1、生石灰
生石灰遇水就會生成強鹼性的氫氧化鈣，使池水pH值(酸鹼度)急劇上升到11～12，因此可殺滅野雜魚類、敵害生物和各種病原體。使用生石灰清塘有兩種方法。一是幹法清塘：池中積水5釐米～l0釐米，在塘底挖若干個小坑，將生石灰分別放入小坑中加水融化，不待冷卻即向池中均勻潑灑。生石灰用量一般每畝為60千克～75千克，淤泥較少的池塘用50千克～60千克。清塘後第二天須用鐵耙耙動塘泥，使石灰漿與淤泥充分混合。帶水清塘即池水不排出，將融化好的生石灰漿全池潑灑。每畝平均水深1米用125千克～150千克生石灰。由於帶水清塘生石灰用量多，潑灑麻煩，此法在生產上較少採用。生石灰清塘的技術關鍵是所用的石灰必須是塊灰，只有塊灰才能產生氧化鈣，才叫生石灰;而粉灰是生石灰潮解後，與空氣中的二氧化碳結合形成碳酸鈣，稱為熟石灰，不能作為清塘藥物。
2、漂白粉、漂白精、三氯異氰尿酸
它們都遇水分解，釋放出次氯酸，次氯酸立刻釋放初生態氧，它有強烈的殺菌和殺滅敵害生物的作用。漂白粉通常含有效氯30%左右(這是指具有消毒能力的氯佔總量的百分比)，漂白精是純次氯酸，含有效氯60%~70%，三氯異氰尿酸含有效氯85%~90%。
使用方法：先計算池水體積，漂白粉每立方米水體用20克，即百萬分之二十(20ppm)，漂白精用量為漂白粉的1/2，而三氯異氰尿酸用量則為漂門粉用量的1/3。將它們加水溶解後，立即全池潑灑。漂白粉清塘的技術關鍵是務必防止其吸水潮解。漂白粉一經潮解，共有效氯含量大大下降，影響清塘效果。而漂白精性質較穩定，三氯異氰尿酸的性質最穩定，如敞開存放半年，其有效氯的損失也不到10%。
3、茶粕
茶粕是油茶的種子經榨油後所剩餘的渣滓壓成的圓餅狀。使用方法：將茶粕敲成小塊，用水浸泡，在水溫25℃左右浸泡一晝夜即可使用。施用時再加水，均勻潑灑於全池。每畝池塘水深20釐米用量為13千克，水深1米用35千克～45千克。上述用量可視塘內野雜魚的種類而增減。對不能鑽泥的魚類，用量可少些，反之則多些。
用上述藥物清塘，一般需經7天～10天，藥性消失，方可放養蟹苗或蝦苗。漂白粉類的藥物其藥性消失較快，通常清塘5天后即可放養蟹苗或蝦苗。
上述幾種清塘藥物，各有利弊。茶粕能殺滅野生雜魚類、水生昆蟲、蛙卵、蝌蚪、螺螄、螞蝗等;生石灰、漂白粉、漂白精和三氯異氰尿酸除殺滅上述敵害生物外，還能殺滅水草、絲狀藻類、寄生蟲和致病菌等，其清除敵害的作用迅速而徹底。生石灰還能保持水中pH值穩定，釋放出被淤泥吸附的氮、磷、鉀等營養物質，改善水質。必須強調指出，鹽鹼地魚池，池水鹼性大，pH值較高，因此不宜再選鹼性強的生石灰用作清塘藥物，而應當選用漂白粉類的藥物。此外茶粕對魚類血液有強烈的破壞作用，而蟹、蝦等甲殼類對茶粕毒素的敏感度比魚類低50倍。因此通常用茶粕清塘，其藥物的劑量只能殺滅野生雜魚類等動物，而對蝦蟹類則不起作用，故茶粕清塘有蟹蝦越清越多之說。
清塘之後若需肥水，可選用酵之源（EM菌）配合有機肥料，肥水效果持久，還能補充水中的有益菌，抑制有害菌的生長。
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