消毒藥按作用水平分為高效、中效、低效三類。高效消毒藥對病毒、細菌、芽孢、真菌等都有效，如戊二醛、氫氧化鈉、過氧乙酸等，但它們的副作用較大，對有些消毒不適用；中效消毒藥對所有細菌有效，但對芽孢無效，如乙醇、碘製劑等；低效消毒藥屬抑菌劑，對芽孢、真菌、親水性病毒（非囊膜病毒）也無效，如季胺鹽類等。
目前，規模化豬場的病原微生物多重感染或繼發感染十分普遍，既有病毒的混合感染，也有細菌的混合感染，還有病毒和細菌的混合感染，以及存在一些原發性感染情況下出現繼發感染。
據調查，規模化豬場存在著豬繁殖與呼吸綜合徵病毒、豬圓環病毒2型、口蹄疫病毒、豬瘟病毒、偽狂犬病毒、肺炎支原體、豬鏈球菌、胸膜肺炎放線桿菌、巴氏桿菌、豬附紅細胞體、大腸桿菌等病原微生物的威脅。
選擇消毒液時，要根據消毒對象、目的、疫病種類，調換不同類型的藥物。如有些病毒（結構中無胞漿膜病毒）對普通消毒藥不敏感，特別是圓環病毒，一般消毒藥對它不起作用，應選擇高效消毒藥。對帶豬消毒，刺激性大，腐蝕性強的消毒藥不能使用，如氫氧化鈉等，以免造成人畜皮膚等處傷害；對注射部位消毒可選擇中效消毒藥等。
由於病原微生物本身的形態結構及代謝方式等生物特性的不同，其對消毒表現的反應也不同。如G+菌比G-菌對消毒藥更敏感，原因是G-菌細胞壁由豐富的類脂包膜形成，有阻止消毒藥進入的作用。
所以，對G-菌（如多殺性巴氏桿菌、沙門氏菌、胸膜肺炎放線桿菌等）需選擇作用較強的消毒藥。對具有芽孢的細菌（如炭疽桿菌），因芽孢有較厚的芽孢壁和多層芽孢膜，結構堅實，消毒藥不易滲透進去，一般也應選擇高效消毒藥。
附：根據病原對特定消毒劑的敏感性來選擇消毒劑
豬瘟病毒 對鹼性消毒藥敏感，如火鹼、生石灰，冬季可用2%的火鹼溶液加5%的鹽水進行消毒。
口蹄疫病毒 對酸性、鹼性消毒劑都敏感，如火鹼等。
藍耳病毒 對醛類消毒劑 （甲醛、聚甲醛等）、含氯消毒劑（5%的漂白粉溶液）、鹼類製劑（氫氧化鈉和生石灰等）敏感。
圓環病毒 對外界環境的抵抗力較強，但對季銨鹽加碘的消毒液敏感。
偽狂犬病毒 對酸性、鹼性、加碘消毒劑都敏感。
細小病毒 對鹼性和0.5%的漂白粉溶液敏感。
乙腦病毒 常用消毒劑即可殺滅，如雙季銨鹽等。
輪狀病毒 對氯仿、乙醚敏感，但對化學試劑不敏感。
流感病毒 對酚類消毒劑、乙醚敏感，但有呼吸道病時最好不要用酚類消毒藥。
傳染性胸膜肺炎放線桿菌對苯扎溴銨敏感。
肺炎支原體 對雙季銨鹽和碘敏感。
巴氏桿菌 對火鹼和苯扎溴銨敏感。
鏈球菌 對苯扎溴銨和3%的漂白粉溶液敏感。
沙門氏菌 對火鹼和碘類消毒劑敏感。
大腸桿菌 對常用消毒藥都敏感。
副豬嗜血桿菌 對常用消毒藥敏感。
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