2003年7月開始主持《小崔說事》。 2004年既主持又主演《電影傳奇》，在節目中既講故事又演故事，同時監製推出了老電影歌曲聯唱專輯《寧死不屈》。 2010年任紀錄片《我的抗戰》總策劃。 2017年5月22日，從“反轉鬥士”到“專職商人”，崔永元一隻雞賣300元。 2018年1月31日，登上“2017中國慈善名人榜TOP30” 。
99年時，中國國內電視媒體紛紛效仿崔永元的《實話實說》節目形式，逐步導致全中國電視觀眾對《實話實說》電視節目的要求不斷提升，最終此節目的收視率慢慢下降，儘管崔永元已經使出渾身解數，但是依然未能穩固住收視率，這讓崔永元感覺到前所未有的焦慮和危機。
2001年時，沉重的工作精神壓力，導致崔永元已經從睡眠障礙發展到嚴重的精神抑鬱症，而過多服用鎮靜類藥物後，他的身體已經產生了抗體。 02年崔永元突然離開《實話實說》，之後人們才知道原因是他得了重度抑鬱症。走出抑鬱症陰影的崔永元曾在接受央視《人物》欄目專訪時，自曝得重度抑鬱症時，每天都在想著自殺。
2003年7月，崔永元開始主持新節目《小崔說事》。 2004年4月3日，崔永元積數年心血創制的新欄目《電影傳奇》開播，內容涉及150部老電影。崔永元在節目中既是主持人，又是主要演員，既講故事又演故事，同時又監製推出了老電影歌曲聯唱專輯《寧死不屈》。
他自費50萬前往日本、美國等地調查轉基因產品的安全問題，並準備將拍攝的素材和獲得的資料製成紀錄片發佈。
外界這樣評價他，潛藏在冷峻外表下犀利的批判，時常有不經意而來的經典妙語，縝密的思維和不動聲色的引導，從容自信瀟灑的風度。崔永元另外珍貴的一面，就是做個實實在在的人。他的工作間裡有著這樣一副對聯：說天說地莫若說真，話東話西不如話實。真實和坦誠地做人，是崔永元一貫遵循的準則。
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