公元1259年，蒙哥汗暴斃於釣魚城下，有人說他是被宋軍重傷而死；也有人說他是暴病而亡，但不管怎樣，蒙哥的突然去世讓蒙哥帝國立刻陷入了混亂之中。
託雷與正妻唆魯禾帖尼一生共孕育了四子，分別為蒙哥、忽必烈、旭烈兀和阿里不哥。蒙哥在母親的幫助下從窩闊臺家奪回汗位後，立刻為蒙古帝國制定了進一步的擴張計劃，忽必烈和旭烈兀因此得到重點培養。
旭烈兀一直打到波斯，從此遠離了黃金家族內部的勾心鬥角，並創建了“伊爾汗國”。忽必烈“最長且賢”，被派去治理漠南漢地。可是忽必烈卻以此為契機，大量招募漢人知識分子和軍隊，尤其是征服大理後，已經引起了蒙哥的猜忌與不滿。
阿里不哥一直被兄長留在和林，當蒙哥的死訊傳回時，他理所應當地認為：大汗安排兩位兄長長期在外帶兵，讓他“統領留下的蒙古軍隊和斡爾朵”，就是為了培養他為繼承人。
阿里不哥此時不光擁有留守的軍隊，蒙哥帶往四川的將領也都支持他。遺憾地是，阿里不哥並沒有讓他們從川蜀出兵關中，而是迅速北歸。失去財貨富裕的川蜀甘隴之地無疑為他最後的失敗埋下了一顆重磅炸彈。
蒙哥去世時，忽必烈正在鄂州前線，他沒有著急撤退，反而是加緊進攻迫使南宋求和，鄂州之戰的勝利也成為他爭奪汗位最大的政治資本之一。勝利後，忽必烈迅速率大軍北歸燕京，並搶在阿里不哥之前宣佈稱汗。
這樣一場長達四年的汗位之戰就此拉開了序幕。阿里不哥雖然聲勢浩大，支持者眾多，但政治經驗比起忽必烈來顯然稚嫩太多，根本無法調節漠北和中亞諸王之間的派系山頭。
漠南蒙古長期受漢文化影響，不僅接受了“馬上得天下，馬下治天下”的道理，在生活上也逐漸向漢人看齊。所以忽必烈在登基詔書中明確提出：“朕惟祖宗肇造區宇，奄有四方，武功迭興，文治多缺”。
忽必烈穩定中原後，委派的全部是為官清廉、政績卓著的色目人和漢人官員，並將解決溫飽列為第一要務，即“飢渴所當先務”，因而吸引了大量漢人官員、知識分子和百姓的支持。搞文治勢必會影響蒙古諸王的利益，忽必烈的辦法是擴大他們的封邑，增加他們的賞賜，所以又團結了一大批蒙古貴族。
蒙古長期對外發動戰爭，精銳部隊主要掌握在忽必烈手中，留在大本營的並不多。所以阿里不哥派兩路大軍討伐忽必烈時，反而被趕出了和林老巢。
值得一提的是，阿里不哥兵敗逃跑時，忽必烈並沒有派兵追擊，而是告誡部下：“他們都是些不懂事的孩子，應當使他們明白、後悔自己的行為”。眾將都不解為何要放虎歸山，但很快就意識到忽必烈的厲害之處。
漠北的物資全部來自漠南，阿里不哥的軍需後勤全部仰仗蒙哥汗時的積累，只要忽必烈切斷了中原通往漠北的通道，飢餓和貧窮會讓蒙古百姓用腳選擇。果然漠北很快發生大面積饑荒，阿里不哥為擺脫困境竟派兵攻打察哈臺汗國，企圖從那裡獲取物資，結果是蒙古王公紛紛離他而去。
蒙哥之子玉龍答失的離開對阿里不哥的打擊最大，他不僅帶走了大量人馬，還將蒙哥汗的大玉璽獻給了忽必烈。公元1264年，眾叛親離的阿里不哥不得不向忽必烈投降，忽必烈也念他還是“不懂事的孩子”，賜他活命，給他自由。
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