企业在签订合同时会较多关注业务约定和款项结算约定，很多企业会忽略与税务有关的问题。一旦出现与交易对手税务方面的纠纷或者与税务机关发生税收争议，合同中的涉税条款就显得尤为重要。本文将企业在签订合同中可能遇到的涉税问题进行总结，供参考。
一、发票与税率的约定
首先，企业在签订合同时，一定要约定开具什么发票，税率是多少。企业要根据业务性质在合同中写明开具什么业务类型的发票，约定要求对方开具增值税专用发票还是增值税普通发票，约定开具的发票税率或征收率是多少。如果企业是一般纳税人，这样的约定会保障收到发票后进项税额的抵扣；如果是小规模纳税人由于收到专票不可以抵扣进项税额，最好约定要求对方开具普通发票。
其次，企业在签订合同时要明确约定开具发票的时间。比较常见的约定是先收款后开票或是先开票后付款。这是一个严肃且重要的问题。
二、发票与收付款的约定
根据2010年修订的《中华人民共和国发票管理办法(2010修订)》第三条规定：本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。什么是收付款凭证？收据就是一种收付款凭证。发票管理办法规定发票是一种收付款凭证就是说如果企业给对方开具了发票就相当于给对方开具了收据，说明对方企业已经付了款。
实务中，很多企业要求对方企业付款时，对方企业要求先开具发票再付款。如果企业给对方企业开具了发票而对方企业并未按照约定付款时，这张发票很可能会成为对方企业付款的证据。在实际已发生的案例中就有以收到的发票作为已付款证据而且胜诉的案例。
因此建议，企业在签订合同时要明确约定本企业开具发票后对方企业再付款或者对方企业付款后本企业开具发票。因为，发票可以作为收款的证据，除非有其他证据表明企业未收款。只要有上面关于开具发票与收款的约定，虽然发票已经开具并不能证明企业已经收到款。当然，如果企业与企业之间是按银行转账的方式结算，发票不能必然成为收付款的证据。
发票管理办法规定的发票不包含增值税专用发票，根据《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》（法释[2012]8号）第八条的规定：出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实；合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。
这就是说，增值税专用发票并不是单纯的结算凭证，必须有其他证据的支持才能说明结算完成，而增值税普通发票首先会被认可为结算凭证，除非有其他证据予以推翻。事实上，根据《增值税专用发票使用规定》第二条：专用发票，是增值税一般纳税人（以下简称一般纳税人）销售货物或者提供应税劳务开具的发票，是购买方支付增值税额并可按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额的凭证。因此，增值税专用发票更多的功能是收票方抵扣进项税额的凭据，而增值税普通发票的功能更多的是一种结算凭证。
三、涉及不同种类业务的约定
一份合同如果涉及不止一项业务就可能涉及增值税多种税率的问题。比如销售电梯同时负责安装，一项业务是电梯销售，一项业务是电梯的安装。企业在签订此类合同时，要把电梯销售业务的金额与发票和电梯安装的金额与发票分开约定。不同的业务适用不同的增值税税率，电梯销售业务的税率是16%，电梯安装业务的税率是10%。如果企业是从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的一般纳税人，则要从高适用16%的税率。
根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）第四十条规定：一项销售行为如果既涉及服务又涉及货物，为混合销售。从事货物的生产、批发或者零售的单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售货物缴纳增值税；其他单位和个体工商户的混合销售行为，按照销售服务缴纳增值税。
企业涉及到混合销售，不但合同要分别约定金额与发票，在会计上也要分开核算，否则一律按高税率计税。
当然，很多企业在签订合同时，由于对方企业是大企业有自己的格式合同，本企业很少能改变合同的条款，但是也要从本企业实际负担能力出发，做到心中有数。
四、开票与结算主体的约定
在实务中，企业可能会与另一个企业签订合同，实际执行业务却是这个企业的子公司。这种情况下，要在合同中明确约定，具体执行业务及开票和结算的哪个公司。否则可能会被税务机关认定为虚开增值税专用发票。
五、印花税的小提示
企业在合同中将金额与增值税分别约定的，印花税按不含税金额计税；未分开约定的按合计金额计税。因此建议，企业在签订合同时最好将金额与增值税税额分开约定，可以少缴印花税。
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