养锦鲤鱼的过程也是养菌的过程，这里养菌指的是培养硝化细菌等有益菌，是维持鱼池鱼缸水体生态平衡、鱼健康成长必备条件。有的鱼友开缸时或新鱼到家就放入硝化细菌，这时的水体没有足够的鱼粪作为硝化细菌的食物，导致放入的硝化细菌大量死亡，水体浑浊，新鱼难以适应。新开缸或新鱼到家无需人为添加硝化细菌，要加大氧气爆氧，一个星期左右水体可以建立硝化系统，其硝化细菌主要在过滤层生存，日后亦无须人为添加。广州各大锦鲤鱼场的鱼池鱼缸，他们养鱼从来不添加硝化细菌。
季节转换，天气变化，容易滋生各种病菌，有时要使用杀菌杀虫剂防治鱼病，使用它们的同时会杀死硝化细菌，怎么办？可以在水体使用杀虫杀菌剂后的第三、四天换走部分水体或使用解毒药水、增加水体氧分调好水质。水质调好后，鱼病自然康复快，水体硝化系统重新建立起来。另外，水体每星期换水20-30%，清洗过滤，不会破坏硝化系统，换水可以刺激鱼体，增加食欲，更活跃，水质清晰。
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