在金庸武俠小說中，《九陰真經》是一部博大精深的武功秘籍，它在《射鵰英雄傳》、《神鵰俠侶》《倚天屠龍記》中均有出現。
學過《九陰真經》的人很多，梅超風、陳玄風、郭靖、黃蓉、周伯通、洪七公、一燈大師、楊過、小龍女、周芷若、宋青書等《射鵰三部曲》出現的人物均或多或少都學過這部武功秘籍。
在《射鵰三部曲》，最初拿到《九陰真經》的是王重陽，不過他收起來了，並沒有學過半點裡面的功夫。最初學《九陰真經》的是黃藥師的兩個徒弟梅超風和陳玄風，不過兩人只是根據自己的理解，錯誤地修煉了《九陰真經》下卷的部分武功。不過雖然是學到了部分武功，而且還是錯誤地修煉，但梅超風憑著九陰白骨爪，已經成為力壓江南七怪的一流高手。
最初完整正確地學到《九陰真經》的是郭靖和周伯通。郭靖和周伯通兩人學《九陰真經》時都是無意之間學成的，郭靖根本不知道二師父朱聰從梅超風身上偷到的人皮就是《九陰真經》，而周伯通拿到人皮時卻知道《九陰真經》上下卷終於迴歸到自己手上了，他因為答應師兄王重陽自己不能修煉此武功，但卻把它教給了郭靖，郭靖學成後都不知道自己學的就是《九陰真經》，而周伯通教郭靖的過程中，也不知道自己不知不覺中也學成了《九陰真經》。
後來一燈大師為了救黃蓉，內力盡失，為了恢復內力，也修煉了部分《九陰真經》。之後洪七公受傷，也修煉《九陰真經》並恢復了功力。
當年王重陽進入古墓，為了破解《玉女心經》將破解心經的《九陰真經》武學刻在古墓中。楊廣和小龍女卻在機緣巧合下，也練成部分真經武學。楊過的《黯然銷魂掌》也滲合部分《九陰真經》的內容。
在襄陽城要被敵人攻破的時候，郭靖、黃蓉兩人用玄鐵重劍打造了倚天劍和屠龍刀，並將《九陰真經》、《降龍十八掌》、《武穆遺書》分別藏於刀劍內流傳後世。後來周芷得到了倚天劍和屠龍刀，獲得了裡面收藏的秘籍，後來周芷若就憑九陰真經上的武學，取得天下第一高手的名銜。周芷若曾把九陰真經的部分武學教給了宋青書。而最後《九陰真經》落到張無忌之手。
雖然學過《九陰真經》的人很多，但最厲害的不是郭靖，也不是周伯通，而是一個曾經錯誤修煉的人，他就是歐陽鋒。
歐陽鋒被郭靖、黃蓉欺騙，修煉了兩人杜撰出來的錯誤版《九陰真經》，並且逆練了真經上的武功。但歐陽鋒畢竟是一個武學大宗師，即使的錯誤版的真經，仍然被他練得融會貫通。雖然歐陽鋒因為逆練真經而喪失了神智，但在第二次華山論劍中，先後擊敗了東邪、北丐、郭靖等人，成為第一高手。
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