根據事業單位分類改革方案規定，各地縣級以上公立醫院只保留事業單位屬性，取消編制，實行編制備案制管理，各中醫院、婦幼醫院參照改革；鄉鎮衛生院由於承擔新農合醫療保障服務，會加大保障力度，維持現狀。

1、縣級以上公立醫院改革：事業單位分類改革中，縣級以上公立醫院、中醫院、婦幼保健醫院等統一被定性為公益二類事業單位。根據2017年《事業單位改革方案》，縣級以上公立醫院只保留事業單位屬性，國家和當地財政根據實際需要，繼續加大醫院基礎建設、設備更新、經費保障等工作，也納入《事業單位管理條例》規範的範圍之內。公立醫院的使用的差額事業編制將被取消，由醫院按照實際需要，設崗設編，自行確定崗位和編制，自行管理、使用人員，只是將編制核定情況，報當地機構編制部門進行備案。原公立醫院的正式職工、人事代理、合同制管理人員等，平等對待，按能力和崗位需要公平合理分配，並按崗位和績效享受應有的工資待遇、福利等，不再受編制限制，不再分正式職工、臨時人員，更沒有編內編外的區別。真正實現《勞動合同法》規定的“按勞分配，同工同酬”，加強專業技術人員的交流與自由流動，體現專業技術職稱、個人能力等因素對個人收入的影響。人事、編制、衛生主管部門加強監督管理，對醫院人員使用和管理、工資福利制度制訂、績效考核、工資福利發放等進行全程參與、監督、指導，以確保公開、公平、公正。

公立醫院改革試點工作2018年3月份從陝西省開始試點，繼而在全國範圍內推廣，年底以前3萬多所公立醫院改革大幕揭開，要求在短時期內見到成效。在2020年底之前，全面脫離“公”字範疇，自主經營。其承擔的公益服務職能，同樣做為績效考核的重要內容，融入醫院工作和個人工資之中，影響考核及實績。縣級以上中醫院、婦幼醫院等參照改革，改革內容和時間節點相同。

2、鄉鎮衛生院改革：事業單位分類改革中，鄉鎮衛生院由於承擔新農合等重要的公益保障服務職能，被定性為公益一類事業單位，是差額事業單位中唯一定性為公益一類的群體。事業單位改革的目的，剝離行政和經營職能之後，以公益服務為主，加大財政供給力度。因此，鄉鎮衛生院也會逐漸改革財政差額供給的現狀，對經營情況良好的繼續實行差額供給，並按實際情況確定差額比例，定期不定期進行調整；對經營情況差的鄉鎮衛生院，以保障公益職能發揮為重點，必要時可以採取財政全額供給的方式，避免基層衛生院的人才流失現象，使基層“大病不出縣，小病不出鄉”，確保基礎醫療保障。