在金庸武侠小说中，《九阴真经》是一部博大精深的武功秘籍，它在《射雕英雄传》、《神雕侠侣》《倚天屠龙记》中均有出现。
学过《九阴真经》的人很多，梅超风、陈玄风、郭靖、黄蓉、周伯通、洪七公、一灯大师、杨过、小龙女、周芷若、宋青书等《射雕三部曲》出现的人物均或多或少都学过这部武功秘籍。
在《射雕三部曲》，最初拿到《九阴真经》的是王重阳，不过他收起来了，并没有学过半点里面的功夫。最初学《九阴真经》的是黄药师的两个徒弟梅超风和陈玄风，不过两人只是根据自己的理解，错误地修炼了《九阴真经》下卷的部分武功。不过虽然是学到了部分武功，而且还是错误地修炼，但梅超风凭着九阴白骨爪，已经成为力压江南七怪的一流高手。
最初完整正确地学到《九阴真经》的是郭靖和周伯通。郭靖和周伯通两人学《九阴真经》时都是无意之间学成的，郭靖根本不知道二师父朱聪从梅超风身上偷到的人皮就是《九阴真经》，而周伯通拿到人皮时却知道《九阴真经》上下卷终于回归到自己手上了，他因为答应师兄王重阳自己不能修炼此武功，但却把它教给了郭靖，郭靖学成后都不知道自己学的就是《九阴真经》，而周伯通教郭靖的过程中，也不知道自己不知不觉中也学成了《九阴真经》。
后来一灯大师为了救黄蓉，内力尽失，为了恢复内力，也修炼了部分《九阴真经》。之后洪七公受伤，也修炼《九阴真经》并恢复了功力。
当年王重阳进入古墓，为了破解《玉女心经》将破解心经的《九阴真经》武学刻在古墓中。杨广和小龙女却在机缘巧合下，也练成部分真经武学。杨过的《黯然销魂掌》也渗合部分《九阴真经》的内容。
在襄阳城要被敌人攻破的时候，郭靖、黄蓉两人用玄铁重剑打造了倚天剑和屠龙刀，并将《九阴真经》、《降龙十八掌》、《武穆遗书》分别藏于刀剑内流传后世。后来周芷得到了倚天剑和屠龙刀，获得了里面收藏的秘籍，后来周芷若就凭九阴真经上的武学，取得天下第一高手的名衔。周芷若曾把九阴真经的部分武学教给了宋青书。而最后《九阴真经》落到张无忌之手。
虽然学过《九阴真经》的人很多，但最厉害的不是郭靖，也不是周伯通，而是一个曾经错误修炼的人，他就是欧阳锋。
欧阳锋被郭靖、黄蓉欺骗，修炼了两人杜撰出来的错误版《九阴真经》，并且逆练了真经上的武功。但欧阳锋毕竟是一个武学大宗师，即使的错误版的真经，仍然被他练得融会贯通。虽然欧阳锋因为逆练真经而丧失了神智，但在第二次华山论剑中，先后击败了东邪、北丐、郭靖等人，成为第一高手。
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