，願將警衛軍交給孫中山進行北伐。陸榮廷極其懼怕孫中山的軍政府掌握了軍事力量，妨害他們的利益，因此決定採取釜底抽薪的策略，指使粵督陳炳焜務必要把擁護孫中山的廣東省長朱慶瀾排擠走。陳許以省長職位及聯姻結為兒女親家的方式，誘惑廣東肇陽羅鎮守使李耀漢驅逐朱慶瀾。朱在武力排擠之下，被迫辭職赴香港。省長親軍被陳炳焜強行接收，孫中山進行北伐的基本力量被奪去。
財政上，陸榮廷對軍政府實施封鎖政策，指使粵督陳炳焜把持粵省財政。陳公開表示對護法運動既不贊成也不干涉，同時又表示廣東人民不能負擔軍政府和非常國會的經費開支。莫榮新代理粵督後，也公然表示：“孫某之政府，空頭之政府也，彼無兵無餉，吾輩但取不理之態度，彼至不能支持之時，自然解散而去。”他甚至還下令電報局對大元帥府發電報不準用頭等電，不準掛賬，只准用現款發四等電。這實質就是要通過經費方面設置障礙來阻礙孫中山護法活動。桂系的陰謀使軍政府無從運轉，只能靠借債和向華僑募捐來維持各項經費開支。由於經費拮据，國會經費及護法海軍軍費不能按時如數發給，軍政府下屬職員同樣無薪可發，只好不分職級，每人每月發放食宿費廣東幣二十元，生活都比較艱苦。桂系本來以為這樣做就可以使軍政府“自滅”，沒料到他們在孫中山革命精神的感召之下竟然支撐了下來，只好另謀其他不許軍政府“自生”的方法。
1917年10月，北洋政府出兵湖南，準備從湘南進攻兩廣，掃平雲貴，統一西南。鑑於局勢嚴重，桂系暫時改變對軍政府的態度，在11月上旬與軍政府聯合在梧州召開一次軍務會議，商討如何在湖南迎擊北洋軍及在福建開闢第二戰場。會上，革命黨人藉此機會向陸榮廷指出陳炳焜劫奪省長親軍等損害軍政府的不合作態度。陸榮廷為爭取革命黨人的合作，採取了讓步的姿態，表示願意將省長親軍20營交給軍政府指揮，委任陳炯明為援閩粵軍總司令，開往福建前線。同時會議決定，推陸榮廷為兩廣巡閱使兼領廣東督軍。陳炳焜改任討龍(濟光)軍總司令。陸榮廷表示自己年老多病，看病期間派廣惠鎮守使莫榮新代理督軍一職。
在護法戰爭開戰不久，北京政府中皖系段祺瑞對西南“武力統一”的政策，很快就被直系馮國璋一派所挫敗。隨著南北雙方和議的提出，兩廣面臨的危險暫時解除後，桂系軍閥轉而對軍政府採取陰持兩端，既“聯”又“擠”的態度，即在與孫中山聯合的同時，又從兵員上嚴加限制。
軍政府成立後，孫中山曾令鄧耀為廣東招撫局長，“意重彌盜，法取安輯”。但地方官吏士紳遇事扞格，奸佞之人又乘機假冒。12月4日，孫中山飭令鄧耀停止招撫，所有該局派出人員悉數撤回。為擴充軍政府軍隊，孫中山還派出專員到粵省各縣徵募民軍。11月12日前，就已派出30餘名專員到各處招兵。規定帶槍士兵來投奔的每月軍餉15元，未帶槍來投奔的每月軍餉10元，此時已花招兵費5000元。桂系對此甚為忌恨。陸榮廷在11月20日與胡漢民晤商時，對此強烈反對，要求軍政府停止招兵，已招者予以遣散。11月23日，孫中山被迫頒佈停招民軍令：“所有各屬民軍，除潮梅外一律停止，以待後命。”11月28日，軍政府組織的討伐潮汕鎮守使莫擎宇叛軍的潮梅軍第一支隊司令金國治，也被桂系將領沈鴻英誘殺，部隊被繳械遣散。潮梅軍總司令鄒魯急電軍政府懲治沈鴻英，但在粵督的曲為庇護下，不了了之。孫中山對此極為憤懣。代理粵督莫榮新在得知各縣的報告後，通令各縣將招兵人員以“土匪”罪名一律槍決，僅增城一縣就有69人被槍殺。12月下旬，莫榮新派人拘捕軍政府衛戍部隊連排長及新募士兵50餘人。孫中山立即寫信要求保釋，莫榮新置之不理，以“土匪”罪名下令全部槍決。
對桂系莫榮新的行為，孫中山實在是忍無可忍，悲憤地表示：“莫賊殺我同志多矣，為大局計，飲淚啞忍已久，今屠及良民，是自棄於國，非加懲誡，禍乃靡涯。”恰逢廣東各界群眾團體及知名人士經多次集會，並選出代表15人到大元帥府請願，要求懲辦莫榮新。原來莫榮新在代理粵督後，把持軍政大權，濫收捐稅，放任賭場和鴉片館，土匪猖獗，治安不定，搞得廣東烏煙瘴氣，民不聊生。鑑於桂系軍閥往日對軍政府各項護法措施的蠻橫阻撓破壞及代理粵督莫榮新的種種倒行逆施，加上廣東各界民眾的殷切期望，孫中山決定對他們予以武力懲治。於是前後發生了兩次炮擊觀音山(廣東督軍署所在地)的壯舉。
二
第一次炮轟觀音山發生在1917年11月15日，目的是驅除粵督陳炳焜。當時孫中山密令海軍駐省河艦隻做好戰鬥準備，同時命令大元帥府所能指揮的陸上部隊聽到海軍發炮後立即響應。除命朱執信直接指揮駐河南的李福林部外，同時命令羅翼群秘密聯絡駐廣州周圍的黃明堂部、魏邦平部及林虎部屬梁鴻楷營等各部，約定同時向陳炳焜的督軍署發起攻擊。梁鴻楷表示聽到炮聲後，願率全營襲擊桂軍蘇世安炮兵團，並約羅翼群帶炮兵學員劫奪大炮，開進牛王廟陣地，掩護步兵進城。
據親臨這件事的羅翼群回憶，約期到了以後，當夜他帶炮兵學員及其他軍官十餘人，先到沙河息鞭亭酒店開房，假裝打麻將消遣，準備聽到炮聲就行動，但等到天明仍然沒聽到。羅於是乘馬車到大元帥府詢問究竟。這才得知，原來孫中山昨夜未登軍艦，而是親自到中流砥柱炮臺指揮發炮，不料這些火炮是30年前晚清廣東海防大臣彭玉麟為抵抗法軍所鑄造的舊炮，加上火藥包潮溼，轟不著火。孫中山因已疲乏即回帥府休息，安排有關人員及部隊改期再舉。這件事發生5天后，即11月20日，粵督陳炳焜去職離省。次日，莫榮新奉陸榮廷電令正式代理粵督。
1918年1月3日孫中山籌劃第二次炮轟觀音山，目的是要“炮教”莫榮新。準備期間，孫中山命朱執信等運動駐穗各路軍隊響應海軍，合擊桂軍，派許崇智、鄧鏗督促陳炯明響應行動。但駐穗各軍大都反對武力解決。孫中山曾商請程璧光派海軍討伐，遭到程的拒絕。此時海軍早已被桂系拉攏。原來海軍南下廣東後，軍政府糧餉奇絀，陸榮廷、莫榮新等深恐海軍受孫中山指揮，許以月餉8萬元津貼，燃煤數千噸。莫榮新從1918年元旦起，又許諾向海軍每月提供12萬元。這使海軍逐漸轉向桂系，雖有少數官佐受命軍政府，但勢單力薄。同時，當時革命黨內及軍隊中的一些主要人物意見不一致，認為大元帥此舉過於冒險。為此李烈鈞、吳景濂、王正廷等人都曾勸解過孫中山。但孫態度堅決，不為所動。為了避開李、吳等人的勸阻，孫中山只好裝病。滇軍師長方聲濤聞訊也趕到帥府嚴詞諫阻。孫中山甚為惱怒，對他厲聲斥責：“吾意已決，毋勞借箸，吾為民除害，今即以身殉民，份也。汝師不我助，或反助敵，唯君自擇，吾無介焉。”1月3日，孫中山致函莫榮新，要求莫承認軍政府及其本人的地位及軍事統帥指揮權，並要求由軍政府任命廣東外交官員。當晚，孫中山率親信將領黃大偉、馬伯麟等及少數衛隊登上同安艦，豫章艦隨行。當兩艦駛至中流砥柱炮臺時，孫中山指揮開炮，向督軍署駐地觀音山轟擊。兩艦長起初不敢答應，孫中山便親自發炮，又督促炮手連發50餘炮。炮聲響後，遊擊司令李安邦按照約定計劃率小兵艦巡江，向長堤桂軍駐兵機關如江防司令部等處用機槍掃射。軍政府下轄的陸軍部隊除李安邦部外，其餘滇、粵各部在海軍發炮後，均未遵約響應。更怪異的是，桂軍方面也沒有還擊。原來莫榮新事先已得密報，莫的參謀長郭椿森力主鎮靜，不予還擊。他認為：“還擊則彼眾我寡(當時駐廣州桂軍不過四五千人，而滇軍及粵軍共約一萬五千人)，絕無勝算，不還擊，人將謂曲在中山，彼將更成孤立。”莫榮新採取了不理睬政策，命令將燈火熄滅，避免目標暴露，不許開炮還擊。同時給在海珠艦的海軍總長辦公室打電話，向海軍總長程璧光報告遭受海軍艦隻轟擊情況，請求緊急調處。程璧光急忙派海琛艦前往傳達“停止炮擊，開回省城”的命令。同安、豫章二艦起事後得不到陸軍的響應，又接到長官命令，只得返回省城。後來程璧光將這兩個艦長撤職處分。孫中山討莫計劃失敗後，疲勞致病，休養數日。
炮轟觀音山第二天，莫榮新身穿白夏布長衫，手執煙桿，親自到帥府“謝罪”。孫中山怒斥莫執掌廣東軍政大權，弄得民不聊生。現在廣東民眾派代表來，要求嚴懲他，所以才有炮轟之事。莫榮新聞後，趕緊認錯，表示回去後定要大加整頓。孫中山趁機命參軍祁耿寰向莫榮新說明軍政府的財政困難情況，讓他從廣東財政收入中撥出一部分作為軍政府經費。莫當場表示應允，說大元帥的命令，他一定服從。於是，孫中山派參軍蔡公時、庶務陸華軒隨莫榮新到督軍署提了一筆款子。炮轟督軍署後，孫中山還向桂系提出了五項條件：承認軍政府為護法各省的最高領導機構;承認大元帥有統帥軍隊全權;承認廣東督軍由廣東人選任，必要時大元帥得加以任免;被捕民軍代表，交由軍政府處理;廣東外交人員由軍政府任命。莫榮新除了口頭上對孫表示歉意外，實際上並未接受孫中山提出的各項條件，反而在背後醞釀除去孫中山和瓦解軍政府的陰謀。
三
代理粵督莫榮新在被孫中山炮轟後，表面上唯唯諾諾，謝罪道歉認錯，並提供軍政府一筆款項，但其並不甘心被軍政府壓制，欲尋找機會派人刺殺孫中山，除去這個桂系的眼中釘。
大元帥府的保衛工作是由福軍司令李福林所派的一連衛兵擔任。莫榮新以高官厚祿為誘餌，收買了這個衛兵連的連長鬍新，指使其行刺孫中山。孫中山住在大元帥府二樓，周圍有貼身衛士保護。胡新於是開始尋機下手。據孫中山的副官兼衛士馬湘回憶：一天深夜十二點左右，胡新身穿便服，攜帶兩支駁殼手槍，來到孫中山臥室樓下，見有衛士守衛，防守嚴密，就退了出去。如是情形反覆出現了好幾次，這引起了馬湘的警惕。有一次胡新又來，這次竟想趁機上二樓。馬湘發現後，立即上前制止，並告知胡新：大元帥吩咐就寢後無論何人都不準上樓。胡新則詭稱是來護衛大元帥的。馬湘正告胡新：警戒大元帥府是他胡新的任務，應在府門外四周執行，大元帥辦公和就寢的地方有衛士負責，他最好不要隨便深夜穿便衣攜帶槍械入內。胡新不敢再強辯，只得離開。
翌日清晨，孫中山詢問馬湘昨晚深夜與何人因何事爭論。馬湘便將胡新深夜闖進來和與他爭論的經過說了一遍。並對孫說此人是李福林所派，李是賊頭出身，難保胡新不是壞人，並表示極為懷疑此人。孫中山於是命令馬湘請李福林到帥府一趟。李福林接到馬湘的電話後，很快來到帥府。寒暄幾句後，孫中山就問他部隊有沒有訓練。李答曰極少。孫告知李，他派來守衛的士兵很少出操訓練，倒是孫的衛士每天由隊長盧展柳率領操練，並問他是否知道胡新連長近來的舉動，並讓他具體問一下衛士馬湘。李福林從馬湘那裡瞭解到整個情形後，勃然大怒，說他幾乎被胡新之舉害死。馬湘問李福林有沒有發給胡新兩支駁殼手槍，李說只發過大號左輪手槍一支。對於胡新所攜帶的兩把駁殼手槍是何人所給，有何目的，他們並不知曉。這同時也說明了問題的嚴重性。孫中山命李福林仔細查一查胡新這個人。這時馬湘給李福林出了個主意，讓李不要對胡新直接動火，可以一邊請胡新飲酒，將他灌醉，另一邊派人搜查他的住宅，這樣就很容易把事情弄明白。李表示贊同，隨後依照馬的辦法，一面請胡新吃晚飯，一面派人搜查他的住宅。果然查獲莫榮新收買胡新的確鑿證據，當即將胡新扣留槍斃，從而清除了孫中山身邊的一個重大隱患。
暗殺不成，於是桂系又採取收買議員的方式，以合法手段奪取孫中山在軍政府中的權力。
1918年1月9日，孫中山在元帥府會見各界人士，揭露桂系軍閥阻擾護法罪行，解釋炮擊督軍署的初衷是：“當陳炳焜督粵時，……謂聽軍政府自生自滅。……今則愈逼愈緊，只許自滅，不許自生。”日前炮擊督署“實所以表公道，伸不平，而使軍政府自闢其生路者也”。孫同時還表示，鑑於事變中，地方當局未還擊，又能接受各項條件，軍政府未有其他苛求，為減輕廣東人民負擔，準備督師北伐。1月底，滇、粵、桂各部分數路討伐北洋軍。到4月間，兩廣威脅解除後，桂系倍感軍政府在廣東如芒刺在背，欲瓦解其而後快。於是他們反過手來，拆軍政府的臺。
桂系在1918年1月15日倡議成立“護法各省聯合會”，準備藉以分孫中山之權，但未成功。此後則企圖通過改組軍政府來達到目的，並且說動伍廷芳、唐紹儀、程璧光三總長及部分國會議員附和他們的提議。桂系串通非常國會中政學系和益友社兩派議員，以及眾議長吳景濂、副議長褚輔成，欲通過議會手段來合法倒孫。正如《中華民國軍政府組織大綱修正案》中所規定，改大元帥一長製為七總裁合議制，政務總裁地位平等，責任同負。這就剝奪了孫中山以原有大元帥名義統領政府的職權。孫中山也洞悉了桂系的政治陰謀，由於部分議員被串通，他也無可奈何。憤怒之下，他想去武鳴山找陸榮廷理論，被革命同志所勸阻。
4月10日，非常國會通過將改組軍政府案交付審查的動議。5月4日，非常國會以97票對27票通過了所謂“修正軍政府組織法案”，改大元帥一人制為總裁七人合議制，這實際上是桂系“合法倒孫”取得了勝利。在“法案”表決前後，曾經引起一些糾紛。為保證通過該議案，表決前議長吳景濂以有人組織“公民團”準備圍攻非常國會為由，請代理粵督莫榮新派軍警對議員進行監視。國民黨左翼議員在會上指責吳景濂未經大會許可，擅自調來軍警監視議員行動，並且指使國會警衛人員毆打議員，請求對肇事者進行懲戒。“法案”通過後，軍政府陸軍總長張開儒公開發表談話，表示在護法省區內居然發生武力干涉國會，強迫改組合法政府的行徑，“如此護法，不如投降段祺瑞為好”。孫中山氣憤難當，當天向非常國會提出辭去大元帥一職，並於5日發表辭職通電，斥責桂系軍閥：“吾國之大患，莫大於武人之爭雄，南與北如一丘之貉，雖號稱護法之省，亦莫肯俯首於法律及民意之下。故軍政府雖成立，而被舉之人，多不就職，即對於非常會議，亦莫肯明示其尊重之意。”
5月20日被滇桂軍閥收買的非常國會召開會議，選出孫中山、唐繼堯、伍廷芳、唐紹儀、林葆懌、陸榮廷、岑春煊七人為總裁，儘管孫中山也名列七總裁之一，但實際權力已被西南軍閥所纂奪，不可能再貫徹他的護法主張。第二天，孫中山在沒有辭去軍政府總裁職務的情況下，偕朱執信等革命黨人，懷著悲憤而黯淡的心情離開了廣州，奔赴上海，為探索救國救民道路而繼續奮鬥。
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