公元前20世纪前后，闪米特族的迦南人定居在巴勒斯坦的沿海和平原。
公元前13世纪末希伯来人各部落迁入定居。
公元前11世纪犹太人建立希伯来王国，后亚述、巴比伦、波斯等外族都曾占领巴勒斯坦。
公元前1世纪罗马共和国侵入，绝大部分犹太人流亡世界各地。
公元7世纪成为阿拉伯帝国的一部分。阿拉伯人不断移入，并和当地土著居民同化，逐步形成了现代巴勒斯坦阿拉伯人。
1099年十字军攻陷耶路撒冷建国，由封建领主建立起来的法兰克式的封建国家。
1174年著名的耶路撒冷传奇国王，鲍德温四世即位，后于1185年因麻风病英年早逝，年仅24岁。
1187年9月2日，在萨拉丁的进攻下，耶路撒冷守军投降，萨拉丁选在登霄节这一天进入耶路撒冷，以纪念先知穆罕默德在耶路撒冷登霄。
二战后，犹太人大量从其他地区迁入，同时驱逐巴勒斯坦人，改变了当地的人口成分。 1948年以前，耶路撒冷主要是巴勒斯坦人为主，城市也由巴勒斯坦人所控制。随后几年里英国开始资助犹太人向巴勒斯坦移民，耶路撒冷的犹太人数量开始增加。 1948年，巴以分治，耶路撒冷划到巴勒斯坦境内。随后战争爆发，以色列入侵并占领了西耶路撒冷，东耶路撒冷处于约旦的管理之下。以色列定都特拉维夫。
1967年，第三次中东战争以色列占领了整个耶路撒冷，并强迫当地的巴勒斯坦人离开耶路撒冷。
1980年，以色列国会立法确定耶路撒冷是该国“永远的和不可分割的首都”。但是，除了美国以外没几个国家承认耶路撒冷是以色列的首都，认为该市的最终地位尚未确定，有待以色列和巴勒斯坦双方谈判决定。大多数国家都将大使馆设在特拉维夫。而1988年巴勒斯坦自治政府也宣布耶路撒冷将是未来巴勒斯坦国的首都。因此，耶路撒冷仍然是巴以冲突的中心。
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