《素問·骨空論篇》記載了督脈的循行路線——“督脈者，起於少腹以下骨中央，女子入系廷孔，其孔，溺孔之端也，其絡循陰器合篡間，繞篡後，別繞臀，至少陰與巨陽中絡者合，少陰上股內後廉，貫脊屬腎，與太陽起於目內眥，上額交顛，上入絡腦，還出別下項，循肩髆，內夾脊抵腰中，入循膂絡腎，其男子循莖下至篡，與女子等，其少腹直上者，貫臍中央，上貫心入喉，上頤環唇，上系兩目之下中央”。
督脈起於小腹部橫骨的中央（女子為胞宮，男子為精室），與衝、任脈同源，之後出於會陰部（在女子則繫於尿道外口，在男子則循陰莖），再繞行於肛門的後面，然後繞到臀部，從尾骶骨沿著脊內上行，至項後風府穴進入顱腔中，絡腦，再沿著正中線上行至頭頂，循前額正中線到鼻柱下方，至齦交穴而止。分支一：從會陰分出後，到足少陰腎經與足太陽膀胱經的絡脈相合，從腎經經脈經過大腿內側後緣上行，貫穿脊柱而連於腎臟。分支二：從少腹直上，貫穿於肚臍中央，再上貫心直到咽喉，然後上行到面頰並環繞口唇，再上行進入瞳孔。分支三：在眼部，與足少陽膽經起於目內眥，上行於額，交於顛頂，內入絡於腦，然後再出來分別下行至脖子，沿著肩膀，夾著脊柱向下，直到腰部，內入循脊樑骨連絡於腎，在男子則循著陰莖至會陰部。分支四：從脊內分出，歸屬於腎。
《素問·骨空論篇》記載了督脈經脈的病變主要是：“督脈為病，脊強反折。此生病，從少腹上衝心而痛，不得前後，為衝疝。其女子不孕，癃痔遺溺嗌幹。”大意是：脊背僵痛像折斷了一般。少腹有氣上衝而心痛，女子不孕，小便不通或淋瀝點滴，痔瘡，遺尿，咽喉乾燥等。具體來說，邪犯督脈可出現牙關緊閉，頭痛，四肢抽搐，甚則神志昏迷、發熱等表現； 督脈虛衰可出現頭昏頭重，眩暈，健忘，耳鳴耳聾，腰脊痠軟，佝樓形俯等表現。督脈陽虛可出現背脊畏寒，陽事不舉，精冷薄清，遺精，女子少腹墜脹冷痛，宮寒不孕，腰膝痠軟等症狀。這條經絡可以預防和治療腰肌勞損、腰椎間盤突出、僵直性脊柱炎、頸椎病；小兒消化不良、頭痛、發燒、中風、脫肛、失眠、多夢、記憶力減退、退行性關節炎、膽囊炎等表現。
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