印度尼西亞在東南亞國家中，擁有很強大的影響力。這支軍隊在建立開始，是為了反抗荷蘭人的殖民的。隨著時間的流逝，這支軍隊越來越強大，在與荷蘭人的鬥爭中，漸漸掌握了主動。由於荷蘭經歷了二戰的洗禮，本身戰力已經大不如前，最終，被印尼打敗，主權交給了印尼的新生政府。這支印尼軍隊就是印度尼西亞國家軍。
這支軍隊在荷蘭人面前強大，並不代表其他地方承認。印尼在當時是荷蘭的殖民地，本身就是按照所劃分的區域與法國、葡萄牙等多家區別的。並沒有按照歷史上真正的民族活動區域劃分。這就導致印尼在剛獨立，就遭受了其他地方的叛亂。
於是，印尼國家軍開始派兵鎮壓。經過獨立戰爭洗禮國的印尼國家軍，對發生叛亂的地方開始血鎮壓。這支軍隊的做法相當殘忍，在國際社會上飽受唾棄。但是，印尼國家軍成功了，在鎮壓各地叛亂後，這支軍隊在國家中的影響力迅速擴大，尤其是政治方面。
印尼的軍事元首可以選擇自己喜歡的執政黨上臺，而印尼政府和政黨對這支軍隊的掌控程度，則直接關係到自己的統治。這讓這支軍隊和泰國的情形一樣，在政黨的執政中，印尼軍隊可以通過各種方式政變，達到控制國家的目的。這種先軍政治有弊端，而且特別容易產生腐敗。
當時上任的印尼總統是蘇加諾，走的親社會主義的國家路線，印尼在發展時得到了蘇聯和中國的大量援助。當時蘇加諾的執政路線是平和軍隊、宗教、各種意識形態對政府的影響，然後發展國家的綜合實力，正因為如此，印尼擁有了一直東南亞最強的國家軍隊。
但是隨著蘇加諾的執政後期，對宗教、軍隊和一些保守利益者產生了威脅，並且還讓印尼軍隊頻繁參加聯合國的維和行動，導致國內矛盾加劇，發生了政變。在1965年之後，印尼陸軍准將蘇哈托成功掌握實權，蘇加諾被推翻。
再其執政時期，蘇哈托掀起了大規模的清洗運動，向印尼排華，就發生在他執政的時期，還有全國大大小小的民族。只要是親左翼的群體或者個人，就剷除。在蘇哈托的獨裁統治下，國內開始洗牌，一切發展都要以軍隊為核心，由此可見，印尼國家軍統治時期，對印尼國內思想的控制達到了前所未有的高度。
不過，在蘇哈托執政時期，各種政策、軍隊發展都是走親西方的。在1969年巴布亞劃撥到印尼領土之後，巴布亞也發生各種叛亂，印尼國家軍還是通過血色清洗來達到目的，在國際社會中飽受譴責，這些大量的戰爭罪行，為印尼在國際中的形象抹黑很多。
在九七年亞洲金融危機後，印尼的國內矛盾有一次爆發，隨著蘇哈托的下臺，印尼國家軍也開始了改革，這之後的印尼國家軍將警察部隊分出來，軍隊掌握著的一些商業也被單獨劃出，印尼總統也是印尼軍隊的總司令，等等。
但是印尼軍隊對國家政治的影響力遠不止於此，這次改革只是片面的，並沒有達到核心改革。因為在新一屆政府上臺後，國內的矛盾並沒有得到根除。
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