Protel99SE是應用於Windows9X/2000/NT操作系統下的EDA設計軟件，採用設計庫管理模式，可以進行聯網設計，具有很強的數據交換能力和開放性及3D模擬功能，是一個32位的設計軟件，可以完成電路原理圖設計，印製電路板設計和可編程邏輯器件設計等工作，可以設計32個信號層，16個電源--地層和16個機加工層
Protel99se主要包含以下倆大部分和6個功能模塊。
電路工程設計部分
(1)電路原理設計部分（Advanced Schematic 99）：電路原理圖設計部分包括電路圖編輯器（簡稱SCH編輯器）、電路圖零件庫編輯器（簡稱Schlib編輯器）和各種文本編輯器。本系統的主要功能是：繪製、修改和編輯電路原理圖；更新和修改電路圖零件庫；查看和編輯有關電路圖和零件庫的各種報表。
（2）印刷電路板設計系統（Advanced PCB 99）：印刷電路板設計系統包括印刷電路板編輯器（簡稱PCB編輯器）、零件封裝編輯器（簡稱PCBLib編輯器）和電路板組件管理器。本系統的主要功能是：繪製、修改和編輯電路板；更新和修改零件封裝；管理電路板組件。
（3）自動佈線系統（Advanced Route 99）：本系統包含一個基於形狀（Shape-based）的無柵格自動佈線器，用於印刷電路板的自動佈線，以實現PCB設計的自動化。
電路仿真與PLD部分
（1）電路模擬仿真系統（Advanced SIM 99）：電路模擬仿真系統包含一個數字/模擬信號仿真器，可提供連續的數字信號和模擬信號，以便對電路原理圖進行信號模擬仿真，從而驗證其正確性和可行性。
（2）可編程邏輯設計系統（Advanced PLD 99）：可編程邏輯設計系統包含一個有語法功能的文本編輯器和一個波形編輯器（Waveform）。本系統的主要功能是；對邏輯電路進行分析、綜合；觀察信號的波形。利用PLD系統可以最大限度的精簡邏輯部件，使數字電路設計達到最簡化。
（3）高級信號完整性分析系統（Advanced Integrity 99）：信號完整性分析系統提供了一個精確的信號完整性模擬器，可用來分析PCB設計、檢查電路設計參數、實驗超調量、阻抗和信號諧波要求等。
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