一對情侶在野外寫生，在河邊發現屍體然後報案。
根據屍表檢查，死者腦後有明顯的鈍器傷，排除意外溺水死亡。林濤安排方圓再檢查下有什麼線索，並且確定死者身份。陳詩羽提到以前這條河叫平安河，現在人們叫它黃泉河。屍體是從河裡找到的，秦明分析是從上游流下來的。現場有一些村民圍觀，他們確定死者是大唐化工廠的老闆王德仁。王德仁的秘書小陳正好也在現場，他也確認死者就是王德仁，並且交代老闆的家人都在市裡。
秦明解剖屍體，可見死者的肺部和氣道有少量汙水，說明是死了之後被人扔下河。枕骨右側有嚴重的鈍器損傷痕跡，傷口可見組織腱鞘。秦明唯一覺得奇怪的是死者是死後被扔下河，那腳上為何會有這麼多的傷，尤其是腳踝上的刺傷，到底是怎麼形成的。
林濤一行已經在化工廠找值班門衛老李打聽情況，老李交代那天晚上朋友俞傑帶著酒菜來找他喝酒，他喝得不省人事，迷糊中記得俞傑是騎三輪車來的。門衛室的監控視頻只能保存三天的時間，林濤要來了電腦盤帶走。
一行人去了王德仁的辦公室，地毯上有血跡，由此判定這裡是第一案發現場。王伶俐仔細看了辦公室，她肯定這是仇殺，根據兇手在殺人後並沒有掩蓋案發現場，選擇拋屍在最近的河邊，推斷出兇手對王德仁的恨意非常深，恨不得殺了人後馬上丟到河裡。秦明採集了幾處血樣，現場有兩隻拖鞋應該是死者與兇手搏鬥時留下，角落還有一雙皮鞋，也應該是死者的。
林濤對俞傑進行調查，卻發現他家的院門和房門都開著，人不見了，手機也關機。鄰居說俞傑的老婆和老媽都是死於癌症，誘因是化工廠汙染。俞傑對王德仁恨之入骨，完全具備作案動機，他還有一個兒子，在上海讀書。
監控錄像的調查，王德仁秘書小陳的車子在當晚21點56分的時候在濱海路出現過，被警察攔下查酒精，還有現場的照片，證明他那天確實不在王德仁身邊。門衛老李也沒撒謊，有員工證實那天晚上還打電話到門衛，是老李接的電話。
陳詩羽推測兇手就是俞傑，有作案動機，手機一直關機說明做賊心虛。秦明認為雖然死者死因明確，只是死者腳上還有三處傷痕，現場沒有找到死者腳上傷口的原因，驗屍報告表明死者身上的傷口和腳上的傷口卻又是同時形成的，他懷疑死者是有什麼重要的信息要告訴他們。
珂老恢復了門衛室的電腦磁盤，只是監控根本就沒有開。這也太巧了，監控關掉，老李和俞傑的嫌疑最大。珂老調查了，他們那天晚上喝得白酒沒有任何安眠藥的成分，俞傑家也被人收拾過，所以沒有找到有價值的線索，唯一知道的就是在案發第二天一直到現在，俞傑都沒有出現過。
秦明建議林濤應該跟小陳再好好聊聊，他跟王德仁是形影不離，只要王德仁在辦公室，他也在，那為何案發那天要離開辦公室。秦明現在有三個疑點，老李喝醉酒，視頻資料被刪除還有小陳的離開。
林濤很快找到小陳瞭解情況，小陳交代那天晚上他接到一個匿名電話，說他老婆出軌在賓館開房。小陳打不通老婆的電話，就去了電話裡說的賓館，結果老婆根本就不在。他回到家發現老婆在家，說是接到一個陌生電話，接起來對方一直不說話，不想被騷擾便把電話關機了，而他發現這個陌生電話就是打給他的那個匿名電話。
王伶俐來提供線索，瞭解到王德仁的化工廠一直往河裡排汙，村民們抗議過很多次都沒有什麼效果，所以這個村子的致癌率非常高，王伶俐懷疑王德仁的死跟這個有關。
蔣勇在一個池塘裡找到一個秤砣，上面還帶著血跡，很快蔣勇在村口的一座廟找到俞傑的三輪車。鎖定嫌疑人就是俞傑，很快發了通緝令。
一家賓館的前臺看見通緝令時，發現正是昨天來賓館入住的客人。只是當林濤一行趕到時，俞傑已經喝下敵敵畏自殺。王德仁案的案發現場的指紋是俞傑的，運屍工具上也有俞傑的指紋跟王德仁的血跡，給小陳打匿名電話的號碼也是俞傑的，他老婆死於癌症，癌症跟化工廠有關係，俞傑具備殺王德仁的作案動機，林濤認為這個案子可以結案了。
秦明明確還不能結案，他在解剖屍體時發現俞傑是一個胃癌晚期患者，就算他不自殺，一個月後也會死亡，所以沒必要自殺，除非王德仁不是他一個人殺的。
秦明推斷俞傑是夥同另外一名同夥共同殺人，然後一起拋屍。俞傑知道命不久矣，故意留下錯誤的線索來誤導他們，讓警方認為只有一個兇手，然後再來一個畏罪自殺，死無對證。俞傑留下的一封信，承認那天灌醉老李，支開小陳，潛進王德仁辦公室用秤砣殺了他，之後再用三輪車拋屍，但他這麼做是想保護另一名兇手。
俞傑也因此成了村子裡的英雄，村民們都說王德仁該死的，所以林濤無法再打聽到更多的線索。王伶俐找村支書瞭解到俞傑有個小學同學叫馮志強，兩人關係一直很好，卻在一週前，俞傑因馮志強欠他的一千塊沒還，二人公然在村口吵架。林濤覺得是故意的，很快突審馮志強，與此同時，還獲悉馮志強在今天上午給俞傑在上海上大學的兒子偷偷匯了兩千塊錢，馮志強交代是覺得俞傑是英雄，所以才匯錢的。
秦明分析死者王德仁和兇手之間搏鬥過，只是不明白王德仁腳上的三處傷到底是什麼形成的，懷疑還存在第二現場。
眾人分析案情，秦明從死者身上的傷可以斷定是同一天造成的，腳底的傷口是被硬物劃傷，具體是什麼還不清楚。珂老重新檢查了王德仁的手機，發現了一些線索，他打開王德仁手機上的陌陌，發現案發當日他正和一個人在聊天，兩人的最後聊天時間是晚上10點48分，對方發的內容是：你離我只有200米，難道你這麼快就來看我了？林濤聽了要珂老趕緊查一下與王德仁聊天的人，看她當時在什麼地方。
秦明從王德仁腳上的傷和現場的血跡，懷疑有第二案發現場。秦明假設王德仁在辦公室被襲擊，但沒有致死只是昏厥，兇手在搬運屍體過程中，出現了新情況，王德仁在逃跑過程中劃傷了腳，兇手又給了致命一擊，這樣跟屍表特徵完全吻合，屍體不會說謊的。
經調查和王德仁聊天的是一個髮廊洗頭妹，秦明聽完洗頭妹的描述後，又得知化工廠離這的直線距離約700米。秦明推測王德仁在被拋屍過程中，醒了過來要逃跑，在離髮廊200米左右地方被追上，下令以髮廊為中心搜索半徑200米以內的區域，林濤稱可以縮小搜索範圍，眾人便開始搜尋。
在搜尋過程中，果然發現了噴濺的血跡和一染血的樹葉，立即帶回警局化驗。果然，血跡都指明是王德仁的，在樹葉的背後有一枚清晰的指紋，是馮志強的。
眾人要去逮捕馮志強，他不在家，王伶俐表示根據犯罪心理自己大概知道馮志強現在在哪。馮志強正在俞傑家，他告訴俞傑已經安頓好了他兒子可以安心了。如釋重負的馮志強離開俞傑家，向警方伸出雙手。
眾人到案發現場，秦明描述案發當時的情況，馮志強承認是自己和俞傑一起幹的，之所以要把王德仁丟進河裡，是因為他汙染了那片河水，害了許多人，要他也嚐嚐那河水的味道。
馮志強疑惑秦明是個好人為什麼要幫王德仁這樣的人呢，秦明告訴他除了法律，沒有任何人有權利剝奪他人生命。作為一名法醫，自己唯一尊重的就是死者和真相。
王德仁曾為這個村做出過很多巨大的貢獻，但是環境汙染影響了村民的生活，環境汙染造成的惡果都呈現出來了。
有時候人性就是這樣，不記千般好但記一朝惡。人性往往存在善惡兩面，而人性在利益面前，也往往會暴露出最自私無情的一面。
此案結！！
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