企業在簽訂合同時會較多關注業務約定和款項結算約定，很多企業會忽略與稅務有關的問題。一旦出現與交易對手稅務方面的糾紛或者與稅務機關發生稅收爭議，合同中的涉稅條款就顯得尤為重要。本文將企業在簽訂合同中可能遇到的涉稅問題進行總結，供參考。
一、發票與稅率的約定
首先，企業在簽訂合同時，一定要約定開具什麼發票，稅率是多少。企業要根據業務性質在合同中寫明開具什麼業務類型的發票，約定要求對方開具增值稅專用發票還是增值稅普通發票，約定開具的發票稅率或徵收率是多少。如果企業是一般納稅人，這樣的約定會保障收到發票後進項稅額的抵扣；如果是小規模納稅人由於收到專票不可以抵扣進項稅額，最好約定要求對方開具普通發票。
其次，企業在簽訂合同時要明確約定開具發票的時間。比較常見的約定是先收款後開票或是先開票後付款。這是一個嚴肅且重要的問題。
二、發票與收付款的約定
根據2010年修訂的《中華人民共和國發票管理辦法(2010修訂)》第三條規定：本辦法所稱發票，是指在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。什麼是收付款憑證？收據就是一種收付款憑證。發票管理辦法規定發票是一種收付款憑證就是說如果企業給對方開具了發票就相當於給對方開具了收據，說明對方企業已經付了款。
實務中，很多企業要求對方企業付款時，對方企業要求先開具發票再付款。如果企業給對方企業開具了發票而對方企業並未按照約定付款時，這張發票很可能會成為對方企業付款的證據。在實際已發生的案例中就有以收到的發票作為已付款證據而且勝訴的案例。
因此建議，企業在簽訂合同時要明確約定本企業開具發票後對方企業再付款或者對方企業付款後本企業開具發票。因為，發票可以作為收款的證據，除非有其他證據表明企業未收款。只要有上面關於開具發票與收款的約定，雖然發票已經開具並不能證明企業已經收到款。當然，如果企業與企業之間是按銀行轉賬的方式結算，發票不能必然成為收付款的證據。
發票管理辦法規定的發票不包含增值稅專用發票，根據《最高人民法院關於審理買賣合同糾紛案件適用法律問題的解釋》（法釋[2012]8號）第八條的規定：出賣人僅以增值稅專用發票及稅款抵扣資料證明其已履行交付標的物義務，買受人不認可的，出賣人應當提供其他證據證明交付標的物的事實；合同約定或者當事人之間習慣以普通發票作為付款憑證，買受人以普通發票證明已經履行付款義務的，人民法院應予支持，但有相反證據足以推翻的除外。
這就是說，增值稅專用發票並不是單純的結算憑證，必須有其他證據的支持才能說明結算完成，而增值稅普通發票首先會被認可為結算憑證，除非有其他證據予以推翻。事實上，根據《增值稅專用發票使用規定》第二條：專用發票，是增值稅一般納稅人（以下簡稱一般納稅人）銷售貨物或者提供應稅勞務開具的發票，是購買方支付增值稅額並可按照增值稅有關規定據以抵扣增值稅進項稅額的憑證。因此，增值稅專用發票更多的功能是收票方抵扣進項稅額的憑據，而增值稅普通發票的功能更多的是一種結算憑證。
三、涉及不同種類業務的約定
一份合同如果涉及不止一項業務就可能涉及增值稅多種稅率的問題。比如銷售電梯同時負責安裝，一項業務是電梯銷售，一項業務是電梯的安裝。企業在簽訂此類合同時，要把電梯銷售業務的金額與發票和電梯安裝的金額與發票分開約定。不同的業務適用不同的增值稅稅率，電梯銷售業務的稅率是16%，電梯安裝業務的稅率是10%。如果企業是從事貨物的生產、批發或者零售的單位和個體工商戶的一般納稅人，則要從高適用16%的稅率。
根據《財政部、國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）第四十條規定：一項銷售行為如果既涉及服務又涉及貨物，為混合銷售。從事貨物的生產、批發或者零售的單位和個體工商戶的混合銷售行為，按照銷售貨物繳納增值稅；其他單位和個體工商戶的混合銷售行為，按照銷售服務繳納增值稅。
企業涉及到混合銷售，不但合同要分別約定金額與發票，在會計上也要分開核算，否則一律按高稅率計稅。
當然，很多企業在簽訂合同時，由於對方企業是大企業有自己的格式合同，本企業很少能改變合同的條款，但是也要從本企業實際負擔能力出發，做到心中有數。
四、開票與結算主體的約定
在實務中，企業可能會與另一個企業簽訂合同，實際執行業務卻是這個企業的子公司。這種情況下，要在合同中明確約定，具體執行業務及開票和結算的哪個公司。否則可能會被稅務機關認定為虛開增值稅專用發票。
五、印花稅的小提示
企業在合同中將金額與增值稅分別約定的，印花稅按不含稅金額計稅；未分開約定的按合計金額計稅。因此建議，企業在簽訂合同時最好將金額與增值稅稅額分開約定，可以少繳印花稅。
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