正因塵埃粒常作為細菌的載體，所以就這個意義來說，空氣中塵粒愈多，細菌與之接觸的機會也愈多，附著於其上的機會當然也就多了，所以生物潔淨室中除菌的措施主要靠空氣過濾。用於生物潔淨室的過濾器，以下三個問題應該特別注意：
（1）高效過濾器對微生物的過濾效率 由於微生物的等價直徑遠大於05μm，所以高效過濾器的濾菌效率幾近100%，高效過濾器出口菌濃皆可為“0”。用噴含菌溶液來試驗，由於溶液的最後液滴大小也都大於細菌自身大小，所以也獲得較高的效率。對於常用的高效過濾器，當以每L細菌濃度為82102～6104空氣通過它時，對於不同大小菌種，不同濾速條件的過濾效率也不一樣，對自身大小約01～05μm的細菌其過濾效率和03μmDOP微粒的效率一致。
（2）控制減少潔淨區的微生物提高潔淨度應努力做到：儘量減少渦流，避免將工作區以外的汙染帶入工作區；儘量防止灰塵的二次飛揚，以減少灰塵對工作的汙染機會；為了稀釋空氣中的含塵濃度，要有足夠的通風換氣量；工作區的氣流要儘量均勻，風速必須滿足工藝和衛生要求，當氣流向迴風口流動時，要使空氣中的灰塵能有效地帶走。
總的來說，潔淨室的灰塵主要來源於人其佔80%~90%,來源於建築物是次要的僅佔10%~15%，來源於淨化送風系統的就更少了。
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