弗蘭西斯·培根認為人類必須重新開始科學工作，他按照人類對心靈能力的運用，將知識領域劃分為歷史、詩歌和哲學，並將每一部分又再分為許多具體的分支。
哲學是理性的工作，它處理來源於感覺印象的抽象概念，其任務是根據自然規律和事實對這些概念進行結合和劃分。哲學包括：第一哲學、啟示神學、自然神學、形而上學、物理學、力學、魔術、數學、心理學和倫理學。
第一哲學研究所有學科公用的概念和公理，研究科學範疇和科學預設。形而上學發現永恆不變的物體形式和討論目的、目標、最終因。物理學不討論最終因，最終因的學說沒有時間價值，只是空洞的東西。數學是形而上學的一個分支，是關於量的科學，而量是物質最根本、最抽象和可分離的形式之一。數學和邏輯學都應當為物理學之服務，但事實上，它們處於物理學之上。數學對於形而上學、力學和魔術都很重要。
人的哲學包括人性哲學和政治哲學。人性哲學研究身體和靈魂以及二者之間的關係，研究主題包括人類的痛苦、特權或者美德，人相學和對自然的夢的解釋，身體狀態對心靈的影響，心靈對身體的影響，心靈的每一種功能在身體以及其器官中的位置和處所，以及醫學、美容術、運動和沉迷酒色。人的科學包括作為精神-物理個體的人的全部知識，人性科學是綜合的哲學人類學，利用心理學和生理學研究。
而政治哲學中人是社會的一員。邏輯學討論知性和理性，倫理學討論意志、慾望和情感；邏輯學產生決定，而倫理學則要求採取行動。邏輯的藝術是探究或發明、檢查或判斷、保管或記憶、論辯或陳述。倫理學描述善的本性，併為遵守這一本性制定規則。人由自私和社會的衝動所驅動，個體的善是自我保護和防衛，不同於社會的善，並常與之衝突，社會的善使義務。政府科學的任務在於發現正義和公共善的根源，即使當它們同個體利益發生衝突時，政府科學也要求人麼遵守正義和公共善的主張。
神學分為自然神學、靈感神學和啟示神學。自然神學是關於上帝的知識或知識的基本原理，這一知識可以通過自然之光和上帝創造物的沉思而獲得。但是自然神學的研究並沒有產生關於上帝的完善知識，人類的理性也不適合研究天國的神秘。靈感神學的知識來源於感官，所有的科學都是如此，這個知識對我們沒有任何幫助，“感官就像太陽，展現地球的面貌，但是隱藏了天國的面貌”。人類求助的神靈啟示的神學是適用於上帝的極大的神秘性的。“神聖的神學只基於上帝的語言和神諭，而不是基於自然之光”，這一知識同時也適用於關於道德法則的真正解釋，大部分的道德法則過於崇高而不能通過自然之光獲得。
他對神學的態度是漠不關心，但確花費大量精力研究占星術、夢和預言。因為這些東西在那個時代是被人廣泛接受的。他認為除了啟示外，所有的知識都來自於感覺。心靈對感官提供的材料施加作用，知識既是理性的也是根據經驗的。靈魂是物質的，但也存在理性的靈魂，理性的靈魂屬於宗教領域，神學被驅逐出物理學，成為形而上學的一部分。
培根將神學和哲學進行區分，使宗教教義歸入獨立的領域，為哲學留出空間。雖然培根的經驗主義並不徹底和一致，但依然是經驗主義的一員。
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