2000年5月16日，著名足球教练徐根宝在崇明岛创办上海根宝足球基地，旨在为国家培养足球人才，并打造一支“中国的曼联”征战中国足球顶级联赛。
2005年12月16日，上海东亚有限公司和上海根宝足球基地有限公司共同出资，在上海市工商局注册成立了上海东亚足球俱乐部，徐根宝本人拥有俱乐部的绝对控股权。
2007年，徐根宝出任东亚队总教练。该年上海东亚被分到中乙联赛北区，以9胜3平2负的成绩取得北区冠军，并在决赛阶段先后战胜安徽九华山与四川队，最终夺得中乙联赛冠军，成功升入中甲联赛。
2011年12月31日，上海东亚以三年3000万元的价格将冠名权出售给中邦集团，球队以中邦集团旗下的特莱士红酒命名，队名更改为上海特莱士队，而“上海东亚”作为俱乐部名称仍然予以保留。2012年9月29日，上海东亚客场3-0战胜哈尔滨毅腾，提前三轮冲超成功，这时距离球队成立不到七年时间。
2012年12月27日，俱乐部收回上海全运队，与此同时，中邦集团决定无条件终止和东亚的三年合作协议。12月28日，在相关政府部门的“协调”下，上海东亚足球俱乐部得到了上港集团的冠名赞助。
2014年10月，上港集团以近2亿元全资收购上海东亚足球俱乐部，收购对象包括一线队、预备队和U17梯队。2014年11月18日，上海上港集团足球俱乐部成立仪式暨新闻发布会在上海港国际客运中心举行，正式宣告上港集团完成了对东亚足球俱乐部的整体收购。
2015年10月31日，上海上港在主场2-1战胜辽宁宏运，最终以30战积65分夺得中超联赛亚军，首获亚冠参赛资格，这是上港俱乐部建队十年以来取得的职业联赛最佳战绩。
2016年，上港俱乐部与上汽集团开展战略合作，获得赞助金额约1.5亿元。8月6日，上港俱乐部与德甲汉堡俱乐部在德签署合作协议，双方互相成为所在国的独家合作伙伴。赛季结束，上港预备队首夺中超预备队联赛冠军；上港一队以积52分获得中超季军，并获亚冠资格。
2018年11月7日，在中超联赛第29轮，上海上港队主场2-1战胜北京人和队，提前一轮夺得队史上和上海足球历史上第一个中超联赛冠军。
球队主场：上海八万人体育场
球队吉祥物：海鹰
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