2016年6月24日，周琦在第二輪43順位被火箭選中，成為繼2007年的易建聯和孫悅之後，近10年來首位參加NBA選秀的中國球員。
被火箭選中之後，周琦留在CBA的新疆隊幫助球隊獲得隊史首個CBA總冠軍。
2017年7月8日，周琦正式簽約火箭。宣佈正式登陸NBA，根據報道，周琦與火箭簽署的是4年總價值557萬美元的底薪合同，其中僅首年81.6萬美元是受保障的，後三年都是非保障的。
2017年10月22日，在火箭對獨行俠的比賽中，周琦迎來首秀，上場7分鐘，沒得分，搶到3個籃板，1次蓋帽。
2017年11月2日，火箭對陣尼克斯，周琦打了4分31秒，3投1中，罰球2中1，得到3分，這是他在NBA的第一次得分。
本賽季周琦僅為火箭打了1場比賽（10月31日主場對陣開拓者），那場比賽他打了最後57.3秒，1投1中得到2分。誰能想到，那場比賽竟然成為周琦在本賽季目前的唯一比賽，也成為他火箭生涯的謝幕戰。
加盟火箭的這兩個賽季裡，周琦總共打了19場比賽，期間場均出場6.6分鐘，得到1.3分、1.2個籃板、0.7個蓋帽、0.1次助攻和0.1次搶斷，投籃命中率為21.2%、三分球命中率為10.5%、罰球命中率為66.7%。
這兩個賽季裡，周琦還為火箭發展聯盟下屬球隊里奧格蘭德山谷毒蛇隊打了31場比賽，期間他在場均26.3分鐘的出場時間裡，能得到11.2分、7個籃板、2.3個蓋帽、1.3次助攻和0.6次搶斷，投籃命中率為51.3%。
周琦本賽季在火箭的表現，大家對他在火箭隊的前景感到擔憂，可是當今日火箭宣佈裁他的時候，相信大家仍然會感到驚訝和失望。下一站是在何方？回CBA還是繼續在NBA等待機會為自己的努力而追逐夢想？無論最終結果如何？至少曾經給我們帶來期待。感謝有你，加油！隨著周琦的離開，會減少大家對火箭隊的關注嗎？
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