1969年的越南，戰爭還沒有結束。特種兵威爾德上尉已經回到了美國，然而因為職業病，對日復一日的平民生活感到很不適應，妻子也和她離了婚。他再次來到了雲南西貢，每天借酒消愁。將軍交給他一項絕密任務，要秘密潛入柬埔寨殺死那個叛逃的美國軍官庫爾茲上校。庫爾茲原本是一名很出色的美國軍官，為國家打下了很多江山，結果在要當上將軍的時候逃向柬埔寨，在那裡建立了一支部隊。美國軍方覺得他不再配做軍人，決定剷除這個“禍害”。
接下了任務的威爾德選了幾個人，計劃坐一艘巡邏艇沿湄公河逆流而上，在船上除了威爾德以及他帶的那四個人，有外號叫酋長的飛利浦船長，對開船很是在行。而剩下的三個人都是新兵，17歲的黑人少年克林、來自新奧爾良的膽小廚子和著名的衝浪高手蘭斯。
很快他們四人和空中騎兵匯合，然而指揮官基爾戈並不關心他們的任務進展，只管指揮隊伍進行掃蕩漁村的活動，殺人又救人，還拍起宣傳片自娛自樂。威爾德有些耐不住性子，再次向基爾戈請求將他們送到湄公河入口。基爾戈本來正要推辭，卻聽說入河口很合適衝浪，對他來說除了戰爭剩下的愛好就是衝浪，沒多久就指揮直升機編隊進攻河口據點。讓基爾戈沒想到的是風浪太小不能衝浪，威爾德帶上他的一夥人偷偷離開，躲到叢林裡。
他們離柬埔寨的距離越來越近了，開著小艇在河道上偶然發現了一艘越南漁船，酋長要例行盤查，廚子一上漁船就開始摔東西，忽然一個越南女人撲上去搶什麼，嚇得克林一頓機關槍狂掃，差點也把大廚一起打死。冷靜下來後的他們才發現女人原來是在保護一條小狗。酋長髮現受傷的女人還有一口氣，很內疚，想要把她送回越南友軍基地，在一旁的威爾德卻殘忍地補了她一槍。
隨後他們開小艇來到了湄公河最後的據點都朗橋，這時威爾德收到了新情報，原來在他之前派去執行同樣任務的特種兵，已投靠庫爾茲。威爾德一行人在戰壕中摸爬滾打，這裡的很多士兵互相打來打去，炮彈就像煙花一樣在空中亂飛，泥濘裡有很多人，不知是死是活，殘忍的畫面和人間地獄根本沒什麼分別。第二天，他們離柬埔寨的距離就差開船往上游了，結果毫無徵兆的岸邊發生襲擊，他們急忙逃脫，但克林還是中槍身亡。
他們的小艇來到了一個迷霧裡，完全找不到方向。好在遇到了友軍，休息整頓一夜後的威爾德一行人再次上路，他們看見岸邊插滿了奇怪圖騰，堆著很多死人。忽然下了一場箭雨，酋長顧不上船舵拿槍掃射了起來，失去控制的小艇靠近河岸，土著人的標槍把酋長射得奄奄一息，臨時的酋長心有不甘，想要拉著威爾德一起同歸於盡。
威爾德隱約知道了不遠處的地方就是庫爾茲的領地，感到莫名恐懼的他把所有資料銷燬。他遇見了一個神經兮兮的美國戰地記者，告訴他關於庫爾茲的事情，原來這裡的所有人都把庫爾茲視為神明，而仰慕庫爾茲的信徒裡頭就有他的前特種兵。他環視這個神奇又恐怖的地方，身上流了一陣冷汗。廚子被安排留在穿上守著無線電，威爾德告訴他如果超過22小時沒有回來，立刻發出空襲的請求把這個地方炸燬，隨後就帶上了蘭斯去找庫爾茲的下落。
庫爾茲像是知道早晚有一天自己會死在美國軍方派來的特種兵手下，面對來殺自己的威爾德沒有痛下殺手，而是將他關進牢籠裡面。留在船上的廚子已經按捺不住就呼叫了空軍基地，誰知庫爾茲親自動手砍下廚子的頭，丟進威爾德懷裡。第二天他把威爾德從籠里拉了出來，還念《時代週刊》給威爾德聽。原本勇猛的威爾德此刻精神奔潰，虛弱又恍惚。庫爾茲一直唸叨著“恐懼啊，恐懼”像是在暗示威爾德殺他好完成任務，並要求威爾德將看到的一切都傳播出去。
影片的最後，信徒們在廣場上舉辦一場異常瘋狂的宗教儀式，正在砍殺火牛。同時威爾德偷偷潛入庫爾茲身邊，也是以砍牛的方式殺死了並沒有反抗的庫爾茲。信徒們看見了走出神廟的威爾德，全都跪拜在地上準備接受新神的統治。威爾德對這個野蠻文明的地方只感到厭惡，扔掉手中的刀，信徒們也隨之丟掉自己的武器。然後威爾德拉著已經快瘋了的蘭斯登上小艇離開了柬埔寨。
可以說，現代啟示錄這部和其他傳統戰爭主題完全不一樣，在影片裡展現的這個戰爭中也許並不存在什麼大義的。陷入無休止的戰爭中他們似乎看不到未來，正常的判斷也隨著戰爭的狀態進入了混亂，他們是絕望無助的一體，在戰爭帶來鮮血和死亡的刺激下，理性將會不存在，而剩下的就只有單純而簡單的本能——求生欲，以及獵食的慾望，進而一步就是嗜殺的本能，好好的一個人就是這樣一步步地陷入瘋狂中。
整個影片從頭到尾幾乎都在不斷展現出那種瘋狂混亂的狀態。人性永遠是複雜的，平常大多數人根本就不瞭解自己，而戰爭恰恰就是將人性的複雜發揮到了極端化。記得影片中有句話是這樣的：“恐懼，如果你不與它為友，你就只能與它為敵。是的，與它為友，你將瘋狂;與它為敵，你將死亡。”看到這裡不禁思考，到底是人性的複雜導致了戰爭，還是戰爭激發了人性的複雜
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