中二高中生
1、在柯南劇場版第3部——《世紀末的魔術師》中發現的。
當時，怪盜基德假扮的白鳥一直在跟蹤柯南，並觀察柯南的行動，於是，柯南在廁所裡和博士聯繫都被他看到了。
劇情的最後，怪盜基德為了還“柯南救他的鴿子”這個人情，變裝成“工藤新一”的樣子替他解圍，柯南也因此逃過了小蘭的懷疑。
說明這時候怪盜基德已經明確知道柯南的身份了。
2、後來，在柯南劇場版第8部——《銀翼的魔術師》的開場白裡：
柯南說知道他真實身份的人除了博士，還有爸媽，平次，小哀，最後他還提到了基德。
再次確認了這一點。
3、至於怪盜基德是什麼時候知道的。
在TV版第76集《柯南vs基德》中，基德第一次見到柯南（其實這不是第一次見面的~）就覺得柯南這個孩子不簡單，基德只要調查就能知道新一失蹤和柯南出現是同一天，再加上小五郎突然變成了名偵探，以基德的智商自然就會明白了。這也是青山所說的基德知道的原因。
4、配圖是TV版900多集的劇情，這時候基德和柯南對“新一“這個身份的討論已經毫不遮掩啦。
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幹物妹小菜
官宣：網上查加個人推理，真實度可能有待大神們進一步考察。
怪盜基德原名黑羽快鬥，感興趣的可以看看由他衍生出來的動畫《魔術快鬥》。
在名偵探柯南第219集，介紹過一次基德與成年新一的一次較量（回憶），不過那次雙方並沒有真正交手，但彼此印象深刻。而動畫版第76集是兩人的第一次交手，正所謂英雄惜英雄，個人感覺憑藉第六感基德應該就察覺到了柯南身份的不同（純屬個人瞎懵）
而真正表露基德發現柯南是新一的應該是在劇場版3《世紀末的魔術師》，基德偽裝成白鳥警官，發現柯南給阿笠博士打電話，之後就藉機自己打扮成新一幫助柯南，由此可見基德當時要麼是已經知道了柯南的身份，要麼就是在利用小蘭測試柯南的身份，無論哪種，他都得到了想要的答案。
個人猜測，在柯南的衍生劇《黑羽快鬥》中，有柯南的客串，忘記是哪一集了，快鬥查看錄像，發現錄像中柯南的出現，就有了新的對策，可見基德對於柯南是十分了解的。
至於基德具體從什麼時候開始發現柯南就是新一的，目前還沒有官方答案。
一句話：柯南這麼多年了還沒長大，大家也不用著急，等我們老了估計他還是現在的模樣！
電影動漫專區
真人電影怪鳥傳說故事的100天之前新一挑戰結束後去多羅碧加樂園遊玩的時候發現。
少年錦時153
在劇場版第3部《世紀末的魔術師》裡他第一次表明他知道新一的身份，因為他扮成新一出現在蘭面前，讓本來懷疑柯南是新一的蘭解除了疑惑。
不過他是什麼時候知道的，有兩種說法，一是TV版第76集《柯南vs基德》，二就是劇場版的M3。
73是說在他們第一次見面（TV版76集）裡當時基德發現柯南不簡單，所以就調查了一下，發現新一消失的同一天柯南出現了，所以知道的。（其實他們第一次見面是TV版的219集，當時新一還不是柯南，不過他們沒正式碰頭）
伊森藤堂
《世紀末的魔術師》劇場版，飛行船上
Coconutzero
99年劇場版《世紀末的魔術師》
小蔡890
X平凡之路
世紀末的魔術師
