肝藏血，腎藏精，精血可以互生；肝屬木，腎屬水，水可以生木，所以有“肝腎同源”，“精血同源”，“乙癸同源”的說法。肝主疏洩，腎主封藏，兩者相反相成，故肝腎之間主要表現在肝腎同源及藏洩互用關係方面“肝腎同源”理論源於《內經》。 “肝腎同源”是指肝腎的結構和功能雖有差異，但其起源相同，生理病理密切相關，可採用“腎肝同治” 的治療原則。在先天，肝腎共同起源於生殖之精；在後天，肝腎共同受腎所藏的先後天綜合之精的充養。 《靈樞·經脈》說：“人始生，先成精，精成而腦髓生”《素問·陰陽大象論》說：“腎生骨髓，髓生肝” 故“肝腎同源”又即肝腎的結構和功能體系通過某些中心環節而密切相關。
所謂肝腎同源，是指精血同源，精血互生的關係。肝藏血，腎藏精，精能生血，血能化靜。肝血有賴於腎精的資助，腎精足則肝血旺；腎精也賴肝血的滋養，肝血旺則腎精充。《張氏醫通》中講：“氣不耗，歸精於腎而為精，精不洩，歸精於肝而為清血。”正是由於精血之間可以互生互化，所以，腎經與肝血，榮則同榮，衰則同衰。肝血和腎精，又同源於水谷精微，依靠水谷精微的不斷充養，才能充盛而下衰，故稱肝腎同源。
中醫臨床理論中還有肝腎同居下焦，肝和腎均內藏相火，相火源於命門之說。朱丹溪在《相火論》中講：“相火見於人者寄於肝腎二部，肝屬木，而腎屬水也。”肝腎所寄相火，可以理解為肝腎之動氣，推動肝與腎完成各項生理功能。若肝腎陰虧則相火易亢而生“邪火”，則出現一系列病變。所以只有肝腎同治，才能更好地“滅火”。
在五行中，肝屬木，腎屬水，腎水可以養木。陰陽學說認為，腎陰為一身陰液之根本，對各臟腑具有滋養功能，肝陰得到腎陰的資助，即能涵斂肝陽，使肝的陽氣不至過亢，保持了陰陽之間的動態平衡，腎陰養肝陰的理論與水生木是一致的。李中梓運用《易經》哲學思想，根據《內經》醫學理論，參考歷代醫家的認識,並結合自己的臨床經驗，在其《醫宗必讀》中提出著名的“乙癸同源，腎肝同治”的理論觀點。
由於肝腎在生理上有緊密的內在聯繫，在病理上也常相互影響。如腎陰虛損，不能滋養肝陰，肝陰虛損，陰不斂陽，肝陽上亢，出現腰膝痠軟，眩暈耳鳴，頭重腳輕，甚則肢麻震顫等症，中醫稱之為“水不涵木”。若肝陰虧損，病久及腎，導致腎陰不足，肝腎陰虧，臨床可見腰膝痠軟，失眠健忘，眩暈耳鳴，五心煩熱等陰虛內熱之症，
肝主疏洩，腎主閉藏，兩者之間存在相反相成的關係。肝主疏洩，可以防止精氣的蘊塞，腎主封藏，可防止精氣的亡失。肝腎之間的這種關係，與男子排精及女子經孕尤為密切。兩者關係失調，可致女子月經不調，男子遺精滑洩等症。
正是由於肝腎在病理上存在著內在聯繫，在治療上也應兩者兼顧，一般遵循“虛則補其母，實則瀉其子”的原則。正如《醫宗必讀》說：“東方之木，無虛不可補，補腎即所以補肝；北方之水，無實不可瀉，瀉肝即可以瀉腎。”
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