一、如何界定善意取得虛開的增值稅專用發票
《國家稅務總局關於納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發〔2000〕187號）第一款規定：“購貨方與銷售方存在真實的交易，銷售方使用的是其所在省（自治區、直轄市和計劃單列市）的專用發票，專用發票註明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符，且沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的，對購貨方不以偷稅或者騙取出口退稅論處。但應按有關規定不予抵扣進項稅款或者不予出口退稅；購貨方已經抵扣的進項稅款或者取得的出口退稅，應依法追繳。”
企業善意取得增值稅專用發票，應符合四個要件：
一是購貨方與銷售方存在真實的交易，
二是銷售方使用的是其所在省的專用發票，
三是專用發票註明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符，
四是沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得。
二、善意取得虛開的增值稅專用發票的後果
《國家稅務總局關於納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款加收滯納金問題的批覆》國稅函〔2007〕1240號
納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票，如能重新取得合法、有效的專用發票，准許其抵扣進項稅款；如不能重新取得合法、有效的專用發票，不準其抵扣進項稅款或追繳其已抵扣的進項稅款。
納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票被依法追繳已抵扣稅款的，不屬於稅收徵收管理法第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款”的情形，不適用該條“稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”的規定。
是否可以企業所得稅稅前扣除？
一種意見認為不能扣除。
《國家稅務總局關於加強企業所得稅管理的意見》（國稅發〔2008〕88號）第2條第3款第3項規定：
不符合規定的發票不得作為稅前扣除憑據。
《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》國家稅務總局公告2018年第28號
第九條 企業在境內發生的支出項目屬於增值稅應稅項目（以下簡稱“應稅項目”）的，對方為已辦理稅務登記的增值稅納稅人，其支出以發票（包括按照規定由稅務機關代開的發票）作為稅前扣除憑證；對方為依法無需辦理稅務登記的單位或者從事小額零星經營業務的個人，其支出以稅務機關代開的發票或者收款憑證及內部憑證作為稅前扣除憑證，收款憑證應載明收款單位名稱、個人姓名及身份證號、支出項目、收款金額等相關信息。
稅務總局對應稅項目開具發票另有規定的，以規定的發票或者票據作為稅前扣除憑證。
既然是虛開的增值稅專用發票，自然不能稅前扣除。
另一種意見認為可以扣除。根據《企業所得稅法》及其實施條例規定：
企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。
只要是企業實際發生、與取得收入有關、真實合理的成本費用，即使是善意取得的虛開的增值稅專用發票也可稅前扣除。
從司法判例來看，目前有不少判例也是支持可以稅前扣除的。（當然，也有支持調增的判例）
三、大亞股份取得虛開增值稅發票案例
11月8日消息，大亞股份(832532)及其子公司收到已被證實虛開增值稅專用發票共168份，稅額合計1207.41萬元。淄博市稅務局做出對其追繳增值稅稅款的決定。
大亞股份全稱淄博大亞金屬科技股份有限公司，位於山東省淄博市萌水鎮中心大街288號，成立於1997年3月31日。
2017年10月10日，淄博市稅務局對大亞股份2015年1月1日至2017年9月30日的涉稅情況進行了檢查。發現大亞股份2017年收到已被證實虛開增值稅專用發票143份，稅額1165.67萬元。
公告顯示，經稅務部門核實，上述發票所設貨物款項大亞股份均通過銀行轉賬方式全部打款，未發現資金迴流情況，相關貨物過磅單、入庫單等均齊全無誤。檢查組對企業法人、採購業務員等人員進行詢問，證實大亞股份與銷售方存在真實交易，專用發票註明的銷售方名稱等全部內容與實際相符，表示大亞股份不知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的。
大亞股份子公司，經檢查發現子公司2017年2月收到已被證實虛開增值稅專用發票25份，稅額41.74萬元，也發生了上述相同的情況。
淄博市稅務局依據相關規定，決定向大亞股份及子公司追繳增值稅稅款合計1207.41萬元，不加收滯納金。
大亞股份表示，公司服從上述處理決定，計劃按照要求補繳上述稅費，補繳的稅款金額相對較大，會對現金流造成一定壓力，同時會對公司淨利潤產生較大影響。同時，對供應商進行評級認定，淘汰有稅收隱患或核算不健全的供應商，將以此為戒，杜絕此類行為的發生。
此案例中，此案例中，大亞股份因無法重新取得增值稅發票，補繳稅費，不加收滯納金，並未進行企業所得稅的納稅調增，也說明了淄博市稅務局並未將發票作為唯一的稅前扣除票據。
對於納稅人無法重新取得合法有效發票的，是否可以稅前扣除，實際上應該結合實際業務情況。
根據《企業所得稅法》第八條和《企業所得稅法實施條例》第二十七條的規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。有關的支出，是指與取得收入直接相關的支出。合理的支出，是指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。
這裡能否扣除，關鍵在於企業所得稅稅前扣除是否遵循了真實，相關，合理的原則。而不是發票作為稅前扣除唯一憑證。
這時，能否稅前扣除，關鍵取決於企業是否能提供充分的資料來證明交易的真實性。
如果企業能夠提供相關證明，如交易合同、銀行轉賬、對方收款證明、收發貨憑證、經辦人證言等相關證據，證明該項交易真實的，其相關支出允許在企業所得稅稅前扣除。但如果企業不能提供充分的證據來證明業務的真實性，很顯然就不能在所得稅稅前扣除。這也符合誰主張誰舉證的原則。同時，對於稅務機關來說，也要充分認識到相關證據的重要性，不能僅憑發票不合規這一點就一律不允許企業在所得稅稅前扣除，全國已經有若干起此類案件表明，法院是不支持稅務機關僅憑發票不合規就不允許在企業所得稅稅前扣除。
對於善意取得虛開的發票，如果能及時得到新的合法有效發票，並不影響稅前扣除；若是無法取得新的合法發票，提供足夠的證據證明業務的真實合法，也能夠在稅前扣除。
但不可否認在一些法院判例中亦存在支持納稅調增的情況，對於重大金額，做好與主管稅務機關的充分溝通，是解決稅企爭議的較好方式。
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