早年经历
佩贾·斯托贾科维奇出生于克罗地亚，父母是塞尔维亚国籍，南斯拉夫内战时他们一家人逃到了塞尔维亚首都贝尔格莱德。斯托贾科维奇，其实并不叫佩贾，而是叫普雷德拉格·斯托贾科维奇(Predrag Stojakovic)。
1989年到1992年，佩贾·斯托贾科维奇在原南斯拉夫Slavonska Pozega效力，1992年转到Crvena Zvezda Beograd俱乐部。
1993年，时年17岁的斯托贾科维奇取得希腊国籍(并保留了塞尔维亚国籍)，同时从贝尔格莱德红星转投PAOK Thessaloniki俱乐部。正是在PAOK俱乐部效力的这段时间，他得到了"佩贾"的绰号。在希腊联赛里声名鹊起后，佩贾决定挑战NBA。1996年被萨克拉门托国王队在首轮第14位选中，但因为跟PAOK的合同还没有履行完毕，1997年到1998年继续在PAOK效力，1998年拿下希腊联赛MVP，同年进入NBA。
佩贾·斯托贾科维奇参加71场希腊联赛，平均得分20.0、篮板4.9、助攻1.7。
运动生涯
1998-99赛季，佩贾出战48场，场均得到8.4分、3个篮板和1.5次助攻。他既可以作为控卫和得分后卫的轮转又能顶上小前锋的位置。
1999-00赛季，又磨合了一个赛季后，佩贾进入了国王的首发阵容，主打小前锋。在阿德尔曼的普林斯顿体系下，佩贾和韦伯、迪瓦茨等队友配合默契，逐渐成为联盟的一名优质得分手。2000年1月20日，对奥兰多魔术队，得到10个篮板，创职业生涯最高记录。
2000-01赛季，国王送走贾森·威廉姆斯，佩贾升为主力。首发出场75次，平均得分20.4分，职业生涯最好成绩。在本季进步最快球员评选中位居第二。2001年，佩贾被欧洲销量最大的体育类报刊《米兰体育报》评选为年度NBA最佳欧洲球员。
2001-02赛季，韦伯因伤赛季初未能上场，佩贾接过了领袖的重担，场均轰下近24分，率领国王取得15胜5负的战绩。全明星赛期间，荣膺三分大赛冠军。然而在2001-02赛季国王与湖人西部决赛的生死关头，佩贾投失了一个致命的底线三分，最后国王被淘汰出局。
2002-03赛季，佩贾饱受脚踝伤痛的困扰。不过佩贾卫冕了三分球大赛冠军。季后赛，韦伯受伤倒下后，佩贾带领国王与小牛抢七出局。
2003-04赛季，斯托贾科维奇入选了联盟最佳阵容第二阵容，这也是他职业生涯的最高个人荣誉。并在2004年MVP票选中获得第四名。
佩贾在萨克拉门托效力八个赛季，在此间出战的518场比赛中，场均可以为球队贡献18.3分5.0篮板2.0助攻，投篮命中率为46.1%。2002、2003、2004年，他连续三年入选全明星，并在2002和2003年两夺全明星三分大赛冠军。
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