在90年代，美國海軍發現，現有的宙斯盾作戰系統不僅擁有強大對空探測能力，對彈道導彈也有不錯的探測能力。美國海軍立刻意識到了其中的潛力，由於地理位置的關係，美國的假想敵如果要對美國或其盟友發射彈道導彈，其飛行中段勢必要經過許多海洋。搭載宙斯盾作戰系統的軍艦正好可以部署在導彈的飛行路徑上，發射攔截彈將其攔截。而且相比於以前在陸上固定不動導彈攔截系統，軍艦可以隨時移動，調派到各個不同海域，極大地增加了任務的靈活性。因此，美國開始著手開發可以搭載在宙斯盾艦上的導彈攔截系統。
首先要解決的是探測問題，宙斯盾系統的性能固然強大，可以探測到大氣層以外飛行的彈道導彈，但是探測範圍實在有限，沒法提前感知導彈的來襲方向。因此，這需要美國其他導彈預警系統的配合。目前的解決方案是，當假想敵發射導彈時，美國的預警衛星或是在前沿部署的X波段預警雷達會第一時間探測到，並開始計算導彈的飛行路徑等數據，之後通過數據鏈將相關數據發送到離導彈飛行路徑最近的一艘宙斯盾艦上。然後軍艦再將雷達對準飛行路徑，跟蹤並攔截目標導彈。
然後要解決的是攔截彈的問題，宙斯盾艦搭載的防空導彈射高不夠，飛不出大氣層，而陸基的攔截彈體積又太大了，軍艦裝不下。因此，最好的辦法是對現有的艦載防空導彈進行改進。這一成果便是標準3導彈，在原有標準2導彈的基礎上加了個火箭助推器，將射高提升到了150-200公里。不過，這點射高只能對付近程或中程導彈，面對飛得更高遠程或洲際導彈就力不從心。為此，標準3最新的改進型號加粗了彈體，使射高增加到了500公里，以提升對遠程導彈的攔截能力。當然，要獲得反導能力，現有的宙斯盾艦必須進行改裝，加強雷達對彈道導彈的跟蹤能力和增添引導標準3導彈的能力。不過，最新版本的宙斯盾作戰系統意見將這一能力集成在了裡面，所以最近建造宙斯盾艦會自帶這一能力。目前，美國已經擁有30多艘擁有反導能力的宙斯盾艦，這些軍艦部署在全球各個海域，以為何自身及其盟友的安全。
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