教育制度包括教學管理制度、招生就業制度、人事分配製度、後勤保障制度、質量評價制度和內部運行機制等，是加快我國高等教育可持續發展的制度保證。教育制度創新是全方位、立體式的系統工程，應分層次、有步驟推進，每一層次都有其自身的客觀規律，必須進行深入分析研究，以便有針對性地採取對策。
(一)在教育制度創新的宏觀層次
在經費投入制度、教育管理體制和考試選拔制度等方面，一直沒有停止改革和探索，就經費投入制度而言，國家建立健全教育法律法規，切實保證教育事業經費的必要投入，同時鼓勵多渠道籌措教育經費，保證科教興國與人才強國戰略及建設創新型國家的需要。在教育體制方面，早在1985年就開始實行地方為主、分級管理的高等教育管理體制，90年代中後期高等院校佈局的結構重組、資源整合，推進“211”工程、“985”建設工程，我國高等教育的結構、效益、規模、質量不斷適應社會主義市場經濟體制。在考試選拔制度方面，從全國統一高考到各省市單獨命題，發展到部分高校自主招生試點，考試選拔制度日趨人性化、多樣化、規範化。
(二)在教育制度創新的中觀層次
主要針對地方各級教育主管部門，需要解決的是進一步轉變教育觀念，加強管理，提高服務，將辦學權真正落實到各級各類高校。有些地方教育主管部門，長官意志嚴重，將人財物管得過嚴、控制得過死，尤其是沿襲傳統的教育評價機制，嚴重製約高校辦學的積極性、主動性、創造性，從全面貫徹國家教育方針的戰略高度，落實科學發展觀，充分調動校長以法治校、以德治校，真正行使學校改革、發展與管理的統籌權、決定權。全國第三次教育工作會議之後，高等教育的迅猛發展迫使教育主管部門重新審視教育制度存在的弊端，如舉辦高職高專教育全部交由省級統籌，開始嘗試部分省市的春季高考，各省市3+ X綜合能力考試個性化等。
(三)在教育制度創新的微觀層次
涉及高校和所有教職員工，教育制度創新為各級教育主管部門營造良好的教育發展環境固然十分重要，但教育制度創新的重點應真正堅持以人為本，落實到學校和每一名教師。在人事分配製度方面，競爭上崗、全員聘任、公開選拔、優質優酬制度為激勵人們提升素質、迎接挑戰，在全社會營造了一種積極向上、銳意進取的制度氛圍。學校對推進教育制度創新有不可推卸的責任，通過加強管理制度建設、塑造校園文化、培育大學精神，形成有利於創業人才脫穎而出的機制和體制。每一名教師要身體力行、率先垂範，自覺執行學校的教學管理制度、評價考核制度、培訓進修制度，鼓勵發展創新思維，更新教育觀念，崇尚學生個性發展和健全人格。
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